miniaturadeimagen|280x280px|Monumento a la Mitad del Mundo que determina la ubicacíon de la línea ecuatorial y que conmemora la misión geodésica del que llevó a cabo las mediciones La ciencia en Ecuador ha tenido un papel importante tanto por la diversidad natural de este país, que ha sido estudiada a lo largo de toda su historia en sus aspectos biológicos y medicinales, como por su ubicación geográfica en la línea ecuatorial y entre las corrientes marinas de El Niño y Humboldt.
Esto permitió que se desarrollen hechos científicos destacables como la Misión Geodésica Francesa que buscaba probar la teoría de la forma de la tierra (de esta misión se derivaría el nombre Ecuador), las expediciones científicas de Charles Darwin a las Islas Galápagos, las exploraciones al Río Amazonas que iniciarían con el fundador de Guayaquil Francisco de Orellana, el estudio del calentamiento del océano Pacífico oriental ecuatorial conocido como el fenómeno de El Niño y la medición de la altura del Volcán Chimborazo con respecto al centro de la tierra.
El descubrimiento de las islas Galápagos
miniaturadeimagen|200px|Fray Tomás de Berlanga, obispo de Panamá quien descubriría por accidente las Islas Galápagos A pesar de que existen registros de que las Islas Galápagos formaron parte del comercio oceánico entre los señoríos étnicos de Ecuador y las culturas mesoamericanas, formalmente, las Galápagos fueron "descubiertas" por casualidad el 10 de marzo de 1535, por fray Tomás de Berlanga quien estaba viajando desde Panamá hacia Perú y en un desvío de su navío llegaría a las islas, registrando su existencia en las crónicas. Las corrientes marinas arrastrarían a la nave donde se encontraba el obispo y contaría su peripecia en una crónica escrita en Portoviejo al emperador Carlos V. El archipiélago sería descrito como inhóspito y desértico. También se registró la existencia de tortugas gigantes, iguanas marinas, lobos marinos y muchas aves.
La crónica cuenta lo siguiente:
El descubrimiento del Río Amazonas
miniaturadeimagen|280px|Viaje de Orellana atravesando América del Sur, desde el Golfo de Guayaquil hasta la desembocadura del Amazonas en el Océano Pacífico. El descubrimiento del Río Amazonas, ahora conocido como la Primera expedición española al río Amazonas se llevó a cabo en 1540 cuando Gonzalo Pizarro llegó a Quito como vicegobernador y Francisco Pizarro, le pediría realizar una expedición para localizar la "Tierra de la Canela", lo que le motivaría a incursionar al interior del continente sudamericano. Orellana se uniría a esta expedición no como principal pero debido a las peripecias del mismo terminaría realizando el descubrimiento por su cuenta. Al ser además el fundador de la ciudad de Guayaquil, cuando se toma en cuenta todo el trayecto empezando en la costa de Ecuador y atravesando todo el río Amazonas, se puede determinar a esta expedición como la primera que atravesaría el continente sudamericano de occidente a oriente. Esta se llevaría a cabo con una fuerza de 220 españoles y 4000 nativos. Cuando llegarían a la amazonía de Ecuador, empezarían la navegación desde el río Coca, donde en la actualidad se encuentra la ciudad Francisco de Orellana. Ahí se construiría el bergantín San Pedro que les serviría de transporte. El cronista de la expedición sería el dominico Gaspar de Carvajal, quien partiría junto a Orellana y 50 hombres río abajo. Al inicio su expedición sería para buscar comida pero después serían incapaces de volver contra corriente. La expedición continuó adentrándose por el río Amazonas por lo que los tripulantes resolverían construir un barco más grande para la navegación. Según las crónicas llegarían al río Negro el 3 de junio de 1542 y finalmente llegaron al río Amazonas.
La cosmografía y la escolástica miniaturadeimagen|300px|Río Amazonas, lugar de destino de las expediciones y Misiones Jesuitas en el . miniaturadeimagen|200px|Ignacio de Quezada y Bartolomé García La ciencia tal como se desarrolló en la monarquía española giraba en torno a la cosmografía, que empezó siendo el estudio de la naturaleza principalmente orientado a la generación de mapas, lo que implicaba geometría y trigonometría, ingeniería de navegación, cartografía, pero que también significaba la recolección y clasificación de datos sobre flora, fauna y antropología. Por esta razón siempre estuvo relacionado con el desarrollo del imperio, los cronistas y los nuevos descubrimientos. Dentro del territorio actual de la Real Audiencia de Quito, los cronistas fueron abundantes en sus anotaciones, sin embargo es necesario destacar el trabajo del Padre Pedro de Mercado en el , quien dentro de sus viajes a la Amazonía realizó anotaciones botánicas y zoológicas, lo que lo convertiría en la primera publicación científica hecho por una persona nacida en ese territorio (Riobamba 1620-1701). El trabajo fue titulado: "Algunos vegetales y animales que se crían en estas tierras".
Al final del siglo, en 1693, los padres Ignacio de Quezada y Bartolomé García fundaron la facultad de medicina en Quito en la Universidad Santo Tomás. Los primeros médicos que se graduaron fueron, Diego de Herrera y Diego de Cevallos el 5 de julio de 1694 como licenciados y el 8 de agosto del mismo año, como doctores. Los dos ejercieron en Quito, en un momento que sobraban enfermos y faltaban médicos.
En honor a Fray Ignacio de Quezada, se nombró la biblioteca más importante de libros antiguos de Ecuador en el Convento de Santo Domingo de Guzmán, en el centro histórico de Quito.
