300px|thumb|Los españoles republicanos y antifascistas prisioneros en Mauthausen-Gusen despliegan una pancarta para saludar a los Aliados que acaban de liberar el campo de concentración nazi: «Los españoles antifascistas saludan a las fuerzas liberadoras» La oposición al franquismo de 1939 a 1945 constituye el primer periodo de la historia de la oposición al franquismo y abarca desde el final de la guerra civil española en abril de 1940 hasta el final de la Segunda Guerra Mundial en Europa en mayo de 1945. Se puede dividir en dos etapas: una primera de reorganización y de resistencia (1939-1942) y una segunda de renacimiento y de búsqueda de la unidad para presentar una alternativa a la dictadura de Francisco Franco ante la inminente victoria de los Aliados en la Segunda Guerra Mundial (1943-1945).
Reorganización y resistencia (1939-1942)
La presión de los monárquicos: el «manifiesto de Ginebra»
thumb|Don Juan de Borbón, pretendiente al trono de España y autor del "Manifiesto de Ginebra" Don Juan apoyó al régimen franquista en sus primeros años, lo que era coherente con sus convicciones políticas pues durante la República había mantenido relaciones estrechas con la derecha de Acción Española —uno de cuyos fundadores, Eugenio Vegas Latapié, fue su consejero durante muchos años—, y con su alineamiento con el bando nacional durante la guerra civil. Al término de ésta le envió un telegrama al general Franco felicitándole por su victoria que acababa con el grito falangista «Arriba España». Franco le contestó haciendo referencia a los dos intentos de don Juan para luchar en el bando sublevado: «me es grato recordar que entre esa juventud admirable habéis intentado formar, solicitando reiteradamente un puesto de soldado».
La identificación con los vencedores se volvió a poner de manifiesto en enero de 1941 con motivo de la aceptación de la abdicación de su padre el rey Alfonso XIII en una ceremonia celebrada en Roma, en la que hizo referencia a la guerra civil como «esta Gran Cruzada Nacional» y volvió a repetirse durante el acto religioso celebrado en Roma el 1 de marzo de 1942 en conmemoración del primer aniversario de la muerte de su padre, durante el cual pronunció un discurso muy cercano a los principios políticos e ideológicos del franquismo: «Debemos hacer hoy frente a la revolución roja con una política racial militante, llena de espíritu cristiano e implantada con justicia, con generosidad y con autoridad».
A principios de 1941 don Juan buscó el apoyo de la Alemania nazi para la restauración de la monarquía. En abril un representante suyo viajó a Berlín para establecer un enlace directo con el ministerio de Asuntos Exteriores alemán, Joachim von Ribbentrop, pero su representante le contestó que Alemania no estaba interesada en la propuesta, aunque mantendría buenas relaciones con un gobierno «nacional» que pudiera establecerse en Madrid. A pesar del fracaso del viaje a Berlín los contactos con la Alemania nazi prosiguieron en los meses siguientes después de que don Juan se trasladara de Roma a Lausana.
Por su parte los militares monárquicos habían comenzado a presionar a Franco para que diera paso a la monarquía una vez superada la crisis de mayo de 1941. En julio de ese mismo año formaron una junta integrada por cinco generales presidida por el general Luis Orgaz, Alto Comisario Español en Marruecos. Los otros generales eran el general Saliquet, capitán general de la I Región Militar (Madrid); el general Solchaga, capitán general de la VII Región Militar (Valladolid); el general Kindelán, capitán general de la IV Región Militar; y el general Aranda, cerebro de la conspiración.
El 1 de agosto Orgaz fue a ver al Generalísimo Franco a quien le pidió que relevara a Serrano Suñer, abandonara la «no beligerancia» y restaurara la monarquía. En el mismo sentido se expresó el general Aranda que también fue recibido por Franco. Este respondió que necesitaba tiempo porque destituir inmediatamente a Serrano Suñer desataría una grave crisis política. En la conspiración estaban implicados en mayor o menor medida otros militares y también formaban parte de ella destacados políticos monárquicos, como Julio López Oliván, quien desde Suiza ejercía de enlace entre la junta y don Juan de Borbón, Pedro Sainz Rodríguez, quien junto con los generales Kindelán y Aranda constituía el grupo dirigente de la conspiración, y Eugenio Vegas Latapié —José María Gil Robles desde el exilio más tarde también les dio su apoyo — . Precisamente Vegas Latapié organizó en septiembre en Bilbao un banquete monárquico en el que el aviador José Antonio Ansaldo «pronunció un brindis injurioso contra Franco», al considerarlo como el principal obstáculo para la restauración de la monarquía. Los conspiradores estaban convencidos de que de un momento a otro se iba producir la invasión alemana de España, a la que pensaban responder formando un gobierno provisional en el protectorado español de Marruecos que pediría la ayuda de Gran Bretaña a la que se le proporcionarían bases en las islas Canarias. Sin embargo, existían numerosas discrepancias sobre la composición del hipotético gobierno provisional —con predominio de los militares, como defendía Aranda, o de los civiles como propugnaba Sainz Rodríguez— y sus objetivos —Aranda se contentaba con disolver la Falange y Sainz Rodríguez defendía la restauración de la monarquía—.
