El coronavirus de tipo 2 causante del síndrome respiratorio agudo severo, abreviado SARS-CoV-2 (del inglés severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) o SRAS-CoV-2, es un tipo de coronavirus causante de la enfermedad por coronavirus de 2019, cuya expansión mundial provocó la pandemia de COVID-19. Inicialmente fue llamado 2019-nCoV (, ‘nuevo coronavirus de 2019’) y también, ocasionalmente, HCoV-19 (). Se descubrió y se aisló por primera vez en Wuhan, China. Tiene un origen zoonótico, es decir, que se transmitió de un huésped animal a uno humano.
Es un clado dentro de la familia de los Coronaviridae, género Betacoronavirus, subgénero Sarbecovirus, especie virus SARS (virus relacionado con el síndrome respiratorio agudo severo o grave).
El genoma del virus está formado por una sola cadena de ARN, y se clasifica como un virus ARN monocatenario positivo. Su secuencia genética se ha aislado a partir de una muestra obtenida de un paciente afectado por neumonía en la ciudad china de Wuhan, aunque la falta de experimento de control doble ciego en la técnica de secuenciación publicada puede poner en cuestionamiento la validez científica de la técnica. Se detectó por primera vez el 12 de noviembre de 2019. Puede producir el contagio de una persona a otra mediante las gotas de saliva expulsadas a través de la tos y el estornudo o al espirar (véase gotitas de Flügge). Puede provocar enfermedad respiratoria aguda y neumonía grave en los seres humanos.
Aunque previamente no había ningún tratamiento específico aprobado oficialmente, ya se habían desarrollado algunos antivirales existentes, así como el tratamiento con plasma convaleciente y la dexametasona, que parecen tener una mayor eficacia en el manejo de los síntomas o que parecen acortar el periodo de recuperación en poblaciones especiales. En diciembre de 2020 comenzó una campaña de vacunación con las primeras vacunas experimentales autorizadas en emergencia, que se prolongó y mantuvo durante 2021 y 2022. Fue Pfizer - BioNTech, con la vacuna Comirnaty, los laboratorios pioneros en patentar una vacuna y posteriormente, los laboratorios Moderna y AstraZeneca se unieron a esta carrera por la vacuna.
Historia
Existen diferentes teorías acerca de su origen, la comunidad científica internacional aún no ha podido ponerse de acuerdo; una de ellas sugiere un origen zoonótico, presumiendo ese origen, el 17 de noviembre de 2019, se pudo haber efectuado el primer contacto entre el SARS-CoV-2 y un individuo humano por infección zoonótica. La fecha ha sido estimada asumiendo un período máximo de incubación de 24 días. Esto supone que el virus se transmitió de manera silente hasta la detección oficial del primer caso confirmado.
El 30 de diciembre de 2019, las autoridades sanitarias de la ciudad de Wuhan informaron sobre la aparición de veintisiete personas diagnosticadas de síndrome respiratorio agudo grave de origen desconocido; la mayor parte de los casos estaban relacionados con el Mercado Mayorista de Mariscos del Sur de China ubicado en la ciudad. El 7 de enero de 2020 las autoridades chinas declararon que habían descubierto que la causa de la enfermedad era un nuevo virus de la familia de los coronavirus que fue nombrado provisionalmente como 2019-nCoV (coronavirus de Wuhan).
El 10 de enero se anunció que se había aislado y se publicaría el primer genoma secuenciado del nuevo coronavirus.
El 13 de enero se detectó un caso en Tailandia confirmado por pruebas de laboratorio. El 14 de enero se detectó un caso en Japón de una persona que había viajado recientemente a Wuhan. El 21 de enero se informó de la existencia de casos en Estados Unidos también en personas que habían viajado a Wuhan.
Al 29 de enero de 2020 se habían descrito casos en: Bangkok (Tailandia), Tokio (Japón), Seúl (Corea del Sur), Pekín (China), Shanghái (China), Guangdong (China), Hong Kong (China), Macao (China), Estados Unidos, Reino Unido, Vietnam, Singapur, Francia y Alemania. Hasta ese día había provocado 169 muertes, principalmente en Wuhan y alrededores.
