El cargo de prefecto del departamento de Arequipa fue un cargo antiguo que existió desde la independencia del Perú. La duración estimada del prefecto era entre 1 o 4 años. El cargo fue creado cuando la intendencia de Arequipa fue extinguida. El cargo de prefecto fue extinguido entre los años 1990 o 2000 siendo sustituido por el cargo de presidente regional.
Lista de Prefectos del departamento de Arequipa (1825-2000) NombreInicioTérminoFrancisco de Paula Otero18251826Mariano de la Llosa y Vizcarra18261826Antonio Gutiérrez de la Fuente18261828Juan Francisco Reyes18291829Juan Pardo de Zela y Vidal18291830Manuel Amat y Leon18311831Blas Cerdeña18311832Pío Tristán18321833Juan José Salas18331834Manuel Cuadros Loayza18341834Andrés Martínez (Perú)18341834Blas Cerdeña18341835Anselmo Quiroz18351835Pío Tristán18351836Manuel de Mendiburu18361836Juan Pablo Fernandini18361837Pedro Antonio de la Torre y Luna-Pizarro18371840Pedro José de Gamio y Araníbar18401840José Ildefonso Coloma18401840Manuel Estremadoyro y Vázquez-Franco de la Rocha18401841Luis Gamio y Aranibar18411842Mariano Pío Cornejo18421842Manuel Ignacio de Vivanco18431843Pedro Cisneros de la Torre18441847Juan Antonio Pezet18471849Pedro Cisneros de la Torre18491850Juan Mariano de Goyeneche y Barreda18501851José de Rivero y Bezoaín18511854Francisco Llosa y Benavides18541855Pedro Diez Canseco Corbacho18551855José Antonio Berenguel Berrogaray18561859Mariano Ignacio Prado Ochoa18591860Pedro Bustamante18601861Manuel Diez Canseco Corbacho18611861Ramón Vargas Machuca18611864Mariano Ignacio Prado Ochoa18641865Domingo Gamio18651865Mariano Pío Cornejo18651866Miguel Valle Riestra18661869Pedro Balta y Montero18701871Pedro José Bustamante y Alvizuri18711871Juan Corrales Melgar18721873Javier de Osma18731875???18751877Belisario Suárez18771878José María Ugarteche y Gutierréz Cossío18781878Diego Masías y Llosa18791879Alejandro Bezeda18791881Carlos Alfonso González de Orbegoso18791880Pedro Alejandrino del Solar18801881Mariano Pío Cornejo18811881Armando de La Fuente y Errea18811882Francisco Ballón Valdivia18821882Vidal García y García18821883Manuel Villavicencio18831883José Morales Alpaca18841884José María Ugarteche y Gutierréz Cossío18841890José Salvador Cavero Ovalle18901890Federico Abril y Llosa18901892Narciso Ruiz de Somocurcio18921893???18931894Justiniano Borgoño Castañeda18941895Alejandro López de Romaña18951897Manuel Trinidad Marina Pacheco18981899Isaac Recavarren18991899Clodomiro Cornejo Zavala18991900Coronel Heraclides Hernández19001902Coronel Domingo Parra19021904Fernando Alvisuri Salas19041904???19041907Dalmace Moner Tolmos19071907???19071911Germán Luna Iglesias19111911Augusto Bedoya Suárez19121912José Rodríguez del Riego19121915???19151919Fernando Alvisuri Salas19161916???19161919Eleodoro M. del Prado19191920???19201923Enrique Bustamante y Ballivián19231924???19241929Federico Fernandini Muñoz19291930Clemente J. Revilla19301930Eduardo de Belaúnde y de Romaña19311933Alejandro Saco Arenas19331933Eloy Ureta Montehermoso19411941Alejandro Freundt Rosell19441947???19471950José Félix Aramburú Salinas19501950Fernando Gamio Palacio19501953José Francisco Mareátegui19541954???19541956Alberto Vargas Ruiz de Somocurcio19561956Mariano H. Melgar Conde19561956???19561963Enrique Mendoza Núñez19631968Quesada Rivas19681968Héctor Guillén Cusirramos19691969???19691990Víctor Manzur Suárez19901991José Eduardo Adolfo del Carpio Begazo19911992Luis Gutiérrez Cuadros19921992José Ángel Frisancho Espinoza20002001Marco Falconí20012001
Véase también Anexo:Gobernadores regionales de Arequipa Prefecto de Amazonas Prefecto de Lima Prefecto de Junín Prefecto de La Libertad Prefecto de Ayacucho Prefecto de Cuzco Prefecto de Puno