300px|thumb|Historia trans en Argentina. 1) Las carrilches, Buenos Aires década de 1940. 2) Vanessa Show 1975. 3) Tehuel de la Torre, desaparecido en 2022; 4) Prostitutas trans en Salta en 2016. 5) Karina Urbina reclama los derechos trans frente a la Corte Suprema en 1991. 6) Cartel «Ley integral trans ya» en Marcha del Orgullo 2021; 7) Militantes trans: Lohana Berkins, María Belén Correa, Nadia Echazú, Claudia Pía Baudracco, Jeanette Contreras; 8) Banderazo trans en Santa Fe 2021 «Nos falta Tehuel»; 9) El Congreso Nacional iluminado con los colores LGBT+.
La historia trans en Argentina trata sobre la historia de las personas trans (transgénero, transexuales, travestis) sean estas hombres, mujeres, de género fluido o no binarias, así como de sus luchas y organizaciones en Argentina. Varios pueblos originarios aceptaron identidades de base sexual diversas, cambiantes y no binarias. La conquista europea de América modificó radical y violentamente la sexualidad y las relaciones de género de la población americana, estableciendo el crimen y pecado de sodomía para castigar a las personas que adoptaban una identidad que no correspondía a su genitalidad. Luego de la independencia, fue abolida la Inquisición y el delito de sodomía, pero la policía reprimió las «inversiones sexuales» considerándolas enfermedades mentales asociadas al crimen, criminalizándolas mediante edictos policiales desde la década de 1930. Hacia la década de 1940 aparece una cultura trans/homosexual autodenominada «maricas» o «locas», que establecieron e impulsaron las primeras organizaciones LGBT, a partir de la segunda mitad de la década de 1960. Los avances biotecnológicos que permitieron cambiar los cuerpos de las personas, impulsaron la emergencia de una identidad travesti en el mundo del espectáculo, que convivió con la cultura marica hasta la década de 1980, cuando la identidad travesti se generalizó. Los cambios permanentes en los cuerpos y el rechazo transfóbico excluyeron a las locas/travestis del mercado de trabajo asalariado, impulsándolas masivamente a la prostitución. La violencia policial, social y familiar contra las comunidades travestis llevaron a que su expectativa de vida fuera la mitad que la de la población general. Durante el terrorismo de Estado impuesto por la última dictadura militar, resultaron desaparecidas al menos 400 personas mayoritariamente trans, que fueron invisibilizadas incluso por la investigación realizada una vez restablecida la democracia, por la Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas (Conadep) que destruyó esos expedientes. En la década de 1990 se crearon las primeras organizaciones trans, destacándose por su continuidad la Asociación de Travestis, Transexuales y Transgéneros de Argentina (ATTTA) y la Asociación de Lucha por la Identidad Travesti–Transexual (ALITT). A partir de entonces los colectivos trans obtuvieron la derogación de los edictos policiales, la descriminalización del travestismo y la transgeneridad.
En 2021 la Ley 27.636 Diana Sacayán/Lohana Berkins estableció un cupo mínimo de 1% de los cargos y puestos del Estado Nacional personas trans y el Decreto N°476/2021 estableció que tres opciones para el campo «sexo» en los documentos de identidad, conviertiendo a la Argentina en el primer país de América y uno de los primeros del mundo en adoptar una clasificación no binaria sobre el sexo/género de la población.
Pueblos originarios thumb|300px|Noticia de Caras y Caretas de 1902, relatando la detención de una indígena transgénero en Viedma, Río Negro, quien «servía como madrina en los bautismos, siendo muy obsequiado por los vecinos de aquellos lejanos lugares»; quien posiblemente sea un chamán tehuelche. Los pueblos originarios que habitaron el actual territorio argentino tuvieron diversas formas de abordar las orientaciones sexuales e identidades de género de las personas.
La cultura mapuche, aún existente, nunca fue sometida por el Imperio Español y mantuvo su independencia y su propio territorio en la Patagonia y la pampa hasta fines del , siendo desde ese momento afectada profundamente por los procesos de aculturación. Tradicionalmente ha sostenido una valoración igualitaria de hombres y mujeres, por lo que asumir identidades o tener características transexuales o intersexuales no significaba pérdida de ningún privilegio, poder o estatus. El pueblo mapuche carecía de nociones de género y sexo, al menos con la relevancia que se concede a los mismos en la cultura europea. Poseían el concepto y el rol social valiosos denominado weye, que hacía referencia a personas que no eran consideradas ni hombres ni mujeres, y se desplazaban complejamente entre diversos estados que combinaban características performativas, sexuales, de edad y del momento del día. Sus prácticas sexuales admitían una amplia diversidad y no establecían un vínculo determinista con la anatomía. El sometimiento de la nación mapuche en la segunda mitad del , obligó a los hombres a dejar de ser guerreros y a emplearse como peones de estancia para trabajar la tierra, una tarea tradicionalmente femenina en la cultura mapuche. Esta transformación trajo aparejada una desvalorización de la masculinidad en la moderna cultura mapuche y el predominio de las mujeres sobre los hombres en su rol de machi, una posición que reúne las condiciones de médico, sacerdote, consejero y protector del pueblo, razón por la cual es usual encontrar mujeres transgénero desempeñándose como machis.
En la cultura guaraní diversos testimonios han registrado la normalidad con que eran tratadas las relaciones sexuales entre los hombres guaicurúes del Gran Chaco y la existencia de la palabra "cudinho" para denominar a un tipo de hombres que vestían como mujeres, se casaban con hombres, orinaban agachados y tenían síntomas menstruales.
