Las opiniones religiosas de Thomas Jefferson divergían ampliamente del tradicional cristianismo de su época. A lo largo de su vida, Jefferson estuvo intensamente interesado en la teología, y la moralidad. Ahlstrom p 366 Charles Sanford, "La vida religiosa de Thomas Jefferson" (Charlotte: UNC Press, 1987). Jefferson estaba más cómodo con el deísmo, la religión racional y el racionalismo teísta y unitarismo.Michael Corbett and Julia Mitchell Corbett, Politics and religion in the United States (1999) p. 68 Simpatizaba y en general estaba de acuerdo con los preceptos «morales» del cristianismo.Scherr, Arthur. "Thomas Jefferson Versus the Historians: Christianity, Atheistic Morality, and the Afterlife." Cambridge University Press. 7 March 2014. 3 October 2016. Consideró que las enseñanzas de Jesús tienen "el código moral más sublime y benevolente que jamás se haya ofrecido al hombre".Jefferson, Washington, 1907, p. 89 Sin embargo, sostuvo que las enseñanzas puras de Jesús parecían haber sido apropiadas por algunos de los primeros seguidores de Jesús, lo que resultó en una Biblia que contenía tanto "diamantes" de sabiduría como el "estiércol" de las agendas políticas antiguas.Thomas Jefferson and his Bible April, 1998, PBS Frontline, downloaded 15-04-03

Jefferson sostuvo "reconocer y adorar una providencia predominante" (como en su primer discurso inaugural).Thomas Jefferson, First Inaugural Address Fue importante y en su segundo discurso inaugural, expresó la necesidad de ganar "el favor de ese Ser en cuyas manos estamos, que guió a nuestros padres, como a Israel de antaño".Thomas Jefferson, Second Inaugural Address, Monday, March 4, 1805 Aun así, junto con James Madison, Jefferson llevó a cabo una campaña larga y exitosa contra el apoyo financiero estatal a las iglesias en Virginia. Jefferson también acuñó la frase "muro de separación entre la iglesia y el estado" en su Carta a los bautistas de Danbury - 1 de enero de 1802. Durante su campaña de 1800 para la presidencia, Jefferson incluso tuvo que lidiar con críticos que argumentaron que no era apto para ocupar el cargo debido a la incomodidad con sus creencias religiosas "poco ortodoxas".

En una carta a John Adams fechada el 22 de agosto de 1813, Jefferson nombró a Joseph Priestley (un unitario inglés que se mudó a América) y a Conyers Middleton (un deísta inglés) como sus inspiraciones religiosas.https://founders.archives.gov/documents/Jefferson/03-06-02-0351

Jefferson usó ciertos pasajes del Nuevo Testamento para componer La vida y la moral de Jesús de Nazaret (la "Biblia de Jefferson"), que excluía cualquier milagro hecho por Jesús y enfatizó su mensaje moral. Aunque a menudo expresó su oposición a muchas prácticas del clero y a muchas doctrinas cristianas populares específicas de su época, Jefferson expresó repetidamente su admiración por Jesús como un maestro "moral" y se refirió constantemente a sí mismo como cristiano (aunque siguiendo su propio tipo único de cristianismo) a lo largo de su vida. Jefferson se opuso al Calvinismo, Trinitarismo, y los identificó como elementos platónicos en el cristianismo. En cartas privadas, Jefferson también se describió a sí mismo como suscriptor a otras ciertas filosofías, además de ser cristiano. En estas cartas se describió a sí mismo como también un " epicúreo" (1819), un "materialista del siglo XIX" (1820), un "Unitario por mí mismo" (1825), y "una secta de mí mismo" (1819). Tras el desestablecimiento de la religión en Connecticut, le escribió a John Adams: "Me uno a ustedes, por lo tanto, en sinceras felicitaciones por el hecho de que esta guarida del sacerdocio se ha roto por fin, y que un Papa protestante ya no es una desgracia a la historia y el carácter estadounidenses ".Works, Vol. iv., p. 301.

