La Intendencia de San Salvador fue una división administrativa del Imperio español, creada por Real Cédula el 17 de septiembre de 1785 dentro de la Capitanía General de Guatemala, tras las Reformas borbónicas en el siglo , sustituyendo a la anterior Alcaldía Mayor de San Salvador y comprendiendo casi la mayor parte del territorio actual de El Salvador.Centroamérica I (1988), México, D.F. p. 103. ISBN 968-6173-73-0
Está intendencia existió hasta 1821 cuando tras el restablecimiento de la constitución de Cádiz en el Imperio Español se la elevó al rango de provincia, durante su existencia sus autoridades hicieron frente a dos principales movimientos independentistas acaecidos en 1811 y 1814 respectivamente.
Historia
thumb|350px|La intendencia de San Salvador y el resto de la Capitanía General de Guatemala a principios del siglo thumb|Francisco Luis Héctor de Carondelet, intendente de San Salvador de 1789 a 1791
Finales del (1785 - 1800)
La Intendencia de San Salvador fue creada por real cédula dada por el monarca Carlos III de España el 17 de septiembre de 1785 por las Reformas borbónicas, con las cuales se buscaba mejorar la administración española sobre las colonias a través de la centralización de las funciones administrativas en el cargo de intendente y con reformas económicas y sociales implementadas por la dinastía de los Borbones al ascender al trono español con Felipe V.
Para ejercer el cargo de primer intendente, la Real Audiencia de Guatemala eligió al licenciado José Ortiz de la Peña que se desempeñaba con anterioridad como oidor (un funcionario judicial) de la Real Audiencia de Guatemala, la razón de su elección se debió a que como oidor había estudiado los problemas del cobro de impuesto, de la mano de obra y del cultivo de añil (que era el principal producto producido en el territorio de la intendencia y el principal producto de exportación de la Capitanía General de Guatemala) y por lo tanto se lo consideraba capacitado para estimular el cultivo de añil y a su vez asegurarse de que los hacendado contaran con manos de obra y pagaran impuestos; el licenciado Ortiz ejerció el cargo como gobernador-intendente (lo que implicaba un mando militar) y se encargó de organizar el territorio.
En 1789 fue elegido como gobernador-intendente Francisco Luis Héctor de Carondelet, quien se encargó de estabilidad al territorio, perseguir el contrabando en las costas, combatir la piratería (armando los puertos y lugares estratégicos), trató de reorganizar las milicias, liberar a la agricultura de trabas judiciales, introducir al gusano de seda, solicitar que se levantará el estanco de tabacos, y reorganizar la junta de cosecheros de añil en forma de banco hipotecario, establecer la junta de vacuna, disponer principios de población, proteger a los consumidores, regular los pesos y medidas usados por los vendedores, tratar de regular las venta de tierras de realengas, establecer escuelas primarias y de artesanías, y además que fundaría la población de Dulce Nombre de María.
En 1791, Carondelet fue reemplazado por José Antonio María de Aguilar, este fue el primer asesor letrado nombrado en ésta intendencia y el primero en ejercer el cargo como corregidor-intendente, el cambio en el título se debió a que el cargo no comprendía un mando militar, ejerciendo el cargo hasta 1793.
En el año de 1794 llegó al golfo de Fonseca el barco El Activo dirigido por el teniente Salvador Meléndez y Bruna (que integraba la expedición náutica y cartográfica de Alejandro Malespina), el cual exploró y mapeó la costa salvadoreña; por otro lado, en su diario apuntó que en los peñascos del extremo suroeste de Meanguera se observaban engarzadas las balas de cañón disparadas por los galeones de la Armada del Sur en 1688.
