miniaturadeimagen|280px|Islas principales y grupos de islas de las Seychelles miniaturadeimagen|Desroches, isla principal de las Islas Amirante Según la IUCN, en las Seychelles hay 51 áreas protegidas que cubren 300 km² de tierra firme, el 61.52 % de los 487 km² de las islas, sin embargo, la superficie marina es enorme, y están protegidos 439.997 km², el 32,82 % del total que pertenece al país, que es de 1.340.839 km². De los siete tipos de designación, 9 son reservas naturales, 4 son parques nacionales, 11 son parques nacionales marinos, 8 son reservas especiales, 4 son reservas Shell, 8 son áreas de excepcional belleza natural y 1 es una zona protegida sin más. Además, hay 2 sitios patrimonio de la humanidad y 4 sitios Ramsar.
En las islas hay 20 IBAs (Áreas importantes para la conservación de las aves), con una extensión total de 1401 km², que albergan 95 especies, de las que 13 están globalmente amenazadas y 15 son endémicas. Toda la zona se considera EBA (Área de aves endémicas), con dos ecosistemas, el matorral xerófilo de las islas Aldabra (160 km²) y la selva de las Seychelles graníticas, (240 km²) que cubre el resto de las islas.
Islas exteriores En las Seychelles hay tres islas principales, Mahé, Praslin y La Digue, las más densamente pobladas, que forman parte de las 42 islas interiores, y 72 islas Exteriores formadas por islas coralinas, atolones y arrecifes de coral. En estas últimas habitan un 2 % de los 90.000 habitantes de Seychelles y son las más necesitadas de protección. Algunas islas, como el grupo Alphonse, Desroches, Poivre, Farquar y los atolones privados D'Arros y Saint Joseph se encuentran a entre 230 y 1150 km de la isla principal de Mahé.
Parques nacionales miniaturadeimagen|Isla Moyenne o Media Parque nacional de Morne Seychellois, 31,29 km², en la isla de Mahé. miniaturadeimagen|El loro negro de las Seychelles es el pájaro nacional. miniaturadeimagen|Isla de Silhouette Parque nacional de Praslin, 3,25 km², en la isla de Praslin, en el Valle de Mai, donde se halla un magnífico bosque de palma de 330 ha dominado por el coco de mar, la palmera que produce la mayor semilla del mundo, de hasta 20 kilos, y otras cinco palmeras endémicas de Seychelles, entre ellas Verschaffeltia splendida, Deckenia nobilis y Phoenicophorium borsigianum, además de otras endémicas como Secamone schimperianus y Drypetes riseleyi. El parque forma parte de un IBA (Área de importancia para las aves) que va desde el nivel del mar hasta la zona más alta de la isla de Praslin (367 m), al sur de la misma. Hay numerosos arroyos y pequeñas cascadas, con alguna plantación de caoba de Honduras, zonas de matorrales, roquedos y cuevas. El IBA es importante para el loro negro de Seychelles, el ave nacional de Seychelles. También se encuentra la salangana de Seychelles y otras aves endémicas como Alectroenas pulcherrima, Hypsipetes crassirostris y Nectarinia dussumieri. También hay ranas, geckos, escíncidos y serpientes.
Parque nacional de la isla Moyenne, 0,09 km², en la isla Moyenne.
Parque nacional de Silhouette, 19,89 km², en la isla de Silhouette, a 20 km al noroeste de Mahé en Seychelles. Es la tercera isla más grande de Seychelles. Tiene un área de 20 km² y 135 habitantes. La isla es montañosa, con cinco picos de más de 500 metros de altitud; Mont Dauban (740 m), Mont-Pot-a-Eau (621 m), Gratte Fesse (515 m), Mont Corgat (502 m) y Mont Cocos Marrons (500 m). La isla tiene un gran área de bosque primitivo, donde crían los murciélagos de las Seychelles. Es, además, un área importante para las aves y es considerada por la Alianza para la Extinción Cero como un sitio importante para la supervivencia de especies en peligro. El Nature Protection Trust of Seychelles, encargado de la conservación en las islas, tiene un centro de crianza para tortugas gigantes de Seychelles y tortugas gigantes de Arnold. En diciembre de 2006, esta última especie fue reintroducida en el medio natural. Está rodeada por el Parque nacional marino de Silhouette.