Asistencia a la iglesia Jefferson se crio en la Iglesia de Inglaterra en un momento en que era la iglesia establecida en Virginia y la única denominación financiada con dinero de impuestos de Virginia. Antes de la Revolución, las parroquias eran unidades de gobierno local, y Jefferson sirvió como un miembro de la junta parroquial, un puesto administrativo laico en su parroquia local. Cualificaciones para ocupar cargos públicos en todos los niveles, a la que Jefferson elegido en 1769 requerían afiliación a la religión estatal actual y el compromiso de no expresar disentimiento ni hacer nada que no se ajustara a la doctrina de la iglesia. Jefferson contaba al clero entre sus amigos, y contribuyó económicamente a la Iglesia Anglicana a la que asistía regularmente.

Después de la Revolución, se desestableció la Iglesia de Inglaterra en América. Se reorganizó como la Iglesia Episcopal en América (Iglesia Episcopal en los Estados Unidos de América). Margaret Bayard Smith, cuyo esposo era un amigo cercano de Jefferson, registra que durante el primer invierno de la presidencia de Jefferson "asistía regularmente al servicio" el domingo en una pequeña iglesia episcopal, por respeto al culto público.Smith, Margaret Bayard. "The first forty years of Washington society, portrayed by the family letters of Mrs. Samuel Harrison Smith (Margaret Bayard) from the collection of her grandson, J. Henley Smith." Internet Archive. 5 October 2016. p.13 Esta era la única iglesia en la ciudad, con la excepción de una pequeña capilla católica. Un año después de su inauguración, Jefferson comenzó a asistir a los servicios de la iglesia en la Cámara de Representantes, una costumbre que aún no había comenzado mientras era vicepresidente, y que presentaba predicadores de todas las sectas y denominaciones cristianas.

Henry S. Randall, el único biógrafo al que se le permitió entrevistar a la familia inmediata de Jefferson, registró que Jefferson "asistía a la iglesia con tanta regularidad como la mayoría de los miembros de la congregación, a veces yendo solo a caballo, cuando su familia se quedaba en casa y "que también" contribuyó libremente a al desarrollo de iglesias cristianas, dio dinero a sociedades bíblicas y otros objetos religiosos, y fue un liberal y contribuyente habitual al apoyo del clero. Se conservan cartas suyas en las que exhorta, con respetuosa delicadeza, a la aceptación de aportaciones extraordinarias y no solicitadas, al párroco de su parroquia, en ocasiones de expensas a este último, como la construcción de una casa ".

En años posteriores, Jefferson se negó a servir como padrino de los bebés bautizados, porque no creía en el dogma de la Trinidad. A pesar del testimonio de la asistencia a la iglesia de Jefferson, no hay evidencia de que alguna vez haya sido confirmado o haya sido un comulgante.

Jefferson y el deísmo

En 1760, a los 16 años, Jefferson ingresó al College of William & Mary en Williamsburg, y durante dos años estudió matemáticas, metafísica y filosofía con el profesor William Small . Introdujo al entusiasta Jefferson a los escritos de los empiristas británicos , incluidos John Locke, Francis Bacon e Isaac Newton.Merrill D. Peterson, ed. Thomas Jefferson: Writings, p. 1236 Los biógrafos de Jefferson dicen que fue influenciado por el Deísmo mientras estuvo en William & Mary, particularmente por Bolingbroke.

Frases como "Dios de la naturaleza", que Jefferson usó en la Declaración de Independencia, son típicas del deísmo, aunque también fueron utilizadas en ese momento por pensadores no deístas, como Francis Hutcheson. Además, era parte del pensamiento romano sobre la ley natural, y Jefferson fue influenciado por leer Cicerón sobre este tema.Jefferson's Literary Commonplace Book, trans. and ed. Douglas L. Wilson (Princeton, N.J.: Princeton University Press, 1989), p. 159.

