El gobierno de Juan Orlando Hernández comenzó el 27 de enero de 2014 y concluyó el 27 de enero de 2022. Durante su gobierno se realizaron avances en materia de seguridad, y macroeconomía. Se conformó además una Misión de Apoyo contra la Corrupción y la Impunidad en Honduras luego de protestas masivas. A su vez, el gobierno ha lidiado con escándalos como la muerte de la ambientalista Berta Cáceres y la crisis poselectoral de 2017-2018.
El gobierno se autopromociona como «el gobierno de la vida mejor», en alusión al programa gubernamental Vida Mejor. Los principales opositores políticos del país calificaron al gobierno como una «dictadura», y desde 2015 llamaron a numerosas protestar para pedir la salida del presidente Hernández.
Tomas de posesión Primera A la primera toma de posesión, el 27 de enero de 2014, asistieron S.A.R. don Felipe de Borbón, príncipe de Asturias; Laura Chinchilla, presidenta de Costa Rica; Juan Manuel Santos, presidente de Colombia; Ricardo Martinelli de Panamá, Danilo Medina de República Dominicana, Atifete Jahjaga representante de Kosovo, Ma Ying-Jeou, presidente de Taiwán, Rosa Virginia Chávez (hija del expresidente venezolano Hugo Chávez) y su esposo como representantes de Venezuela, cuerpos diplomáticos de países amigos, el secretario general OEA José Miguel Insulza y representantes de organismos internacionales como el Sistema de la Integración Centroamericana, Naciones Unidas, el Banco Mundial y el Banco Interamericano de Desarrollo. Asimismo estuvieron presentes el presidente saliente, Porfirio Lobo Sosa y los expresidentes hondureños Rafael Leonardo Callejas y Ricardo Maduro; el arzobispo Rómulo Emiliani, representante de la arquidiócesis de Tegucigalpa, y el pastor Alberto Solórzano, representante de la Confraternidad Evangélica de Honduras, entre otros.
En su discurso inaugural, Hernández aseguró que elevaría el número de elementos de la Policía Militar, así como la puesta en vigencia de la Policía TIGRES. Aseguró la aceleración de la depuración de las instituciones públicas y mencionó que su gobierno contrarrestaría los altos índices de violencia que imperaban en el país aplicando la “cero tolerancia”. También, bajo el lema "Una vida mejor", Hernández reiteró su promesa de ayudar a las 800,000 familias más pobres, de apoyar a los pequeños productores y de generar empleos. Durante la toma, simpatizantes del opositor Partido Libre marcharon en repudio a Hernández, a quien acusaron de ganar fraudulentamente.
Segunda Para la segunda toma de posesión, llevada a cabo el 27 de enero de 2018 y por tratarse del inicio de un segundo mandato, la ceremonia fue más sencilla y solo fueron invitadas delegaciones diplomáticas. A esta se presentaron los representantes de 138 países y organismos internacionales, tales como Taiwán, Israel, Canadá, Reino Unido, México, Francia, Brasil, Argentina, Italia, Rusia, Corea del Sur, Cuba, República Dominicana, Alemania y los países vecinos centroamericanos: El Salvador, Nicaragua, Costa Rica, Guatemala y Panamá. También llegaron representantes de la Iglesia católica y Evangélica del país. La toma se dio en medio de protestas callejeras convocadas por el excandidato Salvador Nasralla para tratar de impedir su realización.
Estructura de gobierno
El plan inicial del presidente Juan Orlando Hernández era crear solo siete ministerios, pero no pudo hacerlo porque habían varias Secretarías de Estado señaladas en la constitución. De modo que resolvió crear 7 gabinetes sectoriales en los cuales se integraron la mayor parte de instituciones del Estado, de las cuales sólo 13 tuvieron el rango de Secretaría, más una Secretaría General que estuvo por encima de los gabinetes sectoriales y una Secretaría de la Presidencia; contrastando así con las 38 secretarías del gobierno anterior. Cada gabinete sectorial estuvo dirigido por un «ministro sectorial», llamado popularmente «superministro». El nuevo esquema de gobierno, oficializado por decreto ejecutivo, contempló la desaparición de la Secretaría de Planificación y Cooperación Externa; de Cultura, Artes y Deportes; de Turismo; de los Pueblos Indígenas y Afrohondureños; y de Justicia y Derechos Humanos, cuyas funciones y presupuestos pasaron a otras instituciones. También le quitó el rango de secretaría a instituciones como Pronaders, FHIS, SANAA, ENEE, Instituto de la Juventud, Infop, Praf, Inam, INA e Ihnfa, entre otras. Los designados presidenciales electos para el primer periodo fueron Ricardo Álvarez, Rossana Guevara y Lorena Herrera.
