La disolución de la República Federal de CentroaméricaConstitución de la República Federal de Centro América decretada por la Asamblea Nacional Constituyente en 22 de noviembre de 1824. Consultado el 19 de septiembre de 2020. se debió a una serie de sucesos que se iniciaron con la caída del gobierno liberal del Dr. Mariano Gálvez en el Estado de Guatemala en 1837 durante la segunda administración de Francisco Morazán como presidente de la Federación. Tras estos sucesos resurgió la guerra civil y Nicaragua se separó de la República el 30 de abril de 1838. El Congreso federal aceptó que se constituyera un nuevo Estado, Los Altos, cuya capital era Quetzaltenango, con las tierras occidentales de Guatemala. Honduras se separó de la unión el 5 de noviembre y el 14 de noviembre Costa Rica la imitó. Guatemala se separó el 17 de abril de 1839 y a principios de 1840 las tropas del capitán general Rafael Carrera y Turcios reincorporaron Los Altos. Con la contundente victoria que Carrera logró sobre las fuerzas federales de Morazán en 1840 —quien trató de retomar Guatemala para los liberales tras la derrota de Los Altos en un desesperado intento por mantener la Federación—, la República Federal que ansiaban los criollos liberales dejó de existir.
Fin del gobierno de Mariano Gálvez
miniaturadeimagen|200px|izquierda|Doctor Mariano Gálvez durante su época de Jefe del Estado de GuatemalaMuseo Nacional de Historia de GuatemalaMuseo Nacional de Historia de Guatemala , Ciudad de Guatemala, 2014.
En febrero de 1837 se produjeron en Centroamérica una serie de acontecimientos dramáticos, los cuales encendieron una revolución la cual culminó con el fin de la Federación. Una epidemia de cólera azotó el estado de Guatemala dejando aproximadamente mil muertos y tres mil infectados con la bacteria. La epidemia golpeó especialmente a los pobres y a los indígenas en las tierras altas del estado y se propagó de forma rápida. El gobierno de Gálvez, con la esperanza de aliviar la situación, envió a los médicos disponibles, enfermeras, y estudiantes de medicina y los remedios para su distribución; pero estas medidas fueron de poca ayuda, porque los indígenas continuaban muriendo y no confiaban en las medicinas del gobierno.
En el momento en que apareció el cólera, los indígenas del distrito de Mita, influenciados por sus sacerdotes, se encontraban furiosos por el sistema de juicio por jurado (incomprensible para ellos), que el jefe Gálvez había introducido pues los obligaba a comparecer a juzgados alejados de sus casas sin paga alguna. La iglesia vio todo esto como una oportunidad de asestarle un golpe al gobierno liberal de Gálvez; los sacerdotes locales difundieron el rumor de que el gobierno había envenenado los ríos y arroyos con el propósito de aniquilar a la población indígena. Además, mostraban a los nativos una reciente concesión de territorio en Verapaz que se había hecho a Michael Bennett, quien era el representante del presidente federal Francisco Morazán en los negocios de caoba que este tenía.
Los desenfrenados indígenas repudiaron a sus supuestos asesinos. Con el cólera extendiéndose, tomaron las armas, mataron a la gente de raza blanca y a los liberales, quemaron sus casas, y se prepararon para enfrentar el gobierno de Gálvez quien envió un ejército para tratar de detener la revuelta. Pero las medidas del ejército eran tan represivas, que empeoraron las cosas. En junio, Santa Rosa de Mita se levantó en armas y desde el pueblo de Mataquescuintla surgió un nuevo caudillo de nombre Rafael Carrera y Turcios. El joven Carrera era analfabeto, pero astuto y carismático, un excriador de puercos que se había convertido en asaltador de caminos, a quien los rebeldes querían como su líder.
En 1837 inició la lucha armada contra el régimen de Francisco Morazán, presidente de las República Federal de Centroamérica, entidad política que incluía a Guatemala, Comayagua (posteriormente nombrada Honduras), El Salvador, Nicaragua y Costa Rica. Luchó contra quien gobernaba el Estado de Guatemala, liberal al igual que Francisco Morazán, el doctor Gálvez. Fue el máximo dirigente de las fuerzas insurgentes, entre las que se encontraban numerosos indígenas; la razón por la que contó con el apoyo de los indígenas fue que el 9 de junio de 1837, el Estado de Guatemala, había vuelto a implantar el tributo indígena que había sido suprimido desde tiempo colonial por la Cortes de Cádiz. Los insurgentes empezaron las hostilidades por medio de una guerra de guerrillas: atacando poblaciones sin dar oportunidad de tener encuentros con las tropas del gobierno. Al mismo tiempo, se propagaba la idea de los enemigos clericales de Gálvez, que lo acusaba del envenenamiento de las aguas fluviales para propagar el cólera morbus a la población, cosa que no ocurría sino por el crecimiento poblacional y la poca capacidad de la estructura sanitaria del país. Esta acusación favoreció a los objetivos de Carrera, poniendo a una gran parte de la población en contra de Gálvez y de los liberales en general.
