La historia de Aranjuez es la historia de una ciudad que, favorecida por su entorno natural y por su situación estratégica, ha sido protagonista de distintos momentos de la historia de España. Situada junto a la confluencia de los ríos Tajo y Jarama, su territorio ha estado poblado desde tiempos paleolíticos, aunque no fue hasta la Edad Media cuando comenzó a tener relevancia. En el contexto de la Reconquista, a finales del pasó a manos de la Orden de Santiago y entre 1387 y 1409, bajo el maestrazgo de Lorenzo I Suárez de Figueroa, se promovió la construcción de una casona como residencia de los maestres de la Orden.
Con motivo de la concesión papal a los Reyes Católicos de administrar las distintas órdenes militares, desde 1489 las tierras de Aranjuez se incorporaron a la Corona y se consolidó como lugar de descanso para la monarquía. Los sucesivos monarcas llevaron a cabo un amplio programa de actuaciones que incluyeron, entre otras, calles arboladas, jardines, obras hidráulicas y un nuevo palacio real. A mediados del , bajo Fernando VI, se derogaron las restricciones anteriores que impedían residentes ajenos a la Corte y se fundó una ciudad ex novo. Por tanto, en la segunda mitad de dicho siglo, Aranjuez vivió una gran actividad constructiva que dotó a la población y a la Corona de todos los servicios y equipamientos necesarios para su desarrollo y aprovechamiento.
En marzo de 1808 fue escenario del motín de Aranjuez, que provocó la caída de Manuel Godoy en los momentos previos al estallido de la guerra de la Independencia, y a lo largo del fue perdiendo importancia como Real Sitio a la par de los cambios políticos y sociales. Durante el , su tradicional economía agraria se vio relegada por la industria y los servicios, y a finales del mismo cobró protagonismo como núcleo turístico y de ocio. En 2001, la Unesco declaró el Paisaje cultural de Aranjuez como Patrimonio de la Humanidad.
Prehistoria Las características del espacio físico en el que se encuentra Aranjuez, en la confluencia de dos ríos —Jarama y Tajo— y como lugar de paso de una importante vía de comunicación, ha propiciado, desde tiempos remotos, la presencia de pobladores de diferentes culturas. Esta ha quedado atestiguada gracias a numerosos hallazgos arqueológicos a lo largo de la historia y, de hecho, se trata posiblemente del término municipal madrileño que más yacimientos alberga.
En la década de 1980, principalmente entre 1985-86 debido a la elaboración de la Carta Arqueológica de la Comunidad de Madrid, se llevaron a cabo una serie de prospecciones que constataron la existencia de más de un centenar de yacimientos cuya cronología se remonta hasta el Paleolítico inferior y medio. Dos de los yacimientos se encuentran en terrazas fluviales, una de ellas en la gravera del punto kilométrico 43 de la antigua carretera de Andalucía y la otra en la zona de la Casa de la Montaña. En ambos se hallaron bifaces y en la primera, en 1968, se descubrieron muestras de fauna del Pleistoceno, en concreto de palaeoloxodon antiquus.
Correspondientes al Neolítico son los hallazgos de talleres y poblados, con cerámicas y hachas pulimentadas, y del periodo Calcolítico se documentan sus distintas fases, con hallazgos de la cultura del vaso campaniforme en Algodor. La Edad del Bronce está representada por hallazgos como el de Los Pontones, donde se hallaron restos de cerámica lisa y cerámica decorada con impresiones, y el descubierto por José Ramón Ortiz y Laura López en 1993 en el casco urbano, en concreto en la calle del Príncipe; en él se hallaron un silo excavado en la terraza fluvial y una sepultura de inhumación en fosa, destinada a un niño y consistente en un espacio rectangular forrado por una estructura pétrea de cantos, sin cubrición. Además de restos óseos, se encontraron cerámicas hechas a mano, lisas o con impresiones, decoraciones digitales e incisiones, y elementos líticos, principalmente de sílex aunque también de piedra caliza, como tres piezas que pertenecerían a un colgante. Se desconoce si se trataba de un asentamiento muy breve o bien un poblado estacional, de cabañas hechas con materiales perecederos y estructuras excavadas en el terreno, como silos u hoyos. Según Cándido López y Malta, en Otos y Alpajés se descubrieron huellas de cimientos de viviendas, sepulturas y restos cerámicos.
