thumb|300px|Grabado hecho entre 1890 y 1892, en el que se muestra a soldados de infantería del ejército salvadoreño enfrente del palacio municipal de la ciudad de Santa Ana en tiempos en que ese edificio era utilizado también como cuartel.
La ciudad de Santa Ana, en la República de El Salvador, ha sido testigo de varias guerras y batallas ocurridas en su territorio a lo largo de la historia, debido a ello en 1894 recibió el título de Ciudad heroica.
En esta artículo se mencionaran aquellas guerras o conflictos ocurridos entre los años de 1851 a 1906, dichos conflictos surgen a raíz de la oposición tanto interna como externa del gobierno vigente en El Salvador o en algunos casos de Guatemala; en la mayoría de ellos (excepto los ocurridos en 1851, la revolución de los volcaneños de 1871, y las guerras de 1876, y 1906) se tiene a un caudillo, es decir una persona con la suficiente influencia y caudal económico para formar su propia facción militar (en donde aglutinaba a los opositores del gobierno salvadoreño) y conseguir el apoyo de una nación vecina (Guatemala o en algunos casos Honduras)
Guerra de El Salvador y Honduras contra Guatemala de 1851 y golpe de Estado a Doroteo Vasconcelos
En 1851 el presidente Doroteo Vasconcelos y el presidente Hondureño Juan Lindo se alían para invadir Guatemala para deponer el gobierno conservador de ese país que era presidido por Mariano Paredes; para ello Vasconcelos deja la presidencia el 12 de enero de 1851 (en su lugar asume la presidencia el vicepresidente José Félix Quirós, y posteriormente Francisco Dueñas como senador designado) para así poder comandar el ejército aliado como comandante general del ejército.
El 13 de enero, Vasconcelos estableció y organizó su cuartel general en la ciudad santaneca; este estaba conformado por 4 divisiones, siendo el jefe de Estado Mayor del ejército el general Isidoro Saget; desde Santa Ana, el cuartel general se movilizó a Metapán para combinarse con el ejército hondureño logrando reunir una fuerza de 4500 efectivos.
En total, en Santa Ana se estacionaron 4 divisiones, cuyos comandantes eran: como comandante de la 1° división el general José Santos Guardiola, como comandante de la 2° división el general Ramón Belloso, como comandante de la 3° división el general Indalecio Cordero y como comandante de la 4° división el general Domingo Asturias; todos ellos estaban dirigidos por Doroteo Vasconcelos que estaba como comandante general y por el general Isidoro Saget que era el jefe estado Mayor y por lo tanto el segundo al mando después de Vasconcelos. Las 4 divisiones se movilizaron a Metapán donde se juntaron con la división de oriente comandada por el general Gerardo Barrios y la división hondureña comandada por el general Trinidad Cabañas, quienes se pusieron bajo el mando de Vasconcelos como comandante general y Saget como jefe de Estado Mayor.
El 29 de enero de 1851 el ejército aliado invade Guatemala, y el 2 de febrero de ese año se libra la batalla de La Arada que duró 8 horas, en la que el ejército guatemalteco comandado por Rafael Carrera derrota al ejército aliado, tras esto el ejército se retiró hacia El Salvador, mientras que Carrera reorganizó su ejército y cruzó la frontera salvadoreña el 9 de febrero, ocupando Chalchuapa el 12 de febrero.
El 4 de febrero, el general Trinidad Cabañas llegó a Coatepeque donde reorganizó el ejército aliado para hacerle frente a Carrera; al darse cuenta de que Carrera había ocupado Chalchuapa, el 12 de febrero el general Cabañas ordenó a los coroneles Pedro Escalón y Rafaél Padilla Durán evacuar la ciudad de Santa Ana. El 13 de febrero, Carrera ocupó la ciudad santaneca donde acampó y exigió la renuncia de Vasconcelos. Ante esto -y que el 22 de febrero llegaron noticias del general Cabañas de que Carrera quería situarse a su retaguardia- el gobierno ordenó al general Ramón Belloso situarse con un contingente de 400 hombres en Opico.
El 18 de enero Vasconcelos renuncia a la presidencia y en su lugar gobernó el vicepresidente José Félix Quirós (quien ya ejercía el mando desde que Vasconcelos se dispuso a conducir los ejércitos aliados; Quirós gobernó hasta el 8 de mayo de ese año cuando se nombró para el cargo como senador designado a Francisco Dueñas); el 21 de febrero el presidente guatemalteco Manuel Paredes ordenó a Carrera que regresara a Guatemala porque los aliados deseaban la paz, ese mismo día Carrera dejó la ciudad de Santa Ana y regresó a Guatemala, y el 26 de febrero la asamblea decretó la desmovilización y licenciamiento del ejército, terminando de esa manera ese conflicto.
Guerras con Guatemala en 1863 miniaturadeimagen|200px|Rafael Carrera, presidente vitalicio de Guatemala de 1851 a 1865 y comandante de las fuerzas guatemaltecas que invadieron El Salvador en 1863 Incursión de Rafael Carrera a El Salvador en febrero de 1863
El 4 de febrero de 1863, debido a las diferencias entre el presidente Gerardo Barrios y su homólogo Rafael Carrera, las milicias salvadoreñas que se habían reunido en San Salvador marchan hacia Coatepeque dirigidas por el presidente Barrios para establecer ahí su cuartel general a la espera de la invasión de Carrera; para el 13 de febrero estaban todas las milicias salvadoreñas y el presidente con su guardia de honor reunidos en Coatepeque.
