thumb|Territorio húngaro después de la batalla de Mohács, en 1526. Las fronteras del reino húngaro en negro, las otras áreas de los Habsburgo en azul y verde; Transilvania en violeta y el Imperio otomano en rojo. thumb|Juan Segismundo de Zápolya, primer principe de Transilvania (r. 1541-1571) arrodillado ante el sultán Suleimán el Magnífico en 1556 prestando vasallaje. thumb|Miguel el Valiente (Mihai Viteazul) mini|Los principados de Valaquia, Transilvania y Moldavia se unieron bajo Miguel el Valiente durante cuatro meses en 1600. thumb|Mapa de Europa en 1648 que muestra Transilvania y los dos principados rumanos: Valaquia y Moldavia mini|hochkant|Constantin Brâncoveanu, príncipe de Valaquia (r. 1688-1714), retrato contemporáneo de 1699, Monasterio de Santa Katarina, Monte Sinaí thumb|right|Los principados de Moldavia y Valaquia en 1786, mapa italiano de G. Pittori, desde el geógrafo Giovanni Antonio Rizzi Zannoni. mini|Los principados rumanos en el período 1793-1812

Rumanía en la Edad Moderna se refiere al período histórico que va desde la conquista ante el Imperio otomano del territorio ahora incluido en la Rumanía actual, entre 1529 y 1530, hasta las fases que precedieron al despertar nacional, en la primera mitad del . Rumanía experimentó una fase convulsa entre 1500 y 1530, con frecuentes cambios en el poder y una disminución del comercio desde el principado de Moldavia y Valaquia con otros destinos europeos ya después de las últimas décadas del . Antes, la venta de pieles, cereales, miel y cera al Sacro Imperio Romano Germánico, la República de Venecia y el Reino de Polonia, así como la importación de seda, armas y otros artefactos, eran una fuente de ingresos innegable, pero al final del , el Imperio otomano reemplazó a todos los demás socios comerciales.

En 1541, toda la península balcánica y el norte de Hungría se convirtieron en provincias otomanas. Moldavia, Valaquia y Transilvania quedaron bajo la soberanía otomana, pero siguieron siendo totalmente autónomas y, hasta el , tuvieron cierta independencia externa.

Isabela Jagellón, reina viuda y regente en nombre del niño de apenas un año, Juan II, el rey electo de Hungría no Habsburgo, que nunca gobernó, trasladó su corte real a Alba Iulia en Transilvania: Juan se convirtió en el primer gobernante (r. 1541-1571) del Reino de Hungría del Este, antecedente del futuro Principado de Transilvania. El país experimentó, aunque siendo un estado vasallo del Imperio otomano, una fase de autonomía de gran alcance. Como vasallo, pagaba un tributo anual a la Sublime Puerta y le brindaba apoyo militar; a cambio, los otomanos prometieron su protección ante amenazas externas. Fue el primero de los príncipes nativos que gobernaron Transilvania desde 1540 hasta 1690. Las poderosas familias gobernantes de Transilvania —en su mayoría húngaras, irónicamente fortalecidas por la desintegración del reino de Hungría—, solían elegir al príncipe que tenía que ser confirmado por la Sublime Puerta; sin embargo, en algunos casos, los otomanos nombraron al príncipe de antemano. La Asamblea de Estados de Transilvania se convirtió en Parlamento y la nobleza renovó la Unión de Tres Naciones, que aún excluía a los rumanos del poder político. Los príncipes tomaron medidas para separar a los rumanos de Transilvania de los de Valaquia y Moldavia, y prohibieron a los sacerdotes ortodoxos entrar en Transilvania desde Valaquia. Por el acuerdo de Espira de 1570, que confirmaba la paz de Adrianópolis (1568), Juan renunciaba a su pretensiones a la corona húngara y el reino húngaro se dividía definitivamente en tres partes: el emperador Maximiliano II de Habsburgo reconocía formalmente la parte oriental como Principado de Transilvania independiente .