En 1793 fue nombrado como nuevo corregidor-intendente Ignacio Santiago Ulloa desempeñándose en tales funciones hasta su fallecimiento el 1 de enero de 1798. Tras el fallecimiento del intendente Ulloa, la intendencia estuvo gobernada por intendentes provisionales lo cual permitió a los criollos ejercer diferentes cargos en la intendencia; el primero de estos intendentes provisionales fue José Antonio María de Aguilar quien ocupó por segunda vez ese cargo y ejerció el cargo hasta su fallecimiento acaecido el 15 de septiembre de 1799, siendo sucedido por Bernardo José de Arce (este también fue el padre de Manuel José Arce (primer presidente de Centroamérica) y con él fue también prócer de la independencia centroamericana a través de su participación en los movimientos independentistas que posteriormente sucederían en San Salvador) que estuvo en el cargo hasta 1800.
Principios del (1800 - 1821)
En 1798 el rey había nombrado a Luis de Arguedas como intendente, pero no pudo tomar posesión debido a problemas de salud; por lo que en el año 1800 la real audiencia guatemalteca designó al tesorero Luis Martínez Navarrete, como intendente interino, y Antonio Isidro Palomo como asesor letrado. En 1801 Navarrete dejó el cargo por motivos de salud, y el ayuntamiento de San Salvador protestó para que fuese el alcalde ordinario de primer voto quien se desempeñase como intendente interino (y no el asesor letrado); lo cual así ocurrió, siendo el primero (en ese año de 1801) Ventura Calera, y sucediéndose en los siguientes años José Rosi y Buenaventura de Viteri; encargándose Antonio Isidro Palomo del cargo en el tiempo que había desde la finalización del período del alcalde ordinario de ese año hasta que el siguiente tomase posesión. Hasta que en 1804 la real audiencia guatemalteca designó como intendente interino a Francisco Vallejo.
En 1804 accedió al cargo de intendente Antonio Gutiérrez y Ulloa (quien sería el primer intendente oficial, nombrado por el rey, desde 1798) el cual escribió el libro Estado general de la Provincia de San Salvador, donde narra la situación en que se encontraban las poblaciones que formaban parte de la intendencia, presentando la información en dos partes siendo la primera publicada en 1807 y la segunda en 1811.
Ocupación francesa de España, movimientos independentistas, y Constitución de Cádiz
thumb|El coronel José Alejandro de Aycinena, quien fue escogido por el ayuntamiento de San Salvador como candidato al sorteo para elegir al miembro de la Junta Suprema Central, y que fue intendente de San Salvador del 3 de diciembre de 1811 al 25 de junio de 1812
En el año de 1808, España fue invadida por las tropas de Napoleón Bonaparte, y la familia real fue puesta en prisión; poco tiempo después se conformó la Junta Suprema Central, para luchar contra los franceses. Esas noticias llegarían a la intendencia en octubre de ese año, por lo que los diferentes autoridades jurarían lealtad al nuevo gobierno; asimismo se ofrecerían donativos voluntarios para costear la guerra contra los franceses.
Elección del vocal a la Junta Suprema Central y de diputado a Cortes
El 22 de enero de 1809, la Junta Suprema Central convocaría a los ayuntamientos para que por sorteo eligiesen un candidato, que competiría (junto con los elegidos de los demás ayuntamientos) en un sorteo en la sede de su Real Audiencia, para así designar a un representante ante la junta.
En el ayuntamiento de San Salvador (presidido por los alcaldes ordinarios Gregorio de Castraciones y Ventura Calera), se procedió a elegir entre Vicente de Aycinena (marqués de Aycinena), el coronel José Alejandro de Aycinena, Bernardo José Pavón, y a José Matías Delgado, quedando como ganador el coronel José de Aycinena; mientras que en el de Santa Ana (presidido por los alcaldes José Vicente Vides y José Miguel Cárcamo) se eligió entre el alcalde de segundo voto José Miguel de Cárcamo, el regidor y alférez José Ciriaco Méndez, y el regidor Domingo Figueroa, siendo elegido Figueroa; en el de San Miguel (liderado por José María de Hoyos, y José Manuel Escolán) se sorteó al vicario de esa ciudad Miguel Barroeta, Rafael Barroeta (hermano del anterior) y el vicario de San Vicente Manuel Antonio de Molina, ganando el vicario Miguel Barroeta; y en el de San Vicente (que tenía por alcaldes a José María Cevallos, y a Ramón Quintanilla) se eligió entre el vicario Manuel Antonio de Molina, el marqués de Aycinena, Joaquín Arechavala, y José Cecilio del Valle, siendo elegido este último.
