thumb|right|Activista LGBT durante una protesta en 2020 en Ecuador. La historia de las personas lesbianas, gais, bisexuales y transgénero (LGBT) en Ecuador tiene sus más antiguas manifestaciones en el período precolombino. Se han encontrado indicios en culturas como la Valdivia, Tumaco-La Tolita y Bahía que sugieren que la homosexualidad era considerada como algo natural entre sus integrantes. Textos escritos por cronistas hispanos al momento de la colonización española señalan en particular a la cultura huancavilca como el grupo nativo en que la homosexualidad era practicada de forma más abierta y aceptada. Sin embargo, con la conquista española se instauró un sistema de represión contra cualquier persona que practicara la homosexualidad en los territorios que actualmente conforman Ecuador.
Luego de la independencia, la homosexualidad permaneció ausente del Código Penal Ecuatoriano hasta 1871, cuando por primera vez se tipificó como crimen con una pena de cuatro a ocho años de cárcel. Durante las décadas siguientes el tema fue poco mencionado, principalmente por la criminalización de la homosexualidad y el machismo que caracterizaba a la sociedad ecuatoriana de la época. Un cambio notorio se produjo a finales de la década de 1970, cuando las olas migratorias a las principales ciudades y el efecto de eventos como los disturbios de Stonewall provocaron un incremento en la visibilidad de las personas LGBT, que comenzaron a tener reuniones informales que darían lugar al nacimiento de una comunidad gay ecuatoriana. Sin embargo, esos avances trajeron consigo un despunte en la represión policial, principalmente con la instauración en 1985 de los escuadrones volantes, grupos de élite de la policía que realizaban detenciones ilegales y torturas contra toda persona que consideraran indeseable, en particular contra personas pertenecientes a la diversidad sexual.
La represión policial se redujo luego de la desaparición de los escuadrones volantes en 1988, pero siguió siendo común. El evento que marcaría el punto de inflexión en el activismo por la diversidad sexual fue la Redada del bar Abanicos, un bar para público LGBT de Cuenca que fue intervenido violentamente por la policía la noche del 14 de junio de 1997. Los detenidos en el bar sufrieron abusos, torturas y violaciones por parte de la policía y otros reos durante su detención, lo que desató críticas a nivel nacional y llevó a que por primera vez los distintos grupos LGBT del país se articularan en un solo frente para exigir la despenalización de la homosexualidad. Como parte de esta campaña se realizaron las primeras marchas y manifestaciones públicas de personas LGBT en la historia de Ecuador. Finalmente, el 25 de noviembre de 1997, el Tribunal Constitucional dictaminó que el primer inciso del artículo 516 del Código Penal era inconstitucional, con lo que quedó despenalizada la homosexualidad. Un año después, se incluyó la orientación sexual como una de las categorías protegidas contra la discriminación en la Constitución de 1998.
Aunque durante los primeros años del siguieron existiendo casos de discriminación y abusos contras personas LGBT, los esfuerzos por alcanzar mayor visibilidad y el reclamo de derechos por parte de la comunidad ayudaron a acrecentar la aceptación social hacia la diversidad. sexual Durante la creación de la Constitución de 2008, las organizaciones LGBT tuvieron representantes en el proceso de redacción del articulado y lograron notables reivindicaciones en sus derechos, como la legalización de las uniones de hecho para parejas conformadas por personas del mismo sexo y la inclusión de la identidad de género como una de las categorías protegidas contra la discriminación.
Los años a partir de la década de 2010 han traído más hitos en la lucha por los derechos de las personas pertenecientes a la diversidad sexual, así como la aparición de figuras públicas abiertamente LGBT, como ministros de Estado, legisladores y alcaldes. En 2015, la Asamblea Nacional aprobó cambios a la ley del Registro Civil, entre las que estaba la posibilidad de que las personas transgénero cambiaran el campo de sexo en su cédula de identidad por el de género. Otros cambios jurídicos se han conseguido mediante sentencias de la Corte Constitucional, como el Caso 1692-12-EP, decidido en 2018 y que asentó el derecho de dos mujeres de ser registradas como madres legales de su hija, y posteriormente los casos 11-18-CN y 10-18-CN, decididos el 12 de junio de 2019 y con los que la Corte legalizó el matrimonio igualitario en Ecuador.