Después del colapso de Hungría, la Reforma protestante se había extendido rápidamente a Transilvania y la región se convirtió en uno de los baluartes protestantes de Europa. Los alemanes de Transilvania adoptaron el luteranismo y muchos húngaros se convirtieron al calvinismo. Sin embargo, los protestantes que hicieron imprimir y distribuir los catecismos en rumano apenas lograron sacar a los rumanos de la ortodoxia. El edicto de Turda de 1568 de Juan II fue el primer decreto de libertad religiosa en la historia europea moderna. En 1571, el parlamento de Transilvania aprobó una ley que otorgaba libertad de creencias e igualdad de derechos a las cuatro religiones, católica, luterana, calvinista y unitaria. La ley fue una de las primeras de su tipo en Europa, pero la igualdad religiosa que proclamaba quedaba limitada ya que aunque los rumanos ortodoxos, por ejemplo, eran libres de practicar su religión, no gozaban de igualdad política.

También aumentó la presión del Imperio otomano sobre Valaquia y Moldavia después de la conquista de Buda. En los 170 años que siguieron, los dos principados rumanos gradualmente fueron sometidos a una dependencia cada vez mayor de la Sublime Puerta, incluso si su estatus seguía siendo el de estados vasallos: Valaquia y Moldavia aseguraron una amplia independencia interna para sí mismos y hasta en el incluso cierto margen de maniobra en la política exterior. Los otomanos elegían a los príncipes de Valaquia y Moldavia entre los hijos de nobles rehenes o refugiados. Pocos príncipes murieron por causas naturales, pero vivieron con gran lujo durante sus reinados. Como en el caso de Transilvania, los dos principados se comprometieron a brindar apoyo militar al Imperio otomano y, a cambio, recibieron la promesa de los otomanos de estar protegidos de las amenazas externas.

La última resistencia seria de Valaquia vino del príncipe de Valaquia Miguel el Valiente (Mihai Viteazul) (r. 1593-1601). Después de ser entronizado, su ejército tomó varias fortalezas otomanas. Al final, el objetivo de Miguel era la independencia total. Con este propósito, en 1598 juró lealtad por primera vez al emperador germánico Rodolfo II. Un año después, Miguel tomó Transilvania y su victoria incitó a los campesinos de Transilvania a la rebelión. Miguel, sin embargo, estaba más interesado en hacerse querer por la nobleza de Transilvania y menos en apoyar a los siervos rebeldes. Reprimió el levantamiento, pero a pesar de las promesas del príncipe, los nobles desconfiaron de él. En 1600, Miguel finalmente conquistó Moldavia y, por primera vez, gobernó en una unión personal. a todos los rumanos en Valaquia, Moldavia y Transilvania, aunque solo durante cuatro meses. El éxito de Miguel sorprendió a Rodolfo. El emperador incitó a la nobleza de Transilvania a rebelarse contra el príncipe y, al mismo tiempo, Polonia invadió Moldavia. Miguel consolidó sus fuerzas en Valaquia, se disculpó con Rodolfo y acordó una campaña con el general de Rodolfo, Giorgio Basta, con la que Transilvania iba a ser recuperada de los rebeldes nobles húngaros. Después de su victoria, Basta hizo matar a Miguel por presunta traición. La figura de Miguel el Valiente se acrecentó llegando a ser legendaria, y más importante que en su vida, y su breve unificación asumió un papel importante para las generaciones posteriores que planificaron la unificación de las tierras que ahora componen la nación dacia, a pesar de que Dobruja y Banato, totalmente sometidas a Estambul, y que solo se conseguirá tres siglos después para constituir Rumanía.

