Comayagua puede referirse:
al departamento de Comayagua, uno de los dieciocho departamentos de la República de Honduras; a la ciudad de Comayagua, una ciudad de Honduras, capital del departamento homónimo; a la intendencia de Comayagua, una división administrativa del Imperio español (1786-1820); a la provincia de Comayagua, una entidad administrativa y territorial de la Monarquía Española (1820-1821).