Época precolombina thumb|left|Figurines hermafroditas originarios de la cultura Valdivia. Existen indicios arqueológicos y etnohistóricos que sugieren que antes de la colonización española, los pueblos indígenas que habitaban los territorios que en la actualidad conforman Ecuador consideraban la homosexualidad como algo natural. Se han encontrado cerámicas de la cultura Valdivia que mostraban este tipo de relaciones como parte de sus representaciones del erotismo y la fertilidad. Todo cambió con la llegada de los europeos, que impusieron una visión negativa de la homosexualidad basada en sus creencias religiosas católicas.
La arqueóloga María Fernanda Ugalde ha señalado en particular la presencia de figurillas de parejas de mujeres en las culturas Tumaco-La Tolita y Bahía en posiciones usadas tradicionalmente para representar a parejas casadas. De acuerdo a Ugalde, los estudios arqueológicos tradicionales han ignorado estas figurillas o las han descrito como «hermanas siamesas», a pesar de mostrarse en las mismas posturas que parejas afectivas heterosexuales, lo que abre la posibilidad de que mostraran parejas de mujeres lesbianas. Una de las parejas de las figurillas de la Cultura Bahía muestra incluso a una de las mujeres cargando a un bebé.
Ugalde también se ha referido a figurillas de la Cultura Tumaco-La Tolita que muestran personas con vestimenta masculina, pero que a la vez poseen marcadas características físicas femeninas. El arqueólogo Andrea Brezzi ha explicado la existencia de estas figurillas aseverando que probablemente habían sido realizadas en el mismo molde en que se hacían las figurillas femeninas para ahorrar trabajo, aunque el hecho de que existieran moldes específicos para crear figurillas masculinas vuelve para Ugalde menos factible esta teoría. De acuerdo a Ugalde, otra explicación podría ser que las figurillas describen a personas pertenecientes a un hipotético tercer género. El mismo Brezzi, al describir a una figurilla de un hombre joven, afirmó que poseía «caracteres masculinos y femeninos al tiempo».
Del lado de los pueblos indígenas amazónicos se puede mencionar a los shuar, para quienes el acto de ser penetrado durante el sexo anal no era visto como sinónimo de afeminización y cuyo idioma cuenta con los vocablos «chiminiamnijikratin» (en español: persona que fecunda el ano) y «chiminiamnijitiai» (en español: persona fecundada en el ano). En las tradiciones shuar existe además una leyenda sobre un jaguar macho que es penetrado por un mono, quien se ofrece a ayudarlo a limpiar su ano con un palo después de haber defecado, pero que disimuladamente reemplaza el palo por su pene, por lo que el jaguar lo muerde al darse cuenta del engaño.
Cultura huancavilca thumb|right|Cieza de León describió a los enchaquirados en su Crónica del Perú.
Gracias a la información recopilada por cronistas hispanos, se conoce que la homosexualidad era practicada de forma mucho más abierta entre los huancavilcas en comparación con el resto de pueblos indígenas que encontraron los invasores españoles al momento de la colonización. Algo común en estos registros es el contraste entre la aceptación de la que gozaban estas relaciones en la población huancavilca y el rechazo que expresaron los cronistas para referirse a ellas. Un ejemplo de esto son las crónicas de Garcilaso de la Vega, quien se refirió a las prácticas homosexuales de los huancavilcas como un «vicio», o las de Girolamo Benzoni, quien se refirió a ellos como «sucios sodomitas».
