Las batallas de Sacsayhuamán (1536), ocurridas durante el sitio del cuzco, fueron una serie de enfrentamientos casi sucesivos entre los ejércitos cuzqueños (entiéndase por «cuzqueños» a los incas leales a Manco Inca) contra las fuerzas aliadas conformadas por españoles, sus tropas de indígenas auxiliares y nobles incas rebeldes o colaboracionistas.
En la recia lucha cae Juan Pizarro, hermano de Francisco y Hernando, producto de una fuerte pedrada arrojada desde uno de los torreones de la fortaleza. Muchos españoles cayeron de la misma forma y tuvieron que ser retirados de la lucha en dirección al Cuzco.
La lucha había sido tan intensa que comenzó a disminuir el número de flechas y piedras que llovían de la fortaleza. El agua, así mismo, empezó a escasear y el ánimo de los cusqueños comenzó a decaer. El sumo sacerdote inca Vila Oma dispuso que se abandone la lucha, pero muchos capitanes decidieron permanecer ahí. Uno de ellos fue el conocido «Cahuide» o llamado por otros «Inca Cullash», que murió tras lanzarse desde lo alto de la torre de Muyucmarca para no caer en manos del enemigo.
Finalmente, Hernando consiguió retomar el control de la fortaleza, con lo que se contuvo en algo el ímpetu de los sitiadores, mas no la intención, puesto que el acecho al Cuzco siguió por muchos meses más desde la fortaleza de Ollantaytambo hasta 1540.
Primera batalla de Sacsayhuamán Manco Inca inicia la guerra de reconquista en abril de 1536 y se fijó como primer objetivo la captura de la fortaleza de Sacsayhuamán, como punto de apoyo para iniciar con ello el sitio del Cuzco. Los españoles habían dejado la defensa de la fortaleza a sus aliados cañaris, liderados por el yanacona Chilche, quien acaudillaba a varios de los mejores regimientos de auxiliares indígenas.
El Inca encargó la toma de la fortaleza a «un capitán con mucha gente», Vila oma, quien cumpliría la orden del soberano desalojando a los yanaconas de Sacsayhuamán; derrotando además a una pequeña compañía de caballería liderada por el propio Hernando Pizarro, quienes cargaron intentando evitar la toma de la fortaleza pero tuvieron que retirarse ante una lluvia de proyectiles disparados desde «un alto a donde los caballos no podían subir ni pelear».Por su parte Juan Pizarro, acompañado de su hermano Gonzalo y por el capitán Hernando de Ponce, realizaron un violento ataque para retomar Sacsayhuamán y en esta acción es herido en la quijada Juan Pizarro. Por su lado, las tropas aliadas en la ciudad, dirigidas por el príncipe Páscac Inca, hermano de Huayna Cápac y tío de Manco Inca, y la mitad de los españoles resistían el ataque de miles de cusqueños que atenazaban la plaza por sus cuatro costados e iban tomando una a una las calles aledañas.
Un testimonio español narra que: "Entretanto que esto pasaba, los indios amigos, que estaban en la fortaleza, escaramuzaban con los contrarios a la parte de ella, defendiéndose la ladera; mas como el número de los enemigos era grandísimo, tomáronles lo alto de la cuesta y desampararon la fortaleza, viniendo huyendo por la ladera que está a la parte de la ciudad."
Según el relato de un soldado español anónimo, Vila oma ocupó la fortaleza y en los dos torreones de Sacsayhuaman «lucían en las astas de las lanzas muchas banderas y pendones de victoria». Desde ahí se inició lo que sería el sitio del Cuzco (un cerco cuzqueño que duró varios meses y en el cual las tropas atacantes eran entre 20000 y 30000 hombres, mientras que la ciudad era defendida por 200 españoles, varias decenas de miles de auxiliares, entre quienes se encontraban chachapoyas, cañaris, huancas y nicaraguas; además de esclavos negros de guerra).
Segunda batalla de Sacsayhuamán La derrota en la fortaleza fue un duro golpe para los sitiados, en especial para el impetuoso Juan Pizarro, quien se sentía culpable de esa perdida por su descuido de no poner españoles y armas hispánicas en custodia de aquellos bastiones incaicos, por lo que exigió dirigir un contraataque pese a que se encontraba herido y debido a las muchas vendas en la cara no podía usar el casco.
