La conquista de Ecuador es el proceso histórico mediante el cual los territorios de la actual república del Ecuador pasaron de ser gobernados de manera autónoma a estar bajo el control de la monarquía española. El proceso sin embargo no halla sus inicios con la intervención española, sino con las incursiones de los Incas, venidos desde el sur, los cuales conquistarían gran parte del actual Ecuador. Estos procesos de conquista son conocidos como las guerras de los Andes septentrionales. Tras la conquista incaica tendrían lugar varias expediciones de exploradores españoles, las cuales culminarían con la conquista del imperio Inca por parte de estos últimos. Durante este proceso tuvo lugar la fundación de varias ciudades, incluyendo la fundación de Quito por parte del conquistador Sebastián de Belalcázar. La conquista del Ecuador culminara con la expedición de Francisco de Orellana hacia la Amazonia impulsada por la búsqueda del dorado.
Como resultado de este proceso se estableció la Real Audiencia de Quito, distrito administrativo cuyas tierras serían el precedente para la formación del actual Ecuador tras la independencia de España.
La invasión del Imperio Inca La conquista de Ecuador inicia con la invasión de los Incas al territorio que era ocupado por los señoríos étnicos: pueblos indígenas que pertenecen al periodo de integración y que vivieron en el territorio que ahora conforma Ecuador. Estaban conformados por los Cañaris, los Paltas, los Quitus, los Puruhaes, los Caranquis, los Manteños, los Huancavilcas y los Shuar. Vivían alrededor de las tres regiones que ahora conforma ese país, el Litoral, los Andes y la Amazonía. Además a partir de ellos nacerían poblados importantes después de la conquista con la fundación de varias ciudades que hacen referencia a los antiguos pobladores en su nombre. Quito por los Quitus, Guayaquil por los Huancavilcas (también escrito Guancavilcas), Manta y Portoviejo por los Manteños, Cañar por los Cañaris, Loja de los Paltas, Chimborazo por los Puruhaes y los pobladores de la Amazonía por los Shuar.
La resistencia de los Paltas y los Cañaris La conquista Inca empezaría en el sur donde sería más exitoso y lograría asentarse por más tiempo: un total de cincuenta años aproximadamente. Durante la conquista de estos territorios, fueron los Paltas quienes enfrentaron primero a los Incas sin mucho éxito puesto que su resistencia fue quebrada rápidamente y sus ejércitos anexados. Esto terminaría afectando a los pueblos vecinos del norte, los Cañaris. Viendo el resultado de la anterior defensa, los Cañaris empezaron a diseñar una estrategia alternativa. Empezaron eligiendo a Dumma como jefe militar y juntaron un ejército considerable. La primera batalla fue exitosa y lograron mantener el control de su territorio. No obstante, el Inca Tupac Yupanqui decidió no regresar a Cusco sin antes haber conseguido el éxito militar y la posterior anexión de los Cañaris a su imperio quienes buscaron una estrategia a través de la diplomacia para llegar a un acuerdo de paz que fue exitosa y el Inca mandó un representante que fue recibido con grandes agasajos. Además le construyeron un palacio para mostrar su hospitalidad. Esto resultó en el futuro un error puesto que Tupac Yupanqui entró en su territorio, a las alturas de lo que sería ahora el fuerte de Ingapirca o Pumapungo y se mantuvo allí por cincuenta años con un trato bastante cuestionable hacia los Cañaris. Por esta razón a penas tuvieron la oportunidad durante la guerra civil del Incario, los Cañaris se unirían a los españoles para apoyar la conquista, logrando ser reconocidos e incluso obteniendo blasones nobiliarios.