La mayoría de los deístas negaron los conceptos cristianos de milagros y la Trinidad. Aunque tuvo un estima de toda la vida por las enseñanzas morales de Jesús, Jefferson no creía en los milagros ni en la divinidad de Jesús. En una carta a Rieux en 1788, rechazó una solicitud para actuar como padrino, diciendo que no había podido aceptar la doctrina de la Trinidad "desde una parte muy temprana de mi vida". (letter to J.P.P Derieux, July 25, 1788, Papers vol 13, p 418) En una carta de 1820 a su amigo cercano William Short, Jefferson declaró, "no se debe entender que estoy con él (Jesús) en todas sus doctrinas. Soy un Materialista; se pone del lado del Espiritismo; predica la eficacia del arrepentimiento hacia el perdón del pecado; necesito un contrapeso de buenas obras para redimirlo ".The character of Thomas Jefferson: as exhibited in his own writings By Theodore Dwight, Pg. 363 En 1824, cuatro años después, Jefferson había cambiado de opinión sobre el "materialismo" de Jesús, aclarando entonces que "... el fundador de nuestra religión, era indiscutiblemente un materialista en cuanto al hombre".The Battle for the American Mind: A Brief History of a Nation's Thought By Carl J. Richard, Pg. 98“From Thomas Jefferson to Augustus Elias Brevoort Woodward, 24 March 1824,” Founders Online, National Archives, accessed September 29, 2019. [This is an Early Access document from The Papers of Thomas Jefferson: Retirement Series. It is not an authoritative final version.]. Internet Archive capture from 2020-01-02.

Jefferson estaba directamente relacionado con el deísmo en los escritos de algunos de sus contemporáneos. La viuda de Patrick Henry escribió en 1799: "Ojalá el Grate Jefferson y todos los héroes del partido deísta pudieran haber visto a mi ... esposo pagar su última deuda con la naturaleza". Avery Dulles, un destacado teólogo católico, afirma que mientras estaba en el College of William & Mary, "bajo la influencia de varios profesores, Jefferson se convirtió a la filosofía deísta". Dulles concluye:

En resumen, Jefferson era un deísta porque creía en un solo Dios, en la divina providencia, en la ley moral divina y en las recompensas y castigos después de la muerte; pero no creía en la revelación sobrenatural. Era un deísta cristiano porque veía al cristianismo como la máxima expresión de la religión natural y a Jesús como un incomparable gran maestro moral. No era un cristiano ortodoxo porque rechazaba, entre otras cosas, las doctrinas de que Jesús era el Mesías prometido y el Hijo de Dios encarnado. La religión de Jefferson es bastante típica de la forma estadounidense de deísmo en su época. Dulles está de acuerdo con el historiador Stephen Webb, quien afirma que las frecuentes referencias de Jefferson a la "Providencia" indican su deísmo, ya que "la mayoría de los deístas del siglo XVIII creían en la providencia".Stephen H. Webb, American providence: a nation with a mission (2004) p. 35

Si bien muchos biógrafos, así como algunos de sus contemporáneos, han caracterizado a Jefferson como un deísta, los historiadores y eruditos no han encontrado tal autoidentificación en los escritos sobrevivientes de Jefferson. En una carta de 1803 a Priestley, Jefferson alaba a Jesús por una forma de deísmo.

Expresó ideas similares en una carta de 1817 a John Adams.

En una carta a Adams fechada el 22 de agosto de 1813, Jefferson escribió que:

Desestablecimiento de la religión en Virginia

Para Jefferson, la separación de la iglesia y el estado era una reforma necesaria de la tiranía religiosa por la cual una religión recibía el respaldo del estado, y a los que no eran de esa religión se les negaban derechos e incluso se les castigaba.

Después de la Revolución, Jefferson jugó un papel de liderazgo en la disolución de la religión en Virginia. Anteriormente, como iglesia estatal establecida, la Iglesia Anglicana recibía apoyo fiscal y nadie que no fuera anglicano podía ocupar un cargo. Las iglesias presbiteriana, bautista y metodista no recibieron apoyo fiscal. Como escribió Jefferson en sus Notas sobre Virginia, la ley colonial prerrevolucionaria sostenía que "si una persona educada como cristiana niega el ser de un Dios o la Trinidad... es castigado por la primera infracción con incapacidad para ocupar cualquier cargo ".Jefferson, Thomas. "Notes on the State of Virginia." Google Books. 26 May 2017.