Convento de San Juan de la Penitencia puede referirse al: Convento de San Juan de la Penitencia (Alcalá de Henares) localizado en la ciudad de Alcalá de Henares (Comunidad de Madrid) fundado por el Cardenal Cisneros en 1508. Convento de San Juan de la Penitencia (Toledo) localizado en la ciudad de Toledo (Castilla-La Mancha) fundado por el Cardenal Cisneros en 1514.