El Panathinaikos Fútbol Club es junto al Olympiacos el equipo de fútbol de Grecia con más participaciones en torneos continentales organizados por la UEFA, donde su primera participación se dio en la Copa de Europa 1960-61 en la que fueron eliminados en la primera ronda por el FC Hradec Králové de Checoslovaquia.
El éxito más importante del Panathinaikos fue su participación en la final de la Copa de Europa 1970-71, la cual perdieron ante el Ajax Ámsterdam de los Países Bajos.
Participaciones Temporada Torneo Ronda Club Casa Visita1960–61Copa de EuropaOctavos de final Hradec Králové<center>0–0<center>0–11961–62Copa de EuropaRonda Preliminar Juventus<center>1–1<center>1–21962–63Copa de EuropaRonda Preliminar Polonia Bytom<center>1–4<center>1–21964–65Copa de EuropaRonda Preliminar Glentoran<center>3–2<center>2–2Octavos de final Köln<center>1–1<center>1–21965–66Copa de EuropaRonda Preliminar Sliema Wanderers<center>4–1<center>0–1Primera Ronda Ferencvárosi<center>1–3<center>0–01967–68Recopa de EuropaDieciseisavos de final Bayern Múnich<center>1–2<center>0–51968–69Copa de FeriasTreintaidosavos de final Daring<center>2–0<center>1–2Dieciseisavos de final Athletic Club<center>0–0<center>0–11969–70Copa de EuropaDieciseisavos de final Vorwärts Berlin<center>1–1<center>0–21970–71Copa de EuropaPrimera Ronda Jeunesse Esch<center>5–0<center>2–1Octavos de final Slovan Bratislava<center>3–0<center>1–2Cuartos de final Everton<center>0–0 <small>(v.)<center>1–1Semifinales Estrella Roja<center>3–0 <small>(v.)<center>1–4Final Ajax Ámsterdam0–2 El partido se jugó en el Wembley Stadium, Londres1972–73Copa de Europa Dieciseisavos de final CSKA Sofia<center>0–2 originalmente el partido terminó 2-1 a favor del Panathinaikos con lo que el partido se decidía en penales. Cuando el CSKA Sofia ganaba 3-2, el árbitro Lipatov de la Unión Soviética interrumpió la serie de penales y le dio la victoria al club de Bulgaria (el CSKA Sofia había ejecutado 3 penales sin fallar y el Panathinaikos había hecho 4 penales fallando dos de ellos). Sin embargo, la UEFA decidió que se repitiera el partido.<center>1–21973–74Copa de la UEFA Primera Ronda OFK Belgrado<center>1–2 <center>1–0 <small>(v.)1974–75 Copa de la UEFATreintaidosavos de final Grasshopper-Club Zürich<center>2–1<center>0–21975–76Recopa de EuropaDieciseisavos de final Zwickau<center>0–0<center>0–21977–78Copa de EuropaDieciseisavos de final Floriana<center>4–0<center>1–1Octavos de final Brujas<center>1–0<center>0–21978–79Copa de la UEFATreintaidosavos de final Argeş Piteşti<center>1–2<center>0–31980–81Copa de la UEFAPrimera Ronda Juventus<center>4–2<center>0–41981–82Copa de la UEFAPrimera Ronda Arsenal<center>0–2<center>0–11982–83Recopa de EuropaDieciseisavos de final Austria Viena<center>2–1<center>0–21984–85Copa de EuropaPrimera Ronda Feyenoord Rotterdam<center>2–1<center>0–0Octavos de final Linfield<center>2–1<center>3–3Cuartos de final IFK Göteborg<center>2–2 <center>1–0Semifinales Liverpool<center>0–1<center>0–41985–86Copa de la UEFATreintaidosavos de final Torino<center>1–1<center>1–21986–87Copa de EuropaDieciseisavos de final Estrella Roja<center>2–1<center>0–31987–88Copa de la UEFATreintaidosavos de final Auxerre<center>2–0<center>2–3Dieciseisavos de final Juventus<center>1–0 <small>(v.)<center>2–3Octavos de final Budapest Honvéd<center>5–1 <center>2–5Cuartos de final Brujas<center>2–2<center>0–11988–89Recopa de EuropaDieciseisavos de final Omonia<center>2–0<center>1–0Octavos de final CFKA Sredets Sofia<center>0–1<center>0–21989–90Recopa de EuropaDieciseisavos de final Swansea City<center>3–2<center>3–3Octavos de final Dinamo Bucarest<center>0–2<center>1–61990–91Copa de EuropaDieciseisavos de final Lech Poznań<center>1–2<center>0–31991–92Copa de EuropaDieciseisavos de final Fram Reykjavik<center>0–0 <small>(v.)<center>2–2Octavos de final IFK Göteborg<center>2–0<center>2–2Grupo A Anderlecht<center>0–0<center>0–0 Sampdoria<center>0–0<center>1–1 Estrella Roja<center>0–2<center>0–11992–93Copa de la UEFATreintaidosavos de final Electroputere Craiova<center>4–0<center>6–0Dieciseisavos de final Juventus<center>0–1<center>0–01993–94Recopa de EuropaPrimera Ronda Shelbourne<center>3–0<center>2–1Octavos de final Bayer Leverkusen<center>1–4<center>2–11994–95Recopa de EuropaPrimera Ronda Pirin Blagoevgrad<center>6–1<center>2–0Octavos de final Brujas<center>0–0<center>0–11995-96Liga de Campeones de la UEFAClasificatoria Hajduk Split<center>0–0 <small>(v.)