Parques nacionales marinos miniaturadeimagen|Costa de la isla de Silhouette miniaturadeimagen|Isla principal del atolón conocido como Grupo de Aldabra miniaturadeimagen|Isla Bird, isla coralina que es un resort privado con 24 bungalós. Parque nacional marino de Silhouette, 21,52 km². El parque nacional de Silhouette engloba el 93 % de la parte terrestre de la isla del mismo nombre, la tercera más grande de las Seychelles, rodeado por el parque nacional marino del mismo nombre.
Parque nacional marino de la isla de Cocos, 0,86 km². Consiste en 3 pequeñas islas: Cocos, La Fouche y el islote Plate. A 7 km de La Digue, comocido por el snorkeling. Se pueden ver tortugas, morenas y rayas en el arrecife, así como ballenas. En la pequeña isla granítica de Cocos anidan aves marinas como la pardela de Audubon, el gaviotín albo y la tiñosa común. El parque está protegido desde 1996 y es una isla desierta.
Parque nacional marino de Santa Ana, 9,65 km², a 5 km al este de la isla de Mahé, muy cerca de Victoria, la capital. Está formado por ocho islas: Santa Ana (2,27 km²), Cerf (1,27 km²), Cachée (2,2 ha), Round (2,7 ha), Long (23 ha), Moyenne (9,9 ha), Sèche (2 ha) y el islote de Harrison Rock. La pesca está prohibida en la zona del parque.
Parque nacional marino de Port Launay, 1,63 km², al oesnoroeste de la isla de Mahé. El parque engloba ocho playas y un hotel de cinco estrellas en el distrito de Port Glaud. La playa principal es Port Launay, donde crece el calófilo, un gran árbol de hoja perenne. Se puede visitar el colorido arrecife.
Parque nacional marino de Curieuse, 13,28 km², rodeando la isla Curieuse, al este de la isla de Praslin. Hay tortugas gigantes (verde y carey) y aves endémicas. En la isla se encuentra el coco de mar, la palmera que ofrece la semilla más grande del mundo, de hasta 20 kilos. Se practica el snorkeling y el submarinismo. Destaca el manglar que rodea la bahía Laraie, donde en periodo de cría pueden verse las tortugas pequeñas camino del mar.
Parque nacional marino de la bahía de Ternay, 0,87 km², al noroeste de Mahé. Playas de arena, orillas, rocosas, pastos marinos y arrecifes de coral. Se pueden ver tiburones ballena, delfines y tortugas carey, así como morenas y peces gato camuflados entre las rocas de granito. Entre las dos colinas que bordean el Parque nacional de Morne, la bahía de Ternay es uno de los refugios más buscados por los yates, especialmente durante los monzones del sudeste. Desde el mar puede verse el monte Seychellois, de 906 m, el más alto de las islas. La playa Anse du Riz es accesible solo en bote.
Parque nacional marino del Grupo Aldabra, 201.235 km², en las Islas Exteriores, a 100 km de Mahé y al norte de Madagascar. El atolón de Aldabra, formado por cuatro grandes islas de coral rodeadas por un arrecife, es patrimonio de la humanidad por la Unesco desde 1982 con una extensión de 350 km2. Está habitado por unas 152.000 tortugas gigantes de Aldabra, la mayor población mundial. En el atolón hay uns 400 especies endémicas. También es sitio Ramsar con 439 km2.
Parque nacional marino de Amirantes South, 1335 km², en las Islas Amirante, un conjunto de islas coralinas y atolones que forman parte del conjunto de islas exteriores del archipiélago de las Seychelles.Seychelles: The Bradt Travel Guide. Lyn Mair, Lynnath Beckley. Bradt Travel Guides, 2012 - Travel - 202 pag. ISBN 1841624063, ISBN 9781841624068 Comprende un área alrededor del grupo Amirante en torno a las islas de Etoile, Boudeuse, Desnoeufs y Marie-Louise. En esta última isla hay charranes pardos y blancos y desde aquí se parte para recolectar huevos de charranes en la isla Desnoeufs.