Los mapas y las misiones miniaturadeimagen|300px|Mapa del Amazonas por Fritz Samuel Fritz fue un jesuita que formó parte de las exploraciones del Río Amazonas que se desarrollaron especialmente durante el , que salían de Quito hacia la provincia de Maynas, en las misiones que buscaban reducir los territorios de los indígenas que vivían allí y evangelizar. Fritz, dentro de las Misiones Jesuitas del río Marañón, llegó a Quito en 1685 y un año después se dirigiría a tierras de los indios Omaguas. Fundó 38 pueblos o también llamado reducciones entre ellas Nuestra Señora de las Nieves de Yurimaguas. La Audiencia de Quito le solicitó que realice un mapa de toda la región, lo cual lo cumplió a cabalidad, lo que se convirtió en una de las fuentes de referencia geográfica para navegar por el río Amazonas y sus afluentes. El padre Fritz murió en la misión de Jeberos en 1725. Su mapa sería finalmente publicado en Quito durante los primeros años de siguiente siglo y serviría de base para las posteriores exploraciones de la región durante la misión geodésica. Este hecho además reforzó la importancia de Quito y su relación con el Río Amazonas que se había desarrollado desde la fundación misma de la ciudad por el descubrimiento del Río por parte de Francisco de Orellana. Era pues esta ciudad el lugar desde donde salían todas las expediciones, así como las misiones para la reducción de los territorios de los indígenas en la Amazonía.
La Misión geodésica miniaturadeimagen|200px|Pedro Vicente Maldonado, miembro de la Academia de Ciencias de Francia miniaturadeimagen|200px|Costa Occidental de la Real Audiencia de Quito (1750), según Pedro Vicente Maldonado La cosmografía sería también desarrollada en la Real Audiencia de Quito por Pedro Vicente Maldonado quien se encargaría de crear su primer mapa. Además dedicaría gran parte de su vida y fortuna para la construcción de un camino a Esmeraldas, con el fin de comunicar a los Andes con la región costera. Sus conocimientos fueron bastos y conseguidos como autodidacta, con la ayuda y apoyo de su hermano José Antonio Maldonado. Juntos, recibieron a los ilustrados europeos que venían en la Misión Geodésica para medir la distancia equivalente a un grado de latitud en el Ecuador terrestre, con el fin de comprobar la forma de la Tierra. La Real Audiencia de Quito fue elegida como destino debido a la presencia de la cordillera de los Andes que facilitaba la triangulación y medición terrestre. La visita de los científicos como La Condamine, Jorge Juan y Antonio de Ulloa, influyó mucho en la época, tanto en la difusión de conocimiento como en despertar nuevos intereses científicos. Maldonado continuó con su labor cartográfica y además lo complementó con observaciones botánicas. De esto obtenemos sus dos grandes contribuciones, la Carta de la Provincia de Quito-Ecuador y sus adyacentes y su Memoria Científica del Reino de Quito.
Por otro lado la contribución de la misión geodésica en difundir las ideas de la ilustración en la Real Audiencia fue clave. Aunque el desarrollo de la ciencia no era ajeno a la monarquía española, lo que se podía evidenciar en la vasta biblioteca que habían recopilado los jesuitas a través de la universidad San Gregorio Magno. Los libros que existían allí eran muestra del avance que se había logrado en este aspecto, y sirvieron incluso de fuente de consulta para los geodésicos durante su expedición. Fue en pues que empezó el desarrollo de la ciencia en la Real Audiencia de Quito de la mano principalmente de esta orden religiosa.
La compañía de Jesús, la imprenta y los correos miniaturadeimagen|200px|Microscopio de Robert Hooke que utilizó Juan Bautista Aguirre para su Tratado de Física miniaturadeimagen|285x285px|Tratado de Física de Juan Bautista Aguirre miniaturadeimagen|200px|Juan Bautista Aguirre y Carbo
El desarrollo de la escolástica a través de la renovación que empezó en el , especialmente por parte de la Compañía de Jesús es digno de mención. Sus estudios fueron amplios y llegaron a acumular una biblioteca importante de 408 manuscritos que sirvió de apoyo en la misión geodésica. Además, a través de la importación del primer microscopio de Cuff, fabricado a mediados del en Londres, empezarían las investigaciones empíricas desarrolladas por Juan Bautista Aguirre que buscarían una armonía entre estas observaciones científicas con la física aristotélica tomista. Esto iría acorde a la tradición jesuita que desde los escritos de Francisco Suárez empezaría el desarrollo de la metafísica de una manera cada vez más separada de la teología dogmática. La teología suareciana tendría una influencia importante en la Real Audiencia gracias a la presencia de esta orden religiosa. El microscopio sería utilizado inicialmente por Juan Magnin, un novator, quien en 1736 siendo profesor del Colegio de Panamá había conocido a La Condamine. Magnin en su obra “Millet en armonía con Descartes o Descartes Reformado” desarrolla a través de diputaciones contenido científico perteneciente a los ámbitos de anatomía, fisiología y óptica humanas, así como la microbiología. Esto corresponde a un paso adicional puesto que ya no solo incluye las observaciones empíricas a la antigua teología escolástica sino que empieza a tomar en cuenta al racionalismo cartesiano que durante el siglo pasado había sido simplemente criticado por los escolásticos en Quito. A esto se suma la obra de José María Linati quien en su tratado de física niega la generación espontánea de animales. Sin embargo sería el tratado de física de Suárez, la obra que marcaría esta época por su importancia y longitud. Donde trata temas como la cosmología, la materia, la naturaleza del continuo (concepto matemático), a partir de lo cual mostraba su erudición y capacidad intelectual. Podemos ver en la siguiente cita un extracto de este tratado: