Egipto fue conquistado por el Imperio otomano en 1517 por Selim I, a raíz de la guerra otomano-mameluca (1516-1517). Egipto se administró como un eyalato del imperio (turco otomano: ایالت مصر eyalet-i misir) desde 1517 hasta 1867, excepto durante la ocupación francesa de 1798 a 1801.
Egipto fue una provincia siempre difícil de controlar para los sultanes otomanos, debido en parte al mantenimiento de los influyentes mamelucos, la casta militar egipcia que había gobernado el país durante siglos. Egipto se mantuvo semiautónomo bajo los mamelucos hasta que fue invadido por las fuerzas francesas de Napoleón I en 1798. Después de que los franceses fueran expulsados, se hizo con el poder en 1805 Mehmet Alí, un militar albanés del ejército otomano en Egipto.
Egipto bajo la dinastía de Muhammad Ali se mantuvo nominalmente como provincia otomana. En 1867 se le concedió el estatus de un Estado vasallo autónomo o jedivato. Isma'il y Tewfik Pasha gobernaron Egipto como estado cuasi-independiente bajo soberanía otomana hasta la ocupación británica de 1882. Sin embargo, el Jedivato de Egipto (1867-1914) continuó siendo de jure provincia otomana hasta el 5 de noviembre de 1914, cuando fue declarado un protectorado británico como reacción a la decisión de los jóvenes turcos del Imperio otomano a participar en la Primera Guerra Mundial del lado de los Imperios Centrales.
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Periodo otomano tardío 1707-1755 En el la autoridad del pachá fue reemplazada por la de beys mamelucos llamados Shaikh al-Balad, jefes de la ciudad, que mantenían el liderazgo de la comunidad. El proceso por el cual esto se produjo es oscuro, debido a la falta de buenas crónicas de la época turca de la historia egipcia. En 1707, el Shaikh al-Balad, Qasim Iywaz, era el jefe de una de las dos facciones de los mamelucos, los Qasimites y los Fiqarites, entre los que las semillas de enemistad fueron sembradas por el bajá, con el resultado de una pelea que se llevó a cabo entre las facciones fuera de El Cairo, que dura ochenta días. Al final de esta, Qasim Iywaz muere y la oficina que ocupaba fue dada a su hijo Ismail. Ismail desempeñó este cargo durante 16 años, mientras que los bajás constantemente se estaban cambiando, y tuvo éxito en la reconciliación de las dos facciones de mamelucos. En 1711, un evento conocido por los cronistas como la «Gran Sedición» o la «revolución» se produjo, cuando un predicador fanático religioso comenzó a denunciar públicamente la práctica de rezar en las tumbas de los sufíes santos, lo que desató un movimiento religioso que no fue aplastado hasta 1714. En 1724, Ismail fue asesinado por las maquinaciones del pachá, y Shirkas Bey de la facción opuesta fue elevado a la oficina del Shaikh al-Balad en su lugar. Pronto fue expulsado de su puesto por uno de su propia facción llamado Dhu-'l-Fiqar, y huyó al Alto Egipto. Después de un breve periodo de tiempo, regresó a la cabeza de un ejército, y en la última de las batallas siguientes Shirkas Bey encontró su final por ahogamiento. Dhu-'l-Fiqar fue asesinado en 1730. Su lugar fue ocupado por Othman Bey, que había servido como su general en esta guerra.
En 1743, Othman Bey se vio obligado a huir de Egipto por las intrigas de dos aventureros, Ibrahim y Ridwan Bey, quien, cuando su plan había tenido éxito, comenzó una masacre de beys y otras personas que se cree que estaban en contra de ellos. Procedieron a gobernar Egipto conjuntamente, la celebración de las oficinas de Shaikh al-Balad y Amir al-Hajj en años alternos. Un intento por uno de los bajás para eliminar a estos dos por un golpe de Estado fracasó, debido a la lealtad de los partidarios armados de los beys, quienes sacaron a Ibrahim y Ridwan de la cárcel y obligaron al pacha a huir a Constantinopla. Un intento de un pachá posterior, de acuerdo con órdenes secretas de Constantinopla, tuvo tanto éxito que algunos de los beys fueron asesinados. Ibrahim y Ridwan escaparon y obligaron al pachá a renunciar a su cargo de gobernador y volver a Constantinopla. Ibrahim fue asesinado poco después por alguien que había aspirado a ocupar una de las vacantes, que en cambio habían sido conferidos a Ali que, como Alí Bey, estaba destinado a jugar un papel importante en la historia de Egipto. El asesinato de Ibrahim Bey tuvo lugar en 1755, y su colega Ridwan pereció en las disputas posteriores.
Ali Bey, se había distinguido primero a sí mismo por la defensa de una caravana en Arabia contra bandidos, y luego en la tarea de vengar la muerte de su antiguo amo Ibrahim. Él pasó ocho años comprando mamelucos y ganando otros adherentes, el Shaikh al-Balad Khalil Bey organizó un ataque contra él en las calles de El Cairo en consecuencia de lo cual huye al Alto Egipto. Allí conoce a Salib Bey, quien tuvo lesiones por vengar a Khalil Bey, y los dos organizan una fuerza con la que regresan a El Cairo y derrotan a Khalil. Kalil se ve obligado a huir a Iaifla, donde por un momento se ocultó; finalmente fue descubierto, enviado a Alejandría y finalmente estrangulado. Después de la victoria de Ali Bey en 1760, fue nombrado Shaikh al-Balad. Ejecutó al asesino de su antiguo señor Ibrahim; pero el resentimiento que despertó este acto entre los beys le llevó a dejar su puesto y huir a Siria, donde ganó la amistad del gobernador de Acre, Daher el-Omar, quien obtuvo para él la buena voluntad de la sublime puerta y su reposición en su posición como Shaikh al-Balad.
1766-1798 En 1766, después de la muerte de su seguidor, el gran visir Ragib Pasha, fue de nuevo obligado a huir de Egipto a Yemen, sin embargo, al año siguiente volvió a tomar las riendas del poder. La reanudación de su gobierno, levantó a 18 de sus amigos al rango de bey entre ellos Ibrahim y Murad, que estarían después al frente de los asuntos así como Muhammad Bey Abu'dh Dhahab, que estaría estrechamente conectado con el resto de la carrera de Ali Bey. Ali Bey utilizó medidas muy severas para reprimir el bandolerismo de los beduinos del Bajo Egipto. Él trató de disolver todas las fuerzas excepto aquellas que estuviesen exclusivamente bajo su propio control.
En 1769 llegó una demanda del sultán para que enviase 12.000 hombres para emplearlos en la guerra contra Rusia, orden que se negó a cumplir. La sublime Puerta no podía tomar medidas activas contra él, por lo que Alí se dedicó a consolidar sus dominios, reformar las finanzas y mejorar la administración de justicia. Envió a su yerno, Abu-'l-Dhahab, a defender la tierra entre Asuán y Asyut, asimismo envió una fuerza de 20.000 hombres para conquistar Yemen, a Ismail Bey con 8.000 para apoderarse de la orilla este del Mar Rojo, y a Ilasan Bey para ocupar Jidda. En seis meses la mayor parte de la península arábiga estaba bajo su mando, y designó como Jerife de La Meca a su primo, que proclamó sultán a Alí. En virtud de este nombramiento, acuñó moneda y ordenó que su nombre se mencionara en la oración pública.
Su movimiento siguiente resultó fatal. Envió en 1771 a Abu-'l-Dhahab a conquistar Siria, pero éste entró en negociaciones con Constantinopla para restaurar la soberanía otomana y marchó contra Egipto, entrando en el Cairo el 8 de abril de 1772. El 19 de abril de 1773, capturó a Alí Bey, que fue trasladado a El Cairo dónde murió.
Después de la muerte de Ali Bey, Egipto volvió a ser dominio otomano, gobernada por Abu-'l-Dhahab como Shaikh al-Balad y con el título de pachá. Él, poco después recibió el permiso de la Puerta de invadir Siria, con la misión de castigar al seguidor de Alí Bey, Daher el-Omar, dejando a Ismail Bey e Ibrahim Bey como sus delegados en El Cairo. Después de tomar varias ciudades en Palestina, Abu-'l-Dhahab murió, la causa es desconocida; Murad Bey, otro de los desertores en Salihiyya, llevó sus fuerzas de nuevo a Egipto el 26 de mayo de 1775.
Ismail Bey se convirtió en Shaikh al-Balad, pero pronto se vio involucrado en una disputa con Ibrahim y Murad que, después de un tiempo, lograron expulsar a Ismail de Egipto y establecieron un gobierno conjunto similar al que había sido practicado con anterioridad (como Shaikh al-Balad y Amir al-Hajj, respectivamente). Los dos pronto estuvieron involucrados en peleas, que en un momento amenazaron con estallar en una guerra abierta, pero esto se evitó y el gobierno conjunto se mantuvo hasta 1786, cuando una expedición fue enviada por la Puerta a restaurar la supremacía otomana en Egipto. Murad Bey intentó resistir, pero fue derrotado fácilmente. Él, con Ibrahim, decidieron huir al Alto Egipto y esperar la marcha de los acontecimientos. El 1 de agosto, el comandante turco Cezayirli Gazi Hasan Pasha entró en El Cairo; Ismail Bey se volvió a hacer Shaikh al-Balad y un nuevo pachá fue instalado como gobernador. En enero de 1791, una terrible peste hizo estragos en El Cairo y en otras partes de Egipto, Ismail Bey y la mayor parte de su familia fueron víctimas. Debido a la necesidad de gobernantes competentes, Ibrahim Bey y Murad Bey retornaron, y reanudaron su gobierno dual. Todavía estaban en el cargo en 1798, cuando Napoleón Bonaparte entró en Egipto.
Ocupación francesa
Objetivo de la invasión El objetivo de esta invasión fue el de cerrar el paso de las mercancías británicas venidas de la India.
Napoleón formó un ejército de 38.000 hombres, un millar de cañones y setecientos caballos. Contó con los mejores generales del momento: Berthier, Caffarelli, Kléber, Desaix, Lannes, Dumas, Murat, Andréossy, Belliard y Zajączek, entre otros. Además de ayudas de campo como su hermano Louis Bonaparte, Duroc, Eugène de Beauharnais y el noble polaco Sulkowski.
Al contingente se le unió un millar de civiles, entre ellos 1671 científicos y especialistas. Napoleón quería convertir Egipto en un protectorado francés. Para ello no solo debía conquistarlo, sino que también debía ganarse la confianza de su población. Aquí entraban en juego los científicos, conocidos entre los militares como «los sabios», que debían llevar a un país casi medieval los últimos avances técnicos de la Europa de la Ilustración. De paso, los estudios que realizasen sobre el terreno servirían para incrementar el patrimonio científico francés, lo que redundaría en beneficio de la popularidad de Napoleón y de sus ambiciones de poder; por lo que incluyó a numerosos historiadores, botánicos y diseñadores. Por ello, también se la conoce como Expedición de Egipto cuando su lado científico y menos marcial es considerado.
Batalla de las Pirámides En julio de 1798, Napoleón iba en dirección a El Cairo, después de invadir y capturar Alejandría. En el camino se encontró a dos fuerzas de mamelucos a 15 kilómetros de las pirámides, y a solo 6 de El Cairo. Los mamelucos estaban comandados por Murad Bey e Ibrahim Bey y tenían una poderosa caballería. Estos, a pesar de ser superiores en número, estaban equipados con una tecnología primitiva, tan solo tenían espadas y arcos y flechas; además, sus fuerzas quedaron divididas por el Nilo, con Murad atrincherado en Embabeh e Ibrahim a campo abierto.
Napoleón se dio cuenta de que la única tropa egipcia de cierto valor era la caballería. Él tenía poca caballería a su cargo y era superado en número por el doble o el triple. Se vio pues forzado a ir a la defensiva, y formó su ejército en cuadrados huecos con artillería, caballería y equipajes en el centro de cada uno, dispersando con fuego de artillería de apoyo el ataque de la caballería mameluca, que intentaba aprovechar los espacios entre los cuadros franceses. Entonces atacó el campamento egipcio de Embabeh, provocando la huida del ejército egipcio.