Las conquistas musulmanas de Afganistán comenzaron durante la conquista musulmana de Persia cuando los musulmanes árabes emigraron hacia el este a Jorasán, Sistán y Transoxiana, después de quince años de la batalla de Nahāvand, controlaron todos los dominios de Sasán, excepto el sur y el este de Afganistán. La islamización completa no se logró hasta el período comprendido entre el y el bajo las dinastías de los Gaznávidas y de los Gúridas que patrocinaron las instituciones religiosas musulmanas.
250px|thumb|right|Minarete de Jam construido entre los años 1163 al 1202 por el Imperio gúrida.
Jorasán y Sistán, donde el zoroastrismo estaba bien establecido, fueron conquistados. Los árabes habían comenzado a moverse hacia las tierras al este de Persia y en el año 652 capturaron la ciudad de Herat, estableciendo allí un gobernador árabe.Historic Cities of the Islamic World, ed. C.E. Bosworth, (Brill, 2007), 153. La frontera musulmana en el Afganistán moderno se había estabilizado después del primer siglo del calendario de la Hégira a medida que disminuía la importancia relativa de las áreas afganas. Según la evidencia histórica, parece que Tocaristán (Bactria) fue la única área fuertemente conquistada por los árabes donde floreció el budismo. Cabe mencionar que la conquista final de Balj fue emprendida por Qutayba ibn Muslim en el año 705. Hui'Chao, quien la visitó alrededor del 726, menciona que los árabes la gobernaban y que todos los habitantes eran budistas.
En ocasiones, las regiones orientales de Afganistán se consideraron políticamente parte de la India. El budismo y el hinduismo dominaron la región hasta la conquista musulmana. Kabul y Zabulistán, que albergaban el budismo y otras religiones indias, ofrecieron una dura resistencia al avance musulmán durante dos siglos, y los Shahis de Kabul y los Zunbiles permanecieron invictos hasta las conquistas de los Safáridas y Gaznávidas. La importancia del reino de Zun y sus gobernantes, Zunbiles, se habían puesto en ellos bloqueando el camino de los árabes para invadir el valle del Indo.
El califa Al-Ma'mun (r. 813–833 d.C.) recibió el doble del tributo de los Rutbil. Las suyas fueron las últimas expediciones árabes en Kabul y Zabul. El rey de Kabul fue capturado por él y convertido al islam. El último Zunbil fue asesinado por Ya'qub bin al-Layth junto con su antiguo señor Salih b. al-Nadr en 865. Mientras tanto, los Shahis hindúes de Kabul fueron derrotados bajo Mahmud de Ghazni. Los soldados indios eran parte del ejército gaznávida, Baihaki mencionó a los oficiales hindúes empleados por Ma'sud. El erudito musulmán del Ibn Battuta describió el Hindu Kush como "asesino de indios", porque un gran número de esclavos traídos de la India murieron a causa de su clima traicionero.
El geógrafo Ya'qubi afirma que los gobernantes de Bamiyán, llamados Sher, se convirtieron a finales del . Se registra que Ya'qub saqueó sus ídolos paganos en 870, mientras que el historiador mucho más posterior Shabankara'i afirma que Alp-Tegin obtuvo la conversión de su gobernante en 962. No se estableció ningún control árabe permanente en Ghur y se islamizó después de las razias gaznávidas. En la época de Bahram-Shah, Ghur se convirtió y se unió políticamente.
A finales del , Babur, el fundador del Imperio Mogol, llegó de Ferganá y capturó Kabul de manos de la dinastía Arghun. Entre los siglos y , el emperador mogol Shah Jahan y Aurangzeb gobernaron partes del territorio oriental.
El hábitat afgano durante su conquista por Mahmud estaba ubicado en las montañas Sulaiman en el sur de Afganistán. Fueron reclutados tanto por Sabuktigin como por Mahmud según Tarikh-i-Yamini. Antes de la migración pastún al valle del río Kabul, los tayikos formaban la población dominante de Kabul, Nangarhar, el valle de Logar y Lagmán en el este de Afganistán.Harlan 1939:127 Los pastunes más tarde comenzaron a migrar hacia el oeste desde las montañas de Sulaiman en el sur, y desplazaron o subyugaron a las poblaciones indígenas como los tayikos, gazaras o los farsiwanis, antes o durante los siglos y . La sucesiva ola de inmigración pastún desplazó a los pueblos kafir y pashayi originales del valle de Kunar y del valle de Lagmán, las dos provincias orientales cercanas a Jalalabad, a las montañas menos fértiles.