Por su parte, los incas venían estrechando el cerco del Cuzco y los castellanos solo tenían en su poder la plaza de Aucaypata, y un poco más. En aquellos combates otros dos españoles serían capturados por los cuzqueños, tras derribarlos de sus caballos. Aquellas bajas se sumarían a otros 30 españoles muertos desde el inicio de la guerra.
Hernando Pizarro reagrupa a sus hombres y consulta con el príncipe Páscac Inca un plan para tomar la fortaleza. Fue así como de un momento a otro, Juan Pizarro, seguido de sus mejores tropas de españoles, sus negros esclavos y de sus aliados indígenas, inicia la primera parte de la operación que era romper la albarrada de piedras o gran pirca levantada por los sitiadores, la cual rompen finalmente empleando el esfuerzo de aliados e incluso empleando el pecho de sus caballos. A continuación los españoles salen del cerco con una tropa de caballería y peones selectos, llevando además una tropa de aliados e infaltables negros de guerra, «a todo correr».
El capitán español dirige a sus tropas hacia el camino a la recién fundada Lima y tal acción provocó en los comandantes cusqueños una súbita alegría por pensar que los españoles emprendían la huida y motivando su división entre quienes intensificaron luego el ataque sobre quienes habían quedado en el recinto de la ciudad y la mayoría, quienes se dedicaron a perseguir en desorden a las huestes de Juan Pizarro.
Según la crónica de Tito Cusi Yupanqui los jefes incas gritaban: "¡A que se van a Castilla! ¡A que se van a Castilla. Atajadlos!". Luego descendieron atropelladamente los cusqueños en persecución de sus enemigos "y así todo el cerco que estaba hecho se deshizo-prosigue Tito Cusi- los unos de su seguimiento, los otros a atajarlos; algunos a dar aviso a los guardias de los puentes, porque no se pudiese escapar ninguno por ninguna parte".
Una vez roto el cerco, habiendo corrido casi una legua y viendo que los perseguía tanta gente, los españoles «volvieron a dar rienda a sus caballos e hicieron una vuelta por un cerro llamado Quencalla». La estrategia dio frutos, pues los incas que custodiaban los caminos de Sacsayhuamán al bajar a participar de la persecución desguarnecieron inadvertidamente las laderas de defensa de la fortaleza; circunstancia que aprovechó Juan Pizarro para escalar por la cuesta menos protegida, ante el estupor de los cusqueños que, viendo de abajo lo ocurrido, regresaron a la carrera a ocupar sus posiciones originales. Siempre con el respaldo de sus leales aliados indígenas y de los negros de guerra, los españoles libran una dura lucha contra los escasos infantes incaicos que habían quedado logrando llegar a la cumbre.
Vila Oma y Paucar Huaman, generales de los ejércitos incas, bajaron sobre la ciudad para terminar de derrotar a los españoles que habían quedado escondidos en ella, pero al ver a las tropas de Juan Pizarro subiendo a la fortaleza supusieron que estos habían derrotado a los soldados que mantenían ese lado del cerco y por evitar verse acorralados en su retaguardia abandonaron la ciudad y se retiraron en orden entrando en la fortaleza, «haciéndose fuertes en ella, porque es lugar muy aparejados para defenderse y ofender, y viéndose dentro, los españoles se retiraron, y ellos desde allí hacían grandísimo daño en los españoles y yndios amigos». Ante la oportuna situación y con el fin de lograr romper totalmente el cerco, Hernando Pizarro determinó con sus compañeros y con Pasac, además de todos sus auxiliares y esclavos negros que tenía, cercar la fortaleza por todas partes. Los ejércitos incaicos por su parte contraatacaron y es abatido Pedro de Oñate, uno de los capitanes españoles. Dos veces los españoles intentaron tomar la fortaleza y en ambas fueron rechazados ante la desesperada resistencia de los cuzqueños. Algunos castellanos fueron derribados de sus cabalgaduras en el entrevero de un combate que se libró sobre una enorme cantidad de cuerpos mutilados que cayeron en una zanja abierta en la llanura por los cuzqueños para contener las cargas de caballería.
