Juan de Borja o Borgia, se puede referir a:
Juan de Borja Llançol de Romaní, el mayor (1446-1503), hijo de Galcerán de Borja y Moncada y Tecla Alpicat Navarro, arzobispo y cardenal de la Iglesia católica; Juan de Borja Llançol de Romaní, el menor (1470-1500), arzobispo y cardenal español; Juan de Borja (1474-1497), II duque de Gandía, hijo natural del Papa Alejandro VI y de Vannozza Cattanei; Juan de Borja y Enríquez de Luna (1494-1543), III duque de Gandía, hijo del anterior; Juan Borgia (1498-1548), duque de Nepi, probable hijo ilegítimo de Lucrecia Borgia. Juan de Borja y Castro (1533-1606), hijo de Francisco Borja y Leonor de Castro. Juan de Borja y Armendia (1564-1628), hijo de Fernando de Borja y Castro, presidente de la Real Audiencia de Santa Fe de Bogotá. Juan Borja y Lizarzaburu (1816-1864), jurisconsulto, político y mártir ecuatoriano. Juan Borja Mata (1868-1952), jurisconsulto, político y revolucionario ecuatoriano.