Por último, en la Edad del Hierro la zona se enmarcaba dentro del territorio habitado por los carpetanos. Entre los hallazgos de este periodo se encuentran hachas, fragmentos de sílex encontrados por José Martínez Peñarroya en el polígono de Las Antenas Norte en 1991, y cerámica íbera, hallada en los alrededores del castillo de Oreja por Hortensia Larrén en 1981.
Edad Antigua thumb|Mosaico procedente de Aranjuez depositado en el Museo Arqueológico Nacional Previo a la romanización del territorio, y debido a su importancia estratégica como zona de paso, su entorno se identifica —en concreto el vado del Tajo a la altura de Oreja— como escenario de la batalla del Tajo, entre los cartagineses de Aníbal y los carpetanos, a los que se habían unido vacceos y olcades, acaecida en 220 a.C. y que se saldó con la victoria cartaginesa. Otros enfrentamientos posteriores, ya en el marco de la conquista romana de Hispania, tuvieron como protagonistas a carpetanos, olcades y vetones y, tras la ocupación de Toletum en 193 a.C., toda la zona quedó bajo dominio de Roma.
Durante el periodo romano su entorno fue encrucijada de varias calzadas como las que, desde Toledo y afectando a Algodor y Castillejo, discurrían hacia el noreste a través de Titulcia y Complutum hasta Zaragoza y Tarragona, o hacia el norte, por Pinto, Miaccum, Collado Villalba y Segovia. Otras vías secundarias, según Fidel Fuidio, serían la que unía Titulcia y Alces a través de Ontígola, La Guardia y El Romeral, o la que desde Getafe enlazaba con la procedente de Toledo a la altura de Puente Largo, donde habría indicios de poblamiento romano, tras cruzar Torrejón de la Calzada y Esquivias. Junto a la senda Galiana, en su discurrir hacia Segontia, a dos kilómetros de Aranjuez se hallaron restos de tejas y terra sigillata, lo que indicaría un poblamiento romano al borde de la vía.
En Soto del Hinojar, en el límite con Titulcia, pudo alzarse una villa romana, sin estructuras visibles pero con restos de tejas, fragmentos cerámicos y molinos de mano que abarcan las diferentes fases de la presencia romana. Varios cientos de metros al sur se encuentra el yacimiento de Las Cuevas, con cerámica tardorromana. Otros hallazgos a lo largo del término municipal incluyen un tesoro de 200 monedas de plata, fragmentos de lápidas con inscripciones procedentes del entorno del Palacio, una espada hallada en el Tajo en 1580 y presentada a Felipe II, una inscripción paleocristiana depositada desde el en el Museo Arqueológico Nacional o diversos vestigios de carácter bélico hallados en Alpajés y el jardín del Príncipe y presentados a Carlos IV.