Confederación militar de los Quitus, Puruhaes y Caranquis La conquista siguió por los Andes hacia el norte hasta llegar a los territorios de los Puruhaes en el centro de Ecuador y los Quitus y Caranquis. Al igual que después de los Paltas, los Cañaris buscaron prepararse mejor para resistir, a partir de la caída de los Cañaris, estos tres grupos indígenas se organizarían en una confederación militar para hacer frente a los Incas. Empezaría de la siguiente manera. La confederación logró aguantar en la invasión inicial sin embargo a finales del fueron vencidos por Túpac Yupanqui. Dentro de toda esta guerra, las batallas más importantes se celebraron alrededor del nudo de Tiocajas en dos ocasiones. De ellas se recuerda la Batalla de Yahuarcocha y la Primera batalla de Tiocajas liderada por el general Epiclachima a finales del . El resultado de las batallas terminó con la muerte de un gran número de Quitus, Puruhes y Caranquis. Se cree que ocurrió entre los años 1481 y 1491 en la laguna que ahora lleva de nombre Yahuarcocha, que quiere decir en castellano lago de sangre. Además, las batallas en el nudo de Tiocajas, El Sapa Inca empezó su ataque contra la confederación que era encabezada por los Quitus con cerca de 40 mil soldados veteranos. El líder de la confederación de los señoríos étnicos sería el general Hualcopo, quien en épocas de paz fungía como curaca de la tribu de los Quitu. Él nombraría a su vez como generales a Epiclachima, y a Ati Pillahuaso (que significa Pillahuasu el Viejo). La guerra duró tanto tiempo que permitió que se construya un cuartel en Liribamba, donde se fundaría la primera ciudad de Ecuador, Santiago de Quito. Toda la resistencia y con ella la confederación entre Quitus, Puruhaes y Caranquis terminaría cuando Epiclachima lanzó un ataque directo a las legiones incáicas confiando en que tenía un ejército más grande, pero terminarían sometidos y con bajas de cerca de 16 mil hombres. El general moriría junto a su ejército en la fracasada defensa. Su territorio sería anexado finalmente gracias al matrimonio por exogamia y se mantuvo el nombre durante la dominación Inca.
La batalla de los Manteño-Huancavilcas miniaturadeimagen|Mapa de las Guerras de los Andes Septentrionales Si la batalla de los Paltas y Cañaris desarrollada en el sur de Ecuador cerca de las ciudades de Loja y Cuenca respectivamente terminaría rápidamente. Y por otro lado la resitencia de los Puruhaes, Caranquis y Quitus, alrededor de lo que sería la ciudad de Quito duraría cerca de quince años. Los indígenas que ocupaban el territorio del litoral ecuatoriano que incluye el Golfo de Guayaquil, el Río Guayas, la cuenca del río y las costas de Manabí lograrían defenderse y resistir la conquista inca en tres ocasiones.
La primera batalla se dio justo a penas después de que los Cañaris firmaron el acuerdo de paz y prometían la sumisión pacífica. Por la cercanía geográfica entre Cuenca y Guayaquil, Tupac Yupanqui había enviado unos emisarios (a manera de diplomáticos) que inicialmente fueron recibidos amablemente por las culturas Manteño Huancavilca pero, antes de su regreso, fueron soprendidos por guerreros que los asecharon y mataron, quedando la opción pacífica que había funcionado con los Cañaris descartada. Esto ocasionó la reacción de los incas y terminó provocando la segunda batalla que estaría liderada por el nuevo Inca Huayna Capac quien alistó un ejército de orejones y empezó la invasión. Todo esto después de haber construido el fuerte en territorio Cañari, de lo que ahora son de las pocas ruinas incas que existen en Ecuador: Inga Pirca y Pumampungo.
En la segunda batalla, la resistencia de los manteño-huancavilca logró imponerse aunque no se sabía por cuanto tiempo más puesto que los Incas ya ocupaban territorios muy cercanos que lograron abastecer. Por esta razón ofrecieron como ofrenda a mujeres de su tribu quienes se presentaron ante el Inca pidiendo paz. De manera similar a como había funcionado con los Cañaris, según cuenta Gabriel Pino y Roca en sus Tradiciones, "ya que el Inca, fiel a su promesa, perdonó la vida a todos y sólo decidió reunir a los culpables y apostrofándoles sus crímenes les hizo tirar suerte, mandando ejecutar al 10 por ciento de ellos para que nadie diga jamás que había tenido preferencias". Esto compró tiempo a los Manteño Huancavilcas ya que no se acordó condiciones sobre el control territorial y una tercera batalla era inminente.