Antes de su conversión, el pueblo kafir de Kafiristán practicaba una forma de hinduismo antiguo infundido con acreciones desarrolladas localmente. La región de Nuristán a Cachemira (llamada Peristán por A. M. Cacopardo) fue sede de una gran cantidad de culturas "Kafir". Fueron llamados Kafirs debido a su paganismo perdurable, permaneciendo políticamente independientes hasta que fueron conquistados y convertidos por la fuerza por el afgano Amir Abdul Rahman Khan en 1895-1896, mientras que otros también se convirtieron para evitar pagar la yizia o impuesto a los no musulmanes.
Conquistas árabes
thumb|left|Nombres de territorios durante el Califato.
Durante la conquista musulmana de Persia, los árabes fueron atraídos hacia el este desde las llanuras iraquíes hasta el centro y este de Persia, luego a Media, a Jorasán, Sistán y Transoxania. Quince años después de la batalla de Nahāvand, los árabes controlaban todo el territorio del antiguo imperio sasánida excepto las partes del actual Afganistán y Makrán. Nancy Dupree afirma que el avance árabes llevaba la religión del Islam se apoderaron fácilmente de Herat y Sistán, pero las otras áreas a menudo se rebelaron y volvieron a convertirse a sus antiguas creencias cuando los ejércitos árabes se retiraron. La dureza del dominio árabe hizo que las dinastías nativas se rebelaran después de que el poder árabe se debilitara como los safáridas fundados por el fanático Yaqub, que conquistaron muchas ciudades de la región.Dupree, Nancy (1971) "Sites in Perspective (Chapter 3)" An Historical Guide To Afghanistan Afghan Tourist Organization, Kabul, OCLC 241390
Los eruditos islámicos medievales dividían la región del actual Afganistán en dos provincias: Jorasán y Sistán. Jorasán era la satrapía oriental del Imperio Sasánida, que contenía a Balj y Herat. Sistán incluía varias ciudades y regiones actualmente afganas, incluidas Gazni, Zarang, Bost, Qandahar (también llamada al-Rukhkhaj o Zamindawar), Kabul, Kabulistan y Zabulistán.
Antes del dominio musulmán, tanto la parte oriental de Jorasán con Balj (capital de la zona conocida como Bactria o Tocaristán) y Herat como Sistán estaban bajo el dominio sasánida. Más al sur, en las proximidades de Balj, en Bamiyán, las indicaciones de autoridad sasánida disminuyen, habiendo evidencias de una dinastía local que parece gobernar desde la antigüedad tardía, probablemente heftalitas sujetos a los yabgu de los turcos occidentales. Si bien Herat estaba controlada por los sasánidas, las tierras del interior de su región estaban controladas por los heftalitas del norte que continuaron gobernando las montañas y valles fluviales alrededor de Gaur hasta bien entrada la era islámica. Aunque Sistán cayó bajo el dominio de los árabes tras la conquista del imperio sasánida, zonas como Qandahar permanecieron fuera del dominio árabe. Kabul y Zabulistán, mientras, albergaron religiones índicas con los Zunbils y Shahis de Kabul que ofrecieron una dura resistencia al dominio musulmán durante dos siglos hasta las conquistas safáridas y gaznávidas.
En Afganistán, la frontera de la conquista islámica se volvió más o menos estacionaria a fines del primer siglo del calendario musulmán. Una razón fue que la importancia relativa de Sistán y Baluchistán había comenzado a disminuir en la época de Mu'awiyah I, cuando se emprendieron las conquistas de Bactria y Transoxania. Además, la conquista en la dirección oriental se extendió a Makrán y Sind, donde se establecieron colonias musulmanas en 711-12.