Edad Media Visigodos y musulmanes La presencia de los visigodos en Aranjuez —que estaría influenciada por el asentamiento de estos en Toledo— está atestiguada a través de algunos restos, como una pileta, y de la necrópolis de Cacera de las Ranas. Esta se encuentra junto a la antigua vereda toledana, cerca de Las Infantas, y fue descubierta en 1986 por el equipo dirigido por Francisco Ardanaz Arranz. Previamente, en sus alrededores, debió de existir un hábitat romano bajoimperial del que se habrían reutilizado materiales como sillares de caliza, lápidas de mármol, piedras de molinos o lajas de opus caementicium. El conjunto incluía unas 150 sepulturas, aunque el total sería el doble, y entre ellas se documentaron ocho tipos constructivos diferentes; el más común era una estructura rectangular, trapezoidal o paralelográmica, con lajas de yeso en laterales, fondo y cubierta. Tanto en su interior como en su exterior se hallaron diversos objetos de adorno, como collares, pendientes, anillos o broches, y otros objetos de uso personal, como monedas o cuchillos, a los que se sumarían los hallazgos cerámicos, muy escasos, y restos óseos de animales. La necrópolis abarca una cronología desde el hasta el y, según Ardanaz, serviría a uno o varios asentamientos rurales, entre los muchos que se distribuirían en los valles de los ríos a lo largo de la vía entre Toletum y Complutum. En 1992, dos kilómetros al oeste de Cacera de las Ranas, se descubrió una segunda necrópolis.
Por el contrario, el periodo musulmán apenas dejó testimonios en la zona, entre ellos topónimos como Algodor, el castillo de Oreja o los hallazgos encontrados en diversos yacimientos arqueológicos, algunos con presencia continuada desde época romana hasta el Medioevo cristiano.
Reconquista thumb|El castillo de Oreja y la vega del Tajo En el contexto de la Reconquista, el entorno de Aranjuez sería testigo de los enfrentamientos entre cristianos y musulmanes, lo cual no facilitaría la existencia de asentamientos permanentes, y aquellos existentes se despoblarían, quedando Toledo como núcleo más destacado; por tanto, las fortalezas que se encontraban a lo largo del Tajo adquirieron un papel clave para su conquista. Entre ellas destacaba el castillo de Oreja, construido por los musulmanes en el y que dominaba la vega y el paso del río. A finales del , lo que entonces se denominaba Aranzuel o Aranzueque, y donde quizás existía una aldea previamente llamada Almuzundica, pasó a manos cristianas tras la conquista de Toledo en 1085 por Alfonso VI y su dominio sobre las tierras de Ocaña, Oreja y Uclés.
Sin embargo, los almorávides volvieron a recuperar la zona para los musulmanes tras la ocupación de Consuegra en 1097, Uclés en 1108 y Oreja en 1113, plazas desde las que acosaban a los cristianos de Toledo, quienes a su vez atacaban especialmente Oreja desde el castillo de Aceca. En esas fechas (1108) aparece mencionado Aranz o Arauz en un privilegio otorgado a los monjes de San Clemente de Toledo. Finalmente, en 1139 Alfonso VII recuperó Oreja e inició la restauración de su castillo y la repoblación de la zona como forma de consolidar la ocupación. Este proceso de repoblación se apoyó en la nobleza, la iglesia, el concejo de Toledo y, particularmente, las órdenes militares. Entre estas, mientras que la Orden de Calatrava recibió a partir de 1172 lo que conformaría la Encomienda de Aceca en el flanco oriental de la ciudad de Toledo, la Orden de Santiago recibió en 1171 la Encomienda de Oreja, desde donde dominaba amplias zonas de los cursos medio y alto del Tajo.
Orden de Santiago En el , a la vez que se sucedían numerosos litigios con otros poderes de la zona con motivo de deslindes o apeos, se estabilizó la zona del Tajo, toda vez que los enfrentamientos armados se desplazaron hacia el sur, y ello permitió la existencia de núcleos de población estables, donde sus vecinos disfrutaban de una serie de derechos gracias a los distintos fueros. En ese contexto se produjo la decadencia militar de Oreja y la prosperidad de Ocaña, sede de la Orden, cuyo fuero se aprobó en 1202. Ese mismo año, la Orden otorgó al concejo de la villa la mitad del Prado de Ontígola y sus heredades; en sus dominios pronto se integraría Aranjuez, elegida como residencia de descanso por los maestres. Esta, a lo largo del siglo, aparece citada en varias ocasiones bajo los nombres de Aranzuet o Aranzuel, y sus dehesas se distribuían entre las encomiendas de Oreja y Alpajés.