Las culturas andinas y en particular la incaica, influyentes en el noroeste argentino, contemplaban la existencia de personas andróginas masculinos/femeninos y femeninas/masculinas, valorando el uso de vestimentas correspondientes a otro género, a los que asignaban un valor sagrado y religioso. En las áreas yungas existieron varias sociedades matriarcales que consideraban sagrado el uso de vestimentas correspondientes a otro género. El conquistador español Pedro Cieza de León da cuenta de la presencia de personas trans en ceremonias sagradas:
Conquista y colonización española thumb|300px|Representación de las torturas en el Museo de la Inquisición de Lima, donde eran enviadas para ser juzgadas por sodomía, las personas que mantenían relaciones sexuales con personas del mismo sexo y quienes vestían prendas consideradas inadecuadas para su género. thumb|300px|Códice Martínez Compañón (1782-1785). Perú. Estampa 150 titulada: «Danza de hombres vestidos de mujer».
La conquista europea de América modificó radical y violentamente la sexualidad y las relaciones de género de la población americana. Los conquistadores impusieron un orden héteronormativo y patriarcal, basado en el binarismo sexual, impulsado por la Iglesia católica, que reprimió duramente todo apartamiento de una sexualidad reproductiva o contrario a una rígida división de la sociedad en dos géneros asignados al nacer por la Iglesia. Simultáneamente el poder colonial estableció un sistema de valores de desprecio y rechazo a las personas que tuvieran conductas sexuales y de género no heterosexuales. De la colonia vienen expresiones españolas homofóbicas como "marica" y "maricón"; el Diccionario de la Real Academia Española de 1734 incluyó la palabra "marica" y la definió del siguiente modo: "afeminado, cobarde, de poco brío". También de esta época proviene la palabra "puto", utilizada habitualmente tanto en las colonias españolas como en la península.
Los conquistadores europeos impusieron un tipo de sexualidad basada estrictamente en la reproducción, que reprimía los actos sexuales cuyo objetivo era la obtención de placer, considerados como delitos y pecado de lujuria. En ese contexto jurídico-religioso, todos los regímenes coloniales europeos en América introdujeron el delito de sodomía, considerado como "crimen nefando" contrario a Dios, castigando a quienes fueran hallados culpables a ser quemados en la hoguera. El delito de sodomía era impreciso y abarcaba un amplio espectro de conductas consideradas contra natura que incluía el travestismo, asumir públicamente un sexo diferente del establecido al nacer, o roles sociales incongruentes con dicho sexo.
En algunas partes los españoles mataron masivamente a los indígenas por vestirse con hábitos "de mujer" -refiriéndose a la ausencia de pantalones en la vestimenta indígena- calificándolos de sodomitas. Fray Bartolomé de las Casas relata uno de esos actos de barbarie:
De manera similar, una ordenanza española para el Virreinato del Perú establecía:
Durante la conquista española, los conquistadores y cronistas europeos informaron asiduamente que las personas de los pueblos originarios mantenían habitualmente relaciones sexuales entre varones o entre mujeres, y presentaron el hecho como evidencia del salvajismo indígena y su alejamiento del dios cristiano. Esos relatos dieron origen al mito de los gigantes sodomitas de la Patagonia. La llamada "sodomía" fue considerada como una de las causas justas que habilitaba a los conquistadores españoles a declarar la "guerra" contra la población indígena.
Fernanda Molina constató 99 casos de condena por sodomía en el Virreinato del Perú (al que pertenecía el actual territorio de Argentina), durante los siglos y , tratándose en todos los casos de hombres que mantuvieron relaciones sexuales con otros hombres, o consideradas impropias del género asignado ("pelilargos, afeminados y travestidos").
Pese a ello los habitantes formados en la cultura europea del no tenían la noción rígida de dos géneros separados y desconectados que surgió en los siglos y . Según Raquel Pico, en aquella época «posiblemente fuera más fácil comprender la fluidez de género de lo que lo era para quienes vivían, en líneas generales, en 1960». Dice la historiadora María Jesús Zamora Calvo que «hasta la segunda mitad del siglo XVIII no se diferenciaban dos sexos biológicos en el ser humano; [durante el Siglo de Oro] el sexo biológico no marca de manera definitiva el comportamiento social del individuo... El rol de varón o de hembra no descansa en diferencias biológicas, sino en el papel de género». Existía entre las mujeres una tradición muy arraigada en la Europa de aquella que consistía en vestirse con ropas de hombre, ya sea para acceder a oficios prohibidos a las mujeres, para viajar con mayor seguridad, o por sentirse mejor como hombres. Entre los casos descubiertos por los estudios históricos están las «mujeres-soldado», como Catalina de Erauso, Margarida Borràs (ejecutada), o Eleno de Céspedes (condenado a diez años de trabajos forzados). Varios de estos casos buscaron amparo en América.
El dramaturgo argentino Gonzalo Demaría ha destacado el travestismo presente en la obra dramática del cura Tirso de Molina y cita el caso de María Leocadia, que emigró de España como varón, bajo el nombre de Antonio, ingresando al Virreinato del Río de la Plata en 1793. Una vez en la Argentina colonial, Antonio se casó con una mujer y cuando fue descubierto fue encarcelado.
La independencia thumb|300px|Juana Azurduy, militar con grado de coronel en el ejército patriota durante la Guerra de la Independencia, es referida históricamente como una mujer con modales y vestimenta de hombre, que había adoptado un rol masculino. Es tomada como modelo por los movimientos lesbiano, trans y feminista.