Rechazados dos veces, los españoles se vieron obligados a retirarse a las inmediaciones y Juan Pizarro y varios capitanes proyectaron realizar un asalto nocturno debido a que sabían, gracias a los yanaconas, que los incas carecían de experiencia en combates nocturnos. Por lo que a medianoche, los hermanos Juan y Gonzalo, seguidos de 50 jinetes y sus numerosas tropas de auxiliares, asaltaron por sorpresa los parapetos incas y ganaron la primera muralla. Un pizarrista anónimo narra que los incas "empezaron a echar tanta piedra que cuajaba el suelo y fue causa que los españoles se entibiaron y no pasaban adelante". La lluvia de flechas y piedras herían a todos por igual, cayó allí muerto otro español y muchos sufrieron heridas de gravedad pero los que se llevaron la peor parte fueron los indígenas amigos de los cristianos. Los aliados intentaron mantener el ímpetu del ataque y llegaron hasta la segunda muralla pero la situación se tornó insostenible para los españoles por lo que Gonzalo Pizarro ordena la retirada.
Juan Pizarro, que se encontraba en la reserva, vio cómo flaqueaban los suyos, y ante la indecisión de Gonzalo creyó llegada la hora de acudir a reforzarlos, pese a no poder usar su casco. Liderando a un grupo de peones cargó sobre los parapetos combatiendo contra los soldados incas sobre otra de las grandes zanjas cavadas para evitar a la caballería, la cual estaba repleta de muertos y moribundos pisoteados por gente de ambos bandos. Fue en aquel momento que una piedra, arrojada desde uno de los torreones de la fortaleza, dio en la cabeza descubierta de Juan Pizarro, el cual se desplomó mortalmente herido y agonizaría hasta morir quince días después. Muchos españoles cayeron de la misma forma y tuvieron que ser retirados de la lucha.
La algazara que se escuchó en el campo incaico al ver la caída de Juan Pizarro se prologó largo rato, disputándose muchos capitanes cuzqueños el honor de haberle acertado el hondazo, mientras cundía el pánico entre los atacantes indo-españoles. Gonzalo Pizarro intentó continuar la lucha pero fracasó «porque los cristianos aflojaban cada hora más», aún pese a que su aliado Pasac y sus hombres sostenían el combate ante un contraataque inca.
Como narra Murúa:
Luego vendrían los festejos de la victoria en Sacsayhuaman con Inguill Inca y los sacrificios al sol con Villaoma, mientras en la ciudad los españoles curaban a sus numerosos heridos, sepultaban a sus muertos y reorganizaban a los aliados.
Tercera batalla de Sacsayhuamán La pérdida de Juan Pizarro y la moral victoriosa del ejército de Manco Inca causaron el pánico de los españoles del Cuzco, muchos de ellos propusieron huir de la ciudad antes de que los victoriosos incas cayeran sobre ellos y los exterminaran. Solo Hernando Pizarro, hombre de temple y coraje, quien no perdió la serenidad pese a que su hermano agonizaba en la ciudad, logró contener la crisis. Procurando sobreponerse a la adversidad tranquilizó a su temerosa hueste, exhortadores a seguir la lucha planteándoles como alternativa de salvación preparar un nuevo ataque a Sacsayhuaman.
El cerco de la fortaleza no había terminado con la retirada de los españoles. Aún mantenían la lucha incansables incaicos rebeldes y yanaconas pro españoles, en los andenes que subían a la fortaleza, al frente de estos se encontraba Pasac Inca. Gracias a estos aliados, en el Cuzco los españoles respiraron con más tranquilidad, acordando en la madrugada apoyar el plan de Hernando. Les reanimó saber que los de Pasac Inca mantenían a las tropas de Manco casi encerrados en sus posiciones, "de suerte que por ningún lado les podía entrar socorro ni bastimento, de que tenían mucha necesidad."Habían ahora más posibilidades de recapturar la fortaleza, lo que - a decir de Hernando- constituía la única posibilidad de salvación.