En Transilvania, el ejército de Basta persiguió a los protestantes y expropió ilegalmente sus propiedades hasta que Esteban Bocskai (r. 1605-1606), un antiguo partidario de los Habsburgo, convocó a un ejército que expulsó a las tropas imperiales del país. En 1606, Bocskai firmó tratados de paz con los Habsburgo y los otomanos, lo que aseguró su posición como príncipe de Transilvania y garantizó la libertad religiosa y extendió la autonomía de Transilvania.

Después de la muerte de Bocskai y del reinado del tiránico Gabriel Báthory (r. 1607-1613), la Sublime Puerta obligó a Transilvania a aceptar a Gabriel Bethlen (r. 1613-1629) como príncipe. Transilvania experimentó una edad de oro bajo el gobierno absolutista, e ilustrado, de Bethlen, que fomentó la agricultura, el comercio y la industria, abrió nuevas minas, envió estudiantes a universidades protestantes en el extranjero y prohibió a los terratenientes negar la educación a los hijos de sus siervos.

Después de la muerte de Bethlen, el parlamento estatal de Transilvania revirtió la mayoría de sus reformas. Poco después, Jorge Rákóczi I (r. 1630-1648) se convirtió en príncipe. Como Bethlen, Rákóczi envió tropas de Transilvania a la guerra de los Treinta Años para luchar del lado de los protestantes; Transilvania fue mencionada como estado soberano en la Paz de Westfalia. La edad de oro terminó después de Jorge Rákóczi II (r. 1648-1660) había iniciado un desafortunado ataque contra Polonia sin antes consultar a la Sublime Puerta o al parlamento estatal. Un ejército turco y tártaro derrotó al ejército de Rákóczi y ocupó Transilvania. Durante el resto de su independencia, Transilvania tuvo que soportar una serie de líderes débiles y a lo largo del sus campesinos rumanos permanecieron en la pobreza y la ignorancia.

Durante el breve mandato de Miguel y los primeros años de la soberanía otomana, la distribución de la tierra dentro de Valaquia y Moldavia cambió drásticamente. A lo largo de los años, los príncipes de Valaquia y Moldavia concedieron propiedades a los boyardos locales a cambio del servicio militar, de modo que en el apenas quedaba tierra. En busca de prosperidad, los boyardos comenzaron a invadir las tierras campesinas y su lealtad militar al príncipe disminuyó. Como consecuencia, la servidumbre se expandió, los boyardos exitosos se convirtieron en más cortesanos que guerreros, y se desarrolló una clase intermedia de humildes nobles empobrecidos. Los aspirantes a príncipes se vieron obligados a pagar enormes sobornos para poder llegar al poder, y los impuestos y las recaudaciones empeoraron la vida de los campesinos. Cualquier príncipe que buscara mejorar la vida de los campesinos corría el riesgo de un déficit financiero que podría permitir a los rivales superarlo aante la Sublime Puerta y apoderarse de su puesto.

En 1632 el boyardo Matei Basarab fue elegido como príncipe de Valaquia (r. 1632-1654) y significó la primera excepción —aunque podría decirse lo mismo de Mihai Viteazul— de una regla establecida por el hábito de elegir a familiares de los príncipes anteriores. Dos años después, se convirtió en príncipe de Moldavia Vasile Lupu (r. 1634-1653), hombre de origen albanés. Los celos y la ambición de Matei y de Vasile socavaron la fuerza de los dos principados en un momento en que el poder del Imperio otomano comenzaba a menguar. Apuntando al trono más atractivo de Valaquia, Vasile atacó a Matei, pero su ejército derrotó a los moldavos y un grupo de boyardos moldavos derrocó a Vasile. Tanto Matei como Vasile, sin embargo, fueron gobernantes ilustrados que apoyaron generosamente la religión y las artes, instalaron imprentas, publicaron libros religiosos y códigos legales y fundaron grandes monasterios que se convirtieron en importantes centros culturales y educativos suprarregionales, como el monasterio de Căldăruşani en Valaquia y Trei Ierarhi en la capital de Moldavia.