Un papel central en estos registros lo tenían los hombres identificados como «enchaquirados», que recibieron este nombre por el uso de chaquiras y formaban especies de harenes de hombres homosexuales que participaban en ceremonias religiosas y adoptaban vestimenta femenina desde la infancia. Pedro Cieza de León describe a los enchaquirados como hombres (uno o más por cada templo) que cumplían el rol de sacerdotes o guardianes de las deidades adoradas por los huancavilcas y que tenían relaciones homosexuales con los caciques de sus tribus durante sus festividades religiosas. De acuerdo al antropólogo Hugo Benavides, el uso de objetos considerados como invaluables por parte de los huancavilcas, como lo eran el oro y las chaquiras de conchas spondylus, indica el estatus elevado que los enchaquirados tenían dentro de la jerarquía social de las tribus.
Según Cieza de León, los huancavilcas fueron duramente castigados por los capitanes Francisco Pacheco y Juan de Olmos por practicar la homosexualidad.
Periodo colonial thumb|left|Retrato de Carlos de Montúfar. No se conocen muchos casos públicos de homosexualidad durante el periodo colonial en Ecuador. Uno de los más notorios de los que se tiene noticia es el de Manuel Barros de San Millán, quien fue presidente de la Real Audiencia de Quito de 1587 a 1593 y quien nunca contrajo matrimonio. El 3 de julio de 1590, Andrés Cupín, un antiguo esclavo de Barros que estaba siendo juzgado por sodomía en Lima, declaró que Barros había sido el primer hombre con el que había tenido relaciones sexuales, hechos que habrían transcurrido cuando se encontraba a su servicio en la Audiencia de Charcas, con sede en la ciudad de La Plata. Barros ya había sido acusado del «pecado nefando» antes, tanto en Panamá como en Charcas, aunque estas acusaciones habían sido desestimadas.
A raíz de las declaraciones de Cupín, Barros fue detenido y llevado a Lima. Los rumores sobre el caso pronto se regaron en Quito, donde Barros había hecho numerosos enemigos. Durante el juicio, varias personas de Quito se presentaron como testigos y afirmaron que Barros solía caminar agarrado de la mano de otros hombres y se mostraba en extremo cariñoso con ellos. El 11 de octubre de 1594, Andrés Cupín fue ejecutado en garrote vil por las acusaciones de sodomía. Barros fue llevado de regreso a España, donde en 1597 fue sentenciado a pagar una multa de 7000 ducados y se le prohibió regresar a las Indias.
Otro caso que ha sobrevivido hasta la actualidad es el del aristócrata e independentista quiteño Carlos de Montúfar, de quien se señalaba que tuvo una relación amorosa con el geógrafo y barón alemán Alexander von Humboldt. Montúfar y Humboldt se conocieron en Quito en 1802 durante los viajes del geógrafo por América. Tras el encuentro, Montúfar decidió acompañarlo durante el resto de su viaje por el continente y luego se mudó con él a Europa. En total, Montúfar y Humboldt vivieron juntos durante tres años, pero posteriormente Montúfar regresó a América para participar en las campañas independentistas, mientras que el físico francés Joseph Louis Gay-Lussac pasó a ocupar en la vida de Humboldt el lugar que antes tenía Montúfar.
La relación entre Montúfar y Humboldt produjo indignación en el botánico novogranadino Francisco José de Caldas, quien esperaba unirse a la expedición de Humboldt, pero que fue dejado de lado por el alemán para poder incluir a Montúfar. Caldas aseveró que el quiteño le había «robado el corazón» de Humboldt y, en una carta fechada el 2 de abril de 1802 y dirigida al pensador y sacerdote español José Celestino Mutis, afirmó que el alemán había acudido a «las casas donde reina el amor impuro», en relación con su paso por Quito:
El 21 de junio del mismo año Caldas volvió a escribirle a Mutis una carta, la misma en que se refirió a Montúfar como el «Adonis» de Humboldt, en los siguientes términos:
Juicios coloniales por sodomía