310px|izq|miniatura|Mapa mundial de casos confirmados de COVID-19.
El 30 de enero de 2020, el Comité de Emergencias del Reglamento Sanitario Internacional (2005) de la Organización Mundial de la Salud (OMS) declaró la situación como emergencia de salud internacional por el brote de SARS-CoV-2. Hasta ese día se habían producido 7711 casos confirmados en la República Popular China, con 170 víctimas mortales. En el resto del mundo se habían confirmado 83 casos en 18 países, casi todos los pacientes procedían de China. Solamente 7 no tenían antecedentes de haber viajado recientemente a este país.
El 13 de febrero se habían notificado 46 997 casos a nivel mundial, de los que 46 550 correspondían a la China continental y 447 en otros países. El número de fallecidos ascendía a 1339. enlace irrecuperable
El 11 de marzo, la Organización Mundial de la Salud caracterizó como pandemia a la infección por SARS-CoV-2 y la enfermedad denominada COVID-19, mientras los casos confirmados a nivel mundial superaban los 118000 en 114 países y el número de fallecidos ascendía a 4291.
Al 7 de abril, el GenBank contaba ya con más de quinientas secuencias genómicas del virus a partir de muestras colectadas en diferentes partes del mundo, como parte de un impulso colaborativo para facilitar su investigación y encontrar soluciones contra la infección.
Virología miniatura|Video animado del SARS-CoV-2. miniatura|Imagen obtenida con microscopio electrónico de barrido que muestra el virus SARS-CoV-2 (resaltado en amarillo) emergiendo de la superficie de las células cultivadas en el laboratorio.
En la taxonomía de los virus, los coronavirus se corresponden con la subfamilia Orthocoronavirinae, que está incluida dentro de la familia Coronaviridae. Esta subfamilia se compone de cuatro géneros, según su estructura genética: Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus y Deltacoronavirus. El SARS-CoV-2 se clasifica dentro del género Betacoronavirus.
Los coronavirus forman una gran familia de virus. Tanto los alfacoronavirus como los betacoronavirus provocan distintas enfermedades en diferentes especies de mamíferos: infecciones respiratorias en humanos y procesos de gastroenteritis en algunos animales. Existen CoVs que circulan globalmente en la población humana, y en raras ocasiones, los coronavirus procedentes de otros mamíferos pueden mutar e infectar al ser humano para después propagarse de una persona a otra, causando desde un simple resfriado común hasta enfermedades más graves como el síndrome respiratorio agudo grave (SARS) que apareció por primera vez en noviembre de 2002 en la provincia de Cantón (China) y el síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS) que fue identificado por primera vez en el año 2012 en Arabia Saudita. Solo se habían descubierto seis CoVs relacionados con enfermedades en humanos. El coronavirus de Wuhan (SARS-CoV-2) sería el séptimo:
HCoV-229E. Se descubrió en 1966. Provoca en humanos una enfermedad respiratoria similar a una gripe. HCoV-0C43. Se descubrió en 1967. También provoca en humanos una enfermedad respiratoria similar a una gripe. SARS-CoV. Originó la epidemia del síndrome respiratorio agudo grave. Se descubrió en noviembre de 2002, en la provincia de Cantón, China. HCoV-NL63. Se identificó en los Países Bajos en 2003, en un niño con bronquiolitis. HCoV-HKU1. Se descubrió en 2005 en dos pacientes de la ciudad china de Hong Kong. MERS-CoV. Provoca el síndrome respiratorio de Oriente Medio, enfermedad infecciosa que se identificó por primera vez en 2012 en Arabia Saudita.
Filogenia miniatura|348x348px|Propagación de las distintas cepas filogenéticas de SARS-CoV-2 por el mundo durante la pandemia del COVID-19. Imagen adaptada de ().