El 27 de enero de 2018 se volvió a crear la Secretaría de Derechos Humanos, que hasta entonces había funcionado como una dirección de la Secretaría de Derechos Humanos, Justicia, Gobernación y Descentralización. Los designados presidenciales electos para este segundo mandato fueron Ricardo Álvarez, María Antonia Bográn y Olga Alvarado.
El gabinete y la estructura de gobierno se muestran a continuación:
Secretaría de la PresidenciaReinaldo Sánchez (ene 2014-jun 2017)Ricardo Cardona (jun 2017-) Asesor privado y secretario ejecutivo del Consejo de Ministros: Ebal Díaz (ene 2014-may 2021) Abraham Alvarenga (may 2021-ene 2022) Secretaría General de GobiernoZoila Patricia Cruz Cerrato
+Ministerio Sectoriales Instituciones integradas Titulares Periodo Gobernabilidad y DescentralizaciónRicardo Álvarez Secretaría de Derechos Humanos, Justicia, Gobernación y Descentralización (enero de 2014-enero de 2018) Secretaría de Gobernación Justicia y Descentralización (desde enero de 2018) Rigoberto Chang CastilloHéctor Leonel Ayala Ene 2014-mar 2016Mar 2016-ene 2022Secretaría de Gobernación, Justicia y Descentralización (desde enero de 2018) Héctor Leonel Ayala Ene 2018-ene 2022Secretaría de Derechos Humanos Karla Cuevas Ene 2018-ene 2022 Comisión Permanente de Contingencias (COPECO) Centros Penales Registro Nacional de las Personas (RNP) Instituto de Acceso a la Información Pública Cuerpo de Bomberos Empresa Nacional de Artes Gráficas (ENAG) Desarrollo e Inclusión SocialReinaldo Sánchez RiveraSecretaría de Desarrollo e Inclusión Social (SEDIS) Lisandro RosalesRicardo CardonaReinaldo SánchezZoila Patricia Cruz Cerrato Ene 2014-20152015-jun 2017Jun 2017-sep 2020Sep 2020-Ene 2022Secretaría de Salud Yolany BatresDelia RivasOctavio Sánchez MidenceAlba Flores Ene 2014- ene2017Ene 2017-ene 2018Ene 2018-dic 2018Dic 2018-ene 2022Secretaría de Educación Marlon EscotoRutilia CalderónMarcial SolísArnaldo Bueso Ratificado-20172017-feb 2018Feb 2018-dic 2018Dic 2018-ene 2022Secretaría de Trabajo y Seguridad SocialCarlos Alberto Madero Erazo Ene 2014-ene 2022Programa de Asignación Familiar (PRAF) Instituto Hondureño de la Niñez y la Familia (Ihnfa) Patronato Nacional de la Infancia (Pani) Despacho de la primera dama Ana García Carías Ene 2014-ene 2022Todas las universidades públicas Desarrollo Económico e InversionesAlden Rivera (2014-2016)Arnaldo Castillo (desde 2016)Secretaría de Desarrollo Económico Alden RiveraSecretaría de Agricultura y Ganadería Jorge LoboJacobo PazSantiago Ruiz Ene 2014-mar 2014Mar 2014-20182018-ene 2022Secretaría de Recursos Naturales, Ambiente y Minas José Antonio Galdámez Ene 2014-ene 2022INA Infraestructura ProductivaRoberto OrdóñezSecretaría de Infraestructura y Servicios Públicos (INSEP) Roberto OrdóñezRoberto Pineda Ene 2014-2017Abr 2018-ene 2022 Empresa Nacional de Energía Eléctrica (ENEE) Roberto OrdóñezJesús MejíaLeonardo Deras 2014-abr 2016Abr 2016-ago 2019Ago 2019-ene 2022 Servicio Autónomo Nacional de Acueductos y Alcantarillados (SANAA) Empresa Hondureña de Telecomunicaciones (Hondutel) Empresa Nacional Portuaria Conducción y Regulación EconómicaMarlon Tábora MuñozBanco Central de Honduras (BCH) Marlon TáboraManuel BautistaWilfredo Cerrato Ene 2014-ene 2016Ene 2016-ene 2018Ene 2018-ene 2022Secretaría de Finanzas Wilfredo CerratoRocío Tábora RatificadoEne 2018-ene 2022Banco Nacional de Producción y Vivienda (BANPROVI) Banco Nacional de Desarrollo Agrícola (BANADESA) Comisión de Bancos y Seguros (CNBS) Seguridad y DefensaArturo CorralesSecretaría de Seguridad Arturo CorralesJulián Pacheco Tinoco Ene 2014-20152015-ene 2022Secretaría de Defensa Samuel ReyesFredy Santiago Díaz Zelaya Ene 2014-2017Feb 2018-ene 2022Dirección de Investigación y Evaluación de la Carrera Policial (DIECP) Sistema de Administración Financiero Integrado (SIAFI) Relaciones Internacionales Jorge Ramón AlcerroSecretaría de Relaciones Exteriores Mireya AgüeroArturo CorralesMaría Dolores AgüeroLisandro Rosales Ratificada-20152015-20172017-jul 2019Jul 2019-ene 2022 Turismo Despacho de Planificación y Cooperación Externa Oficina del Plan de Nación Visión de País