El sorteo final, entre los candidatos de los ayuntamientos, se realizó en Guatemala en noviembre, que fue ganado por Alejandro Ramírez (candidato por los ayuntamientos de Sonsonate, Comayagua y Granada); pero debido a renuncia de este se volvió a realizar el sorteo en marzo de 1810. Asimismo, la renuncia de Valle obligó al ayuntamiento de San Vicente (liderado por los alcaldes ordinarios Manuel Jiménez Basurto y Antonio José Cañas) a hacer un nuevo sorteo en enero entre el vicario Manuel Antonio de Molina, José Matías Delgado, y Jacobo de Villa Urrutia, ganando el vicario Molina. Finalmente en el sorteo definitivo en Guatemala, en el mes de marzo, quedó seleccionado Bernardo Pavón; el cual al final no pudo realizar el viaje, debido a que la Junta Suprema Central fue sustituida por el Consejo de Regencia.
El 14 de febrero de 1810, el Consejo de Regencia ordenaría a los ayuntamientos (que fuesen cabeza de provincia) que por sorteo eligiesen un diputado para las cortes generales, destinadas a hacer la primera constitución española. La noticia de la convocatoria llegaría al reino de Guatemala en el junio del mismo año; por lo que el 26 de junio, teniendo por candidatos a José Matías Delgado, Manuel José Arce, y José Ignacio Ávila, el ayuntamiento de San Salvador escogió a Ávila como diputado; quien viajaría a España en 1811, tomando posesión el 11 de julio de ese año; siendo uno de los diputados que emitieron la Constitución de Cádiz en el 12 de marzo de 1812.
Movimientos independentistas y Constitución de Cádiz
thumb|280px|Cuadro de Luis Vergara Ahumada mostrando al presbítero José Matías Delgado animando a la población durante el primer movimiento independentista de 1811 thumb|José María Peinado, intendente de San Salvador de 1812 a 1814 y de 1818 a 1819
El 9 de junio de 1810, se instalaría en Ciudad de Guatemala el tribunal de fidelidad, que estaría conformado por el comandante del cuerpo de artillería José Méndez de Quiroga, el oidor Joaquín Bernardo Campusano y el auditor de guerra Joaquín Ibáñez; y que ventilaría todos los casos de sedición contra la Corona española. Este tribunal existiría hasta el 20 de febrero de 1811, y entre sus sentenciados estuvieron Justo Zaldívar y Valentín Porras, provenientes de San Alejo, que fueron encarcelados y sus bienes confiscados en 1810 por promover ideas independentistas.
En el año 1811, ocurriría el primer movimiento independentista, que derrocaría al intendente Antonio Gutiérrez y Ulloa y en su lugar colocaría a José Mariano Batres y Asturias; lo que a su vez provocaría que ocurriesen motines independentistas en otras poblaciones. En diciembre de ese mismo año, el movimiento terminaría con la sofocación de los motines y la rendición de los sublevados en San Salvador tras negociaciones con la comitiva enviada desde Guatemala para pacificar la intendencia y que estaba compuesta por José Alejandro de Aycinena como nuevo intendente, José María Peinado como representante del ayuntamiento guatemalteco y el cura Mariano Vidaurre.
En 1812, José Alejandro de Aycinena dejó el cargo de intendente tras ser electo como Consejero de Estado; en su lugar se nombró a José María Peinado. Durante su mandato, el 16 de septiembre de 1812, llegó el ejemplar de la Constitución de Cádiz a San Salvador, y la celebración por dicho suceso fue llevada a cabo el 8 de octubre. Según dicho texto todas las personas nacidas en los dominios españoles (incluyendo indígenas y mestizos) eran ciudadanos y todas las poblaciones arriba de 1000 habitantes se constituían en municipios con su propio cabildo.