La secuenciación de genomas de SARS-CoV-2 en personas infectadas por todo el mundo ha permitido el desarrollo de un árbol filogenético de sus distintas cepas. La comparación de más de 4700 genomas virales disponibles en repositorios públicos como GISAID o Nextstrain, permitió la caracterización viral basada es sus mutaciones diferenciales.
Identidad genética Los virus analizados por todo el globo presentaban una alta identidad de secuencias, con un 99.98% de similitud. Se compararon con los coronavirus precursores más cercanos en otras especies como RaTG13 de murciélago (similitud del 98%, 1100pb diferentes), o en pangolín (similitud 92%, 1600pb diferentes).
Tras las primeras infecciones el virus se dividió en dos macro-haplogrupos, el A (afectación internacional) y el B (afectación principalmente Asiática). Aunque ambas cepas aparecieron prácticamente a la vez, se ha demostrado que lo más probable es que la cepa original sea la A. Esto se explica porque la cepa B1 tendría que haber existido dos meses antes que la A, lo que es improbable, ya que esta no se detectó hasta el 19 de enero de 2020.
Cada haplogrupo y los sub-haplogrupos correspondientes poseen mutaciones puntuales en posiciones características que los diferencian del resto. El virus cambia a un ritmo aproximado de 1-2 mutaciones por mes, y cuando acumula más de dos mutaciones no existentes en la cepa original, las cepas pasan a considerarse como novedosas. De esta manera, el haplogrupoB, por ejemplo, tiene mutaciones en los aminoácidos [C8782T, C18060T, T28144C] que lo diferencian del A, y así para todos los distintos sub-haplogrupos.
Se ha especulado sobre ciertas mutaciones como la transversión A23403T, que provoca el cambio de un aminoácido de aspártico (Asp, D) a una glicina (Gly, G) en la posición 614 de la proteína Spike viral. Parece que esta mutación le aporta una ventaja de transmisibilidad, lo que explicaría su rápida propagación por Europa a principio de febrero de 2020 y la selección natural de sub-haplogrupos más virulentos sobre otros. Esta mutación parece afectar a la habilidad de transmisión del virus al alterar la interacción entre los dominios de la proteína Spike. Esto puede suponer un problema para el desarrollo de vacunas por los posibles cambios en la antigenicidad de la misma.
Supercontagiadores y efecto fundador El patrón de propagación de SARS-CoV-2 parece estar basado en la transmisión por supercontagiadores. Estos son individuos con una capacidad superior de transmitir el virus, los cuales suponen una ventaja para el mismo. Cuando uno de estos individuos llega a una zona nueva comienza a transmitir el virus rápidamente con un patrón de propagación característico.
Los focos por supercontagiadores alcanzan incidencias altas en la población afectada, aparecen en un período breve de tiempo (normalmente días), y son específicos de cada región infectada. Como los aparecidos en Europa (A2a2), Estados Unidos (B1a1), Reino Unido - Australia (A2a4), o en Asia (B).
En los focos por supercontagiadores existe una variedad alélica escasa, puesto que todos los individuos se contagian desde una única cepa de virus. Esto se conoce como efecto fundador, en el que ese virus en concreto sirve como único origen para la formación de nuevos sub-haplogrupos. Por ejemplo, el haplotipoA2a2a que se encuentra únicamente en Islandia.
Así pues, estos factores contribuyeron a la rápida propagación del virus y al establecimiento de la pandemia del COVID-19.
Estructura miniatura|Escultura coronavirus ubicada en el Instituto de Investigaciones Biomédicas de la UNAM, México.|225x225px
El tamaño de los viriones de SARS-CoV-2 es de aproximadamente 50 a 200nm de diámetro, y su genoma es de ARN monocatenario de sentido positivo. La secuencia del betacoronavirus de Wuhan muestra semejanzas con los betacoronavirus encontrados en murciélagos, pero son genéticamente distintos de otros coronavirus como el SARS-CoV y el MERS-CoV. thumb|Estructura de un virión del coronavirus.