Otro puesto relevante fue el de la hermana del presidente Hilda Hernández como Coordinadora del Gabinete de Estrategia Presidencial y Directora de Comunicaciones (2014-2017), también llamada «Ministra Directora de Comunicaciones». Su nombramiento causó controversia, pues la constitución prohíbe que personas con inmediato parentesco familiar al presidente sean nombrados ministros. El presidente Hernández aclaró que se trataba de un título honorífico, ya que el cargo no contó con las atribuciones constitucionales de un secretario de Estado, tales como el manejo de recursos del Estado o la designación de un presupuesto.
Primer año En su primer año, Hernández se enfocó en reducir la tasa de desempleo y la reinante ola delincuencial, que ubicaba al país entre los 5 más peligrosos del mundo. Se intervinieron varias instituciones del Estado y se anunciaron estudios para la creación de la primera de las llamadas "Zonas de Desarrollo y Empleo Económico" (ZEDE), o Ciudades Modelo, iniciativa que impulsó desde el Congreso Nacional.
Seguridad Durante el primer mandato de Hernández, los avances del gobierno en la lucha contra la criminalidad fueron alabados por figuras como la socióloga y rectora de la UNAH, Julieta Castellanos, la encargada de la embajada estadounidense, Heide B. Fulton, y el secretario de Seguridad Nacional, John Kelly. Los mismos le valieron a Honduras mejorar notablemente en su Índice de Paz Global, pasando de la posición 123 en 2013 a la 106 en 2017; lo cual, sin embargo, aún lo colocó como un país peligroso, y el séptimo más conflictivo de Latinoamérica. Asimismo, en 2017, logró posicionarse junto a Chile en el primer lugar de Latinoamérica en el Índice Global de Ley y Orden realizado por la compañía estadounidense Gallup, que mide la percepción de seguridad ciudadana y la confianza en los entes de seguridad.
400px|thumb|Muertes violentas e índice de muertes violentas cada 100,000 habitantes de 2012 a 2021, según el Observatorio de la Violencia.
Logró continuar con el descenso en el índice de muertes violentas que se venía dando desde 2012, cuando Honduras fue considerado el país sin guerra más violento del mundo. De acuerdo al Observatorio de la Violencia de la UNAH, esta cifra se redujo a 59.1 para 2016. Por su parte, el Sistema Estadístico Policial en Línea (SEPOL) de la Secretaría de Seguridad presentó mínimas diferencias en cuanto al índice de muertes violentas, atribuidas a la distinta metodología y estimaciones poblacionales; aunque algunos cuestionaron la exactitud de estas cifras. Para 2020 se registró el menor índice de muertes violentas durante el gobierno, debido al confinamiento ocurrido durante la pandemia de COVID-19 en Honduras.
Durante el gobierno de Hernández comenzaron las extradiciones de hondureños a Estados Unidos por delitos de lavado de activos y tráfico de drogas, lo cual representó un importante golpe para los cárteles que operaban en Honduras. El primero de ellos fue Carlos Arnoldo "El negro" Lobo, antiguo operador del Cártel de Sinaloa de México y del Cártel de Los Cachiros de Honduras. Lobo, a quien le seguían la pista desde 2006, fue capturado en marzo de 2014 y dos meses después se convirtió en el primer hondureño en ser extraditado. Su captura ayudó a desvelar un plan de magnicidio contra el presidente Hernández.
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