La lucha había tomado tintes de guerra santa, pues eran los párrocos del clero secular quienes arengaban a los campesinos a defender los derechos de la santa religión y a combatir a los ateos liberales; el propio Carrera había sido educado por el párroco de Mataquescuintla quien lo había instruido en la religión católica en los vejámenes que esta sufría bajo el poder de los liberales. Otro factor que influyó en la revuelta fueron las concesiones que dio el gobierno liberal de Francisco Morazán a los ingleses -a quienes llamaban "herejes" por su condición de protestantes; en Guatemala se les había dado Belice y la Haciendo San Jerónimo en Salamá -la cual era la propiedad más cara y rentable que los liberales habían decomisado a los dominicos en 1829; el contrabando de artículos ingleses provenientes de Belice había empobrecido a los artesanos guatemaltecos, quienes se unieron a la revuelta de Carrera. Los sacerdotes anunciaron a los nativos que Carrera era su ángel protector, que había descendido de los cielos para tomar venganza sobre los herejes, los liberales y los extranjeros y para restaurar su dominio antiguo. Idearon varios trucos para hacerles creer a los indios esta ilusión, los cuales fueron anunciados como milagros. Entre ellos, una carta fue lanzada desde el techo de una de las iglesias, en medio de una vasta congregación de indígenas. Esta carta supuestamente venía de la Virgen María, la cual comisionaba a Carrera a liderar una revuelta en contra el gobierno.
Para contrarrestar los violentos ataques de la guerrilla campesina, Gálvez aprobó y luego alabó el uso de la política de tierra arrasada en contra de los pueblos alzados; esto motivó que varios de sus partidarios le aconsejaran que desistiera de esa táctica pues solamente contribuiría a incrementar la revuelta. A principios de 1838, José Francisco Barrundia y Cepeda, jefe liberal de Guatemala y decepcionado de la gestión de Gálvez por sus atrocidades, gestionó para llevar a la Ciudad de Guatemala a Carrera, para combatir al jefe de Estado; Para ese año, la situación en Guatemala era insostenible: la economía se encontraba paralizada por la poca seguridad de los caminos y se llegó al punto en que los liberales negociaban con Carrera para poner fin a este enfrentamiento aunque era inevitable. Gálvez sale del ejercicio del poder el 31 de enero de 1838 ante el "Ejército de los Pueblos" al mando de Rafael Carrera que inició la penetración en la ciudad de Guatemala con un ejército de entre diez mil a doce mil hombres, luego del acuerdo a que llegó Carrera con el también liberal José Francisco Barrundia y Cepeda.
Las tropas victoriosas de Carrera, al grito de "¡Viva la religión!" y "¡Fuera los herejes extranjeros!" y constituidas principalmente por campesinos pobremente armados, tomaron la Ciudad de Guatemala y se dedicaron al pillaje y a destruir los edificios del gobierno liberal, incluyendo el Palacio Arzobispal, que era en donde residía Gálvez y la casa del presentante inglés William Hall. Para detener a la turba, Carrera pidió al decano de la Catedral, Antonio Larrazábal, que abriera las puertas del edificio, que habían permanecido cerradas desde 1829; Larrazabal se opuso terminantemente diciendo que al sagrado recinto no ingresaba chusma y mucho menos armadas; Carrera entonces le colocó un cuchillo en el cuello y volvió a pedirle que por favor abriera las puertas. Larrazábal dio órdenes para que abrieran el recinto, y la turba lo invadió pero lo respetó y así se calmó el ánimo de la milicia.
Una vez depuesto Gálvez, el vicejefe Valenzuela y José Francisco Barrundia se tuvieron que convencer a Carrera y sus tropas a evacuar la capital del estado. Se les proporcionaron los medios de salir y se les prometieron recompensas y garantías contra su persecución. La asamblea general del estado y el consejo se reúnen y se reinstala el gobierno. El gobierno consigue la evacuación de Carrera y sus tropas sin mayor desorden, pero estos se llevaron dos mil fusiles nuevos que el exjefe Gálvez había escondido en los sótanos de la catedral.
Después de la caída de Gálvez El 2 de marzo de 1838 fue aceptada por unanimidad en la Asamblea la ausencia del poder del doctor Gálvez, y se iniciaría un período de incertidumbre en el Estado de Guatemala, del que el gran beneficiado sería Rafael Carrera, aunque primero sufriría algunas derrotas. Al caer el gobierno de Gálvez, los representantes criollos de Los Altos aprovecharon para separarse del Estado de Guatemala. El gobernador Valenzuela no pudo hacer nada al respecto.
Por medio de la asamblea general, los liberales querían ganar la influencia de las masas populares; para esto tenían que desmantelar la fuerte influencia conservadora de la Iglesia católica. Al mismo tiempo, los moderados intentaban reformar al país y abordar las quejas que habían generado las reformas liberales.
En el 5 de marzo, los representantes doctor Pedro Molina, José Francisco Barrudnia, Gómez y M. Padilla presentaron un proyecto de ley que decretaría que "ningún eclesiástico puede ser en el estado elector ni elegido para ningún destino." Esto se buscaba con el objeto de evitar que la iglesia influye en la asamblea especialmente hoy que se buscaba derrogar o reformar las leyes del estado; justificaron el proyecto invocando al autor Toqueville diciendo que lo que hacía fuerte la religión en los Estados Unidos de América era la completa separación de la iglesia y el estado, evitando que la religión se apartara del objetivo de la moral y evitando los males que resultaban de las contiendas banderizas. La mayoría de la comisión dictaminadora estuvo en contra; no consideraban conveniente intentar detener la voz de la iglesia que tenía tanta influencia en el país y tomaron en cuenta que los eclesiásticos eran ciudadanos según la constitución, y prohibirles la participación en elecciones sería un ultraje a sus derechos; además se recordó que entre los ciudadanos más respetados habían eclesiásticos, inclusive entre los firmantes de la constitución. En la reacción al proyecto de ley por la comisión dictaminadora se notó un movimiento hacia la cordura después del anticlericalismo acelerado que había causado resentimientos en la población. Más José Francisco Barrundia disintió el voto de la comisión y en el suyo expuso que se debía estalecerse medidas que tendieran a "destruir las preocupaciones vulgares y el fanatismo religioso." El proyecto de ley pasó pero solo quitándole a los eclesiásticos el derecho de ser electos, pero no el de elegir.