Sistán thumb|300px|right|Mapa de Sistán bajo el Imperio Sasánida. Los primeros árabes llamaron a la región de Sistán por el nombre Sijistán, del persa Sagestán. Es una región de tierras bajas, que se extiende alrededor y hacia el este del lago Zarah e incluye los deltas de Helmand y otros ríos que desembocan en él. La conquista musulmana de Sistán comenzó en el año 23 del calendario islámico (643-644 d. C) cuando Asim bin Amr y Abdallah ibn Amir invadieron la región y sitiaron Zaranj. Los sistanis firmaron un tratado con los musulmanes que les obligaba a pagar el jarach, impuesto típico de los territorios conquistados.
El rey sasánida Yazdegerd III, con problemas económicos, había huido con un gran séquito a Kermán en 650. Tuvo que huir de Kermán a Sistán después de que su arrogancia enfureciera al marzbán del lugar, eludiendo a una fuerza árabe de Basora que derrotó y mató a al marzban. Yazdegerd perdió el apoyo del gobernador de Sistán después de exigirle impuestos y tuvo que irse a Merv. No se sabe si el gobernador en ese momento era un príncipe sasánida o un magnate local. Los árabes habían hecho campaña en Sistán unos años antes y Abdallah b. Amir ahora emprendió una campaña en busca de Yazdegerd. Llegó a Kermán en 651 y envió una fuerza comandada por Rabi ibn Ziyad al-Harithi a Sistán.
Rabi cruzó el desierto entre Kerman y Sistán, llegando a la fortaleza de Zilaq, que estaba a cinco parasangas de la frontera de Sistán. El fuerte fue rendido por su dihqan. La fortaleza de Karkuya, cuyo templo de fuego se menciona en el Tarikh-e-Sistan de autor anónimo, junto con Haysun y Nashrudh, se rindió a Rabi. Rabi luego acampó en Zaliq y proyectó la toma de Zarang, que aunque antes se había sometido a los árabes, necesitaba ser sometida nuevamente. Aunque su marzaban Aparviz opuso una fuerte resistencia, se vio obligado a rendirse.
Las fuerzas de Zaranj habían sufrido muchas bajas durante la batalla con las fuerzas árabes y fueron obligadas a regresar a la ciudad. Según las fuentes, cuando Aparviz apareció ante Rabi para discutir los términos de una paz, encontró que el general árabe estaba sentado en una silla hecha con dos soldados muertos y su séquito había recibido instrucciones de hacer asientos y cojines de la misma manera. Aparviz se vio aterrorizado hasta la sumisión, deseando salvar a su gente de este destino. Se concluyó un tratado de paz con el pago de fuertes cuotas. El tratado ordenaba un millón de dirhams como tributo anual, además de 1000 niños esclavos que llevaban 1000 vasijas de oro. La ciudad fue guarnecida por Rabi.
Rabi logró así ganar Zarang con considerable dificultad y permaneció en el lugar durante varios años. Dos años más tarde, la gente de Zarang se rebeló y expulsó al gobernador y la guarnición de Rabi. Abdallah b. Amir envió a 'Abd ar-Rahman b. Samura a recuperar la ciudad, quien también agregó Bust y Zabul a las ganancias árabes. 'Abd ar-Rahman sitió Zaranj y después de que el marzbán se rindió, el tributo se duplicó. El tributo impuesto a Zarang fue de 2 millones de dirhams y 2.000 esclavos.
Durante el período de la primera guerra civil en el califato árabe (656-661), los rebeldes en Zarang encarcelaron a su gobernador mientras los bandidos árabes comenzaron a asaltar pueblos remotos en Sistán para esclavizar a la gente. Se rindieron ante el nuevo gobernador Rib'i, quien tomó el control de la ciudad y restauró la ley y el orden. 'Abdallah b. Amir fue nombrado gobernador de Basora y sus dependencias orientales nuevamente del 661 al 664. Samura fue enviado de regreso a Sistán en 661. Se envió una expedición a Jorasán al mando de Samura, un coraichita, que incluía líderes reputados como 'Umar b. 'Ubaydillah b. Ma'mar, 'Abdullah b. Khazim, Catarí b. al-Fuja'a y Al-Muhallab ibn Abi Sufra. Conquistó Zarang, atacó al gobernante de Zabulistán, Zunbil, y entró en Kabul después de un breve asedio.