Parque nacional marino de la isla Bird, 106 km2 en torno a la isla, que no es propiamente un parque nacional, sino una reserva privada y un santuario de aves marinas, 100 km al norte de Mahé. La isla tiene 101 hectáreas , conocida también como islas de las Vacas, debido a la abundancia de dugongos (vacas marinas). Recibió el nombre por las 700.000 parejas de charrán sombrío que anidan aquí (más de un millón de individuos). Llegan en marzo-abril y abandonan la isla después de criar en octubre. Hay también una amplia colonia de tiñosa común, y menos de pardela del pacífico, gaviotín albo, tiñosa picofina y rabijunco común, entre otras. En la isla vive una tortuga gigante de Aldabra de las más grandes del mundo, conocida como Esmeralda, con un peso de 304 kilos y 170 años. Además hay tortuga verde y carey.
Parque nacional marino del atolón de Arros en torno a la isla de Arros, 25 km², un cayo del grupo de las islas Amirante. La isla de Arros es un cayo de 1,71 km² y una elevación máxima de 3 m. Hay una población de 42 habitantes que practican la pesca y la agricultura a pequeña escala. La Fundación Save Our Seas compró la isla en 2012 y la estableció como reserva natural en 2014. Fue descubierta en 1770 y nombrada en honor al barón d'Arros.
Parque nacional marino de los atolones D'Arros a Poivre, entre los atolones de Arros y Poivre 370 km², al este de las islas Amirante. El atolón de Poivre está formado por tres islas con un superficie total de 2,48 km2. Las dos islas principales están separadas por una laguna poco profunda.
Sitios Ramsar miniaturadeimagen|280px|Islas del atolón Aldabra En la actualidad hay en Seychelles tres sitios Ramsar oficiales que cubren 44.025 ha y uno propuesto, la Plaine Holandaise, de 4 ha.
Atolón Aldabra, 9°24′ S 46°19′59″ E, 439 km². Además, patrimonio de la humanidad, en las islas Exteriores. 1150 km al sudoeste de Mahé. Es el mayor atolón de coral del mundo. Comprende siete tipos de humedales, incluyendo aguas marinas poco profundas permanentes, laguna salina costera, praderas marinas submareales y manglares. Alberga especies como la tortuga verde y la tortuga gigante de Aldabra, unas 40 especies endémicas de flora y fauna como el ibis sagrado de Madagascar y dos especies de murciélagos endémicos insectívoros, Chaerephon pusillus y Paratriaenops pauliani. El uso de la tierra es mínimo en esta isla.
Mare aux Cochons, 4°37′59″ S 55°25′ E, 1 ha. Es el único humedal de la isla de Mahé y uno de los tres que hay en el interior de las islas en el archipiélago. Juega un papel importante en la ecorregión del océano Índico occidental, con especies como el autillo, la planta endémica Vateriopsis seychellarum y las ranas Sooglossus sechellensis y Tachycnemis seychellensis o rana arbórea de las Seychelles.
Humedales costeros de Port Launay, 4°39′26″ S 55°24′21″ E, 124 ha. Uno de los mejores humedales de manglar de la isla de Mahé, en el noroeste. Aquí se hallan las siete especies de manglar que hay en las islas, además de la palma deckenia Albergan especies de peces como Ophiocara porocephala y panchax dorado, y el murciélago Coleura seychellensis. La población local recoge cocos, pesca pulpos y se practica el turismo, con un hotel resort.
Reservas naturales miniaturadeimagen|Grupo de islas Amirante, en las islas Exteriores de las Seychelles Isla Beacon, 2 ha, también conocida como isla Sèche, a 1,5 km de la isla de Santa Ana y a 7,5 km de Mahé. Rocosa, con una elevación de 30 m. A 2,5 km al sur se encuentra un roquedo granítico llamado Harrison Rocks. Isla de las Vacas, 5 ha (o Aux Vaches), conocida por el surf. Isla Booby, 2,3 ha. Al norte de Praslin y al sur de la isla de Aride. Es una isla de granito cubierta de una densa vegetación. El nombre le viene del gran número de pájaros bobos o piqueros que anidan en la isla, llamados en inglés boobies. Cayo Boudeuse, 2 ha. Islote de arenisca de 4,6 m de altura máxima deshabitado en el extremo occidental de las islas Amirante. Hay una pequeña playa de arena. No hay árboles ni vegetación introducida, así que es uno de los más prístinos de la zona. Cayo Etoile, 5 ha. Es el otro cayo, junto con Boudeuse, del grupo Amirante, que comprende 24 islas e islotes a lo largo de 128 km.