<center>1–1 Grupo A Aalborg<center>2–0<center>1–2 El Dinamo de Kiev de Ucrania, participante en la Champions League, fue descalificado por la UEFA luego de que el primer enfrentamiento entre ambos (Dinamo de Kiev-Panathinaikos 1-0, gol de Kosovskyi al minuto 61 en el Olimpiysky Stadion, Kiev el 13 de septiembre de 1995), cuando el árbitro español Antonio Jesús López Nieto reportó un intento de soborno (incluyendo ropa y mujeres). Para reemplazar al Dinamo de Kiev en la fase de grupos, la UEFA promovió al club que el Dinamo había eliminado en la fase clasificatoria (Aalborg) Nantes<center>3–1<center>0–0 Porto<center>0–0<center>1–0Cuartos de final Legia Warszawa<center>3–0<center>0–0Semifinales Ajax Ámsterdam<center>0–3<center>1–01996-97Liga de Campeones de la UEFAClasificatoria Rosenborg<center>1–0<center>0–3 <small>(pró.)Copa de la UEFATreintaidosavos de final Legia Varsovia<center>4–2<center>0–2 <small>(v.)1998-99Liga de Campeones de la UEFA2ª Clasificatoria Steaua de Bucarest<center>6–3<center>2–2Grupo E Dinamo de Kiev<center>2–1<center>1–2 Arsenal<center>1–3<center>1–2 Racing Lens<center>1–0<center>0–11999–2000 Copa de la UEFA1 Nova Gorica2–0 |style="background-color:#CFC"|1–02 Grazer1–0 <small>(v.)1–2 |- |3 | Deportivo de La Coruña |1–12–4 |- |colspan=1 style="text-align: center;" bgcolor=white| |- |rowspan=7|2000–01 |rowspan=7|Liga de Campeones |style="background-color:#CFC"|3ª Clasificatoria |style="background-color:#CFC"| Polonia Warszawa |style="background-color:#CFC"|2–12–2 |- |rowspan=3 style="background-color:#CFC"|Grupo E |style="background-color:#CFC"| Deportivo de La Coruña |style="background-color:#CFC"|1–10–1 |- |style="background-color:#CFC"| Juventus |style="background-color:#CFC"|3–11–2 |- |style="background-color:#CFC"| Hamburgo |style="background-color:#CFC"|0–01–0 |- |rowspan=3|Grupo A | Manchester United |1–11–3 |- | Valencia |0–01–2 |- | Sturm Graz |1–20–2 |- |colspan=1 style="text-align: center;" bgcolor=white| |- |rowspan=8|2001–02 |rowspan=8|Liga de Campeones |style="background-color:#CFC"|3ª Clasificatoria |style="background-color:#CFC"| Slavia Praga |style="background-color:#CFC"|1–02–1 |- |rowspan=3 style="background-color:#CFC"|Grupo C |style="background-color:#CFC"| Schalke 04 |style="background-color:#CFC"|2–02–0 |- |style="background-color:#CFC"| Mallorca |style="background-color:#CFC"|2–00–1 |- |style="background-color:#CFC"| Arsenal |style="background-color:#CFC"|1–01–2 |- |rowspan=3 style="background-color:#CFC"|Grupo C |style="background-color:#CFC"| Porto |style="background-color:#CFC"|0–01–2 |- |style="background-color:#CFC"| Real Madrid |style="background-color:#CFC"|2–20–3 |- |style="background-color:#CFC"| Sparta Praga |style="background-color:#CFC"|2–12–0 |- |Cuartos de final | Barcelona |1–01–3 |- |colspan=1 style="text-align: center;" bgcolor=white| |- |rowspan=5|2002–03 |rowspan=5|Copa de la UEFA |style="background-color:#CFC"|1 |style="background-color:#CFC"| Litex Lovech |style="background-color:#CFC"|2–1 <small>(pró.) |style="background-color:#CFC"|1–02 Fenerbahçe4–1 |style="background-color:#CFC"|1–13 Slovan Liberec1–0 |style="background-color:#CFC"|2–21/16 Anderlecht3–0 |style="background-color:#CFC"|0–2Cuartos de final Porto0–2 <small>(pró.)1–0 |- |colspan=1 style="text-align: center;" bgcolor=white| |- |rowspan=4|2003–04 |rowspan=3|Liga de Campeones |rowspan=3|Grupo E | Manchester United |0–10–5 |- | Rangers |1–13–1 |- | VfB Stuttgart |1–30–2 |- |Copa de la UEFA |3 | Auxerre |0–10–0 |- |colspan=1 style="text-align: center;" bgcolor=white| |- |rowspan=4|2004–05 |rowspan=3|Liga de Campeones |rowspan=3|Grupo E | Rosenborg |2–12–2 |- | PSV Eindhoven |4–10–1 |- | Arsenal |2–21–1 |- |Copa de la UEFA |1/32 | Sevilla |1–00–2 |- |colspan=1 style="text-align: center;" bgcolor=white| |- |rowspan=4|2005–06 |rowspan=4|Liga de Campeones |style="background-color:#CFC"|3ª Clasificatoria |style="background-color:#CFC"| Wisła Cracovia |style="background-color:#CFC"|4–1 <small>(pró.) |style="background-color:#CFC"|1–3Grupo C Udinese1–2 |0–3 Werder Bremen2–1 |1–5 Barcelona0–0 |0–52006–07Copa de la UEFA1 Metalurh Zaporizhya1–1 |style="background-color:#CFC"|1–0Grupo G Hapoel Tel Aviv2–0 |style="background-color:#CFC"| |- |style="background-color:#CFC"| Mladá Boleslav |style="background-color:#CFC"| |style="background-color:#CFC"|1–0 Rapid Bucarest0–0 |style="background-color:#CFC"| |- 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Standard Lieja |1–20–0 |- |rowspan=4|Liga Europea |style="background-color:#CFC"|Play-Off |style="background-color:#CFC"| Midtjylland |style="background-color:#CFC"|4–12–1