En el cuartel general en Coatepeque, se encontraba como líderes del ejército los siguientes: como comandante general el presidente y capitán general Gerardo Barrios, como comandante del estado mayor general el Gral. de división Trinidad Cabañas, como vicario general el presbítero Domingo María Jehl, como comandante de la guardia de honor del presidente el coronel Tomás Santander, como comandante del cuerpo de artillería el teniente coronel Horacio Parker, como comandante de la 1° división el general Santiago González, como comandante de 2° división paz y orden el general Rafael Osorio, como comandante de la 3° división el general Eusebio Bracamonte, como comandante de la 4° división el general Mariano Hernández y como comandante de la 5° división el general Pedro Escalón; en total, el cuartel general estaba conformado con aproximadamente 4000 efectivos.
El 9 de febrero, Rafael Carrera (quien había depositado el cargo en su concejo de ministros, tras la autorización del congreso guatemalteco para invadir El Salvador) concentró sus tropas en Jutiapa, siendo el comandante general del ejército el presidente Rafael Carrera, comandante del cuerpo de artillería el francés Brun, comandante de la 1° división el general José Víctor Zavala, comandante de la 2° división el general Vicente Cerna Sandoval y comandante de la 3° división Serapio Cruz; en total, el ejército de Carrera estaba conformado por aproximadamente 6500 efectivos (cada división estaba compuesta por alrededor de 2000 efectivos).
En los días anteriores a la invasión, las tropas salvadoreñas fortificaron el camino que de Santa Ana conduce a Coatepeque (en este camino estaban asentadas las divisiones comandadas Santiago González y Mariano Hernández), se construyeron obstáculos en los alrededores del Cerro San Pedro Malakoff (en el cual se encontraba la división comandada Eusebio Bracamonte, mientras que en el cerro El Congo estaba la división comandada por Rafaél Osorio, en el centro de la población de Coatepeque estaba ubicado la división de Pedro Escalón junto con la guardia de honor del presidente, mientras que la artillería estaba dispersa en estos 3 lugares) las cuales se llenaron con agua para lo cual Gerardo Barrios hizo traer pipas desde la ciudad santaneca.
El 18 de febrero el ejército de Rafael Carrera cruza la frontera salvadoreña; el 20 de febrero de 1863 Rafael Carrera junto con todo su ejército ocupó la ciudad de Santa Ana sin mayor resistencia; desde Santa Ana fue a atacar las fortificaciones salvadoreñas en Coatepeque y el cerro de San Pedro Malakoff, el 22 y 23 de febrero de ese año Carrera fue derrotado en la batalla de Coatepeque debido a la estrategia del presidente Gerardo Barrios, al final del 23 de febrero Carrera se dispuso a regresar a Guatemala por el mismo camino por el que había entrado.
Golpe de Estado a Gerardo Barrios miniaturadeimagen|izquierda|200px|Gerardo Barrios, presidente de El Salvador de 1859 a 1863
Entre abril y mayo de 1863 se suscitaron numerosas incursiones del ejército guatemalteco para saquear poblaciones salvadoreñas cercanas a la frontera, una de ellas se dio la noche del 1 de mayo cuando el oficial Darío Lorenzana con una tropa de 50 hombres provenientes de Jalapa tomó por asalto la hacienda y valle de Candelaria (que todavía seguía formando parte del municipio santaneco), en donde aprisionó y fusiló al alcalde auxiliar de dicho valle Manuel Puquir y a los vecinos de la localidad Vicente Ramírez y Antonio Ramos; luego de ello regresó a Guatemala llevando como prisioneros a los hijos de una de las víctimas y probablemente a Rafael Palma, a este último se lo dio por desaparecido sin saber su destino después de tales eventos.
Estalecimiento del cuartel general y traición del general Santiago González
Ante la amenaza de una nueva incursión de Rafael Carrera, el 13 de junio de 1863 el presidente Barrios estableció su cuartel general en la ciudad (que estaba liderado por los mismos comandantes que se mencionaron anteriormente en la primera incursión de Rafael Carrera, a excepción del general Manuel Hernándenz quien se encargó de la defensa de San Salvador, y conformado otra vez por alrededor de 4000 efectivos); el 19 de junio, Gerardo Barrios se trasladó de la capital a Santa Ana para comandar el ejército y el 20 de julio de ese año Rafael Carrera entra con su ejército (comandado por los mismos generales de la vez anterior, a excepción de Vicente que se encontraba dirigiendo una campaña en Honduras y en su lugar estuvo el general José Clara Lorenzana, y conformado otra vez con alrededor de 6500 efectivos), invade Chalchuapa y establece su cuartel general en esa población; Barrios se quedó como comandante general del ejército hasta el 27 de julio cuando regresó a la capital y en su lugar dejó como comandante al general Trinidad Cabañas.
El 30 de junio, aprovechando que el general Cabañas se había retirado al campamento donde estaba el general Osorio, el general Santiago González reúne a las fuerzas que se encontraban en Santa Ana y desconoce la autoridad presidencial de Barrios, al darse cuenta de eso regresa a Santa Ana el general Cabañas quien reprocha la decisión de González y decide retirarse de la ciudad junto con los generales Eusebio Bracamonte y Lucio Alvarado, los coroneles Mejía y Espinoza, entre otros, tras ellos también se retiraron el coronel Bil, el teniente coronel Wenceslao Matamoros con el batallón de San Salvador y poco después el general Rafael Osorio con su división y otros efectivos; mientras que los generales Pedro Escalón y Juan Antonio Chico deciden acuerpar la decisión de Gonzáles, siendo el general Juan Antonio Chico nombrado como jefe del estado mayor por Santiago González, tras ello la brigada de artillería intento abandonar la ciudad pero su intento fue impedido y no pudo realizarlo; en total, las fuerzas militares que continuaron con González fueron alrededor de 1200 efectivos, mientras que 3800 se retiraron de la ciudad para seguir luchando del lado del presidente Barrios.