La tercera batalla se dio teniendo como contexto la enfermedad de Huayna Capac y las primeras campañas militares de uno de sus hijos, Atahualpa quien controlaba militarmente el norte del Tahuantinsuyo y quería continuar con el control de la costa de Ecuador, sin embargo, no logró su cometido. Los Incas se encontraban al borde de una guerra civil, con una crisis de sucesión y también aunque no lo sabían a las puertas de la conquista española. Por esta razón, se cuenta el fin de la cultura Huancavilca con la batalla frente a los españoles a través de la muerte de sus dos caciques Guayas y Quil.
Las otras tribus indígenas y la resistencia frente al incario Después de estas batallas, el territorio al norte del Tahuantinsuyo no quedaría asegurado, salvo algunas regiones en los Andes del sur de Ecuador. Por esta razón Huayna Cápac, alrededor de 1515, tendría que lidiar con muchas rebeliones y deberían incluso llegar a organizar un ejército de 40.000 hombres para someterlas. Para ello llevaría a sus hijos Ninan Cuyuchi y Atahualpa, a su lado y dejando en Cuzco a Huáscar. Lo que prepararía la configuración de la posterior guerra civil. Nunca lograron controlar a la Amazonía de Ecuador, en especial a los Shuar y los constantes levantamientos alrededor del Golfo serían desgastantes. Por esta razón el Inca Huayna Cápac dedicaría gran parte de sus energías a mantener la paz y no logró aumentar el territorio en la magnitud que si lo hizo su padre. Pasó gran parte de su vida en Tomebamba por esta razón, al menos los últimos diez años.
La guerra civil incaica Con este contexto empezaría la guerra civil incaica que fue en realidad una guerra de sucesión al trono puesto que Huayna Capac no dejó claro quien debía ser el siguiente a la corona y el imperio había crecido hacia el norte donde Atahualpa tenía militares que le eran fiel, mientras que al sur estaban los partidarios de Huáscar. Se estima que la guerra empezaría en el año 1529 y se sabe que terminaría con la victoria de Atahualpa en 1532, pero solamente unas pocas semanas antes de ser tomado capturado y ejecutado por Francisco Pizarro en Cajamarca. Existen dos versiones del conflicto que se desprenden de las crónicas: el primero que narra todo el suceso en un solo conflicto y el segundo que se desarrolló a lo largo de varias batallas de muchos años y que no sería hasta el final que Huáscar sería capturado. Los hechos favorecerían a Atahualpa puesto que en el enfrentamiento de Quipaipán, lograrían los generales Chalcuchímac y Quizquiz apresar al hermano mayor, Huáscar. Para mantener el control sería necesario la pacificación y muchas campañas serían sangrientas, al punto de que en Tomebamba, capital de los cañaris, se masacraron a 60 mil personas. Esto impidió a Atahualpa lograr llegar al Cuzco con fuerza e imponerse definitivamente hasta haber diezmado las tropas de sus enemigos, pudo finalmente emprender la marcha hacia la capital imperial. Mientras lo hacía se enteró de la llegada de un grupo de extranjeros, que resultaron ser los conquistadores españoles.
La caída del Incario
La llegada de Pizarro miniaturadeimagen|260x260px|Los 13 de la Isla del Gallo (actual Nariño, Colombia). Óleo de Juan B. Lepiani, que representa a Francisco Pizarro en la isla del Gallo, invitando a sus soldados a cruzar la línea trazada en el suelo. La primera expedición se llevó a cabo en noviembre de 1524 cuando salió de Panamá con dirección a Perú con unos 80 hombres y 4 caballos. El gobernador de Panamá, Pedro Arias Dávila, aprobó en principio la exploración de Sudamérica. La primera expedición de Pizarro, sin embargo, resultó un fracaso, ya que sus conquistadores, navegando por la costa del Pacífico, no llegaron más allá de Colombia antes de sucumbir al mal tiempo, la falta de alimentos y las escaramuzas con nativos hostiles, una de las cuales hizo que Almagro perdiera un ojo de un flechazo.