Ante la ofensiva de los monárquicos, el general Franco le envió el 30 de septiembre una carta a don Juan de Borbón en la que le decía que consideraba a la Monarquía como la culminación de la obra del Movimiento, y que ese era «él único camino» para la «instauración» —no restauración— del «Régimen tradicional, del que para mí sois el único y legítimo representante». En su respuesta don Juan, tras coincidir con el general Franco en que «se hace preciso realizar en España la fecunda revolución que supone el retorno a lo que ha sido y es específicamente nuestro sentido religioso de la vida, incluido lo social y la reafirmación del núcleo familiar, de las corporaciones profesionales y de la vida local», le reclamó la formación inmediata de una Regencia que organizara el tránsito hacia el «Estado monárquico, con tiempo suficiente para que pueda oírse su voz en esta contienda de Europa contra el comunismo empezada en España en 1936 en defensa y para la expansión de los más sagrados valores patrios».
En la reunión que mantuvieron el 22 de noviembre varios de los conjurados se abandonó la idea de formar un gobierno o junta provisional para en su lugar apoyar la constitución de un consejo de regencia que asegurara la restauración de la monarquía. Como esto significaba apartar a Franco del poder varios generales se retiran y, por otro lado, el gobierno británico, con cuyo respaldo habían contado hasta entonces, tampoco quiso comprometerse en el derrocamiento de Franco. De esta forma la conspiración perdió fuerza. thumb|left|250px|El durante el ataque a Pearl Harbor. En diciembre de 1941, tras el fracaso alemán en la toma de Moscú y la entrada en la guerra de Estados Unidos a causa del ataque japonés a Pearl Harbor —que fue aplaudido por el gobierno español mediante el envío de un telegrama de felicitación a Tokio—, los generales volvieron a presionar al Generalísimo Franco en la reunión del Consejo del Ejército que se celebró el día 15. Esta vez el portavoz fue el general Kindelán quien presentó un informe sobre la grave situación interna culpando de ella a la inepta y corrupta burocracia falangista, y en el que también cuestionó la dura política represiva que todavía se mantenía y que se usaran para ella los tribunales militares. Finalmente le pidió a Franco que se desvinculara de la Falange y que dejara la jefatura del gobierno a otra persona. Pero Franco «logró conjurar el peligro de la situación amparándose en excusas sobre los peligros externos, las dificultades de cubrir cargos importantes tras la pérdida de tantos hombres buenos en la Guerra Civil y las dificultades materiales por las que España atravesaba». Kindelán no quedó convencido y en un discurso pronunciado el 26 de enero del año siguiente en la Capitanía General de Barcelona pidió a Franco la restauración de la monarquía como único medio para conseguir la «conciliación y la solidaridad» necesarias «entre los españoles». Franco, que estaba furioso, no reaccionó de inmediato y prefirió esperar. En junio de 1942 empezó a actuar y obligó a abandonar el país a Sainz Rodríguez y a Vegas Latapié, los dos cabecillas civiles de la conspiración.
Don Juan en sus primeras declaraciones oficiales efectuadas en marzo de 1942 dijo: «Hoy, como antaño, la Corona está por encima de los intereses de partido o de clase y, ajena a todo espíritu de rencor o de represalia, puede serenamente encarnar la justicia necesaria para restablecer la unidad moral de la Patria española». En mayo el general Franco le respondió mediante una carta en la que decía que la «revolución nacional» que encarnaba su régimen entroncaba con la tradición de la «Monarquía revolucionaria, totalitaria» de los Reyes Católicos y de Felipe II, a la que contraponía con las decadentes monarquías posteriores.
A finales de 1942 don Juan manifestó por primera vez públicamente su aspiración a ocupar el trono de España e inició el distanciamiento con el régimen franquista. El 11 de noviembre de 1942, sólo dos días después del inicio de la desembarco aliado en Marruecos y en Argelia, el periódico suizo Journal de Genève publicó unas declaraciones suyas, que serían conocidas como el Manifiesto de Ginebra, en las que, tras asegurar «que la Monarquía será restaurada y… no vacilaré un instante en ponerme a su servicio», decía: «Mi suprema ambición es la de ser el rey de una España en la cual todos los españoles, definitivamente reconciliados, podrán vivir en común». Así frente a la tesis que sostenían Franco y su asesor el capitán de navío Luis Carrero Blanco, de la Monarquía como continuidad del régimen franquista, don Juan presentaba la Monarquía como alternativa al mismo. «Atrás quedaban las afinidades ideológicas con Acción Española y se presentaba allí un hombre que anhelaba ser el rey de todos los españoles y no sólo de un bando, y que consideraba su misión principal conseguir la reconciliación de la nación, eliminando las causas que la mantenían dividida». Don Juan hizo estas declaraciones porque temía que «la política exterior del general Franco, política poco compatible con las obligaciones que impone la neutralidad estricta en la guerra mundial, pudiera provocar consecuencias peligrosas para el futuro de España». thumb|150px|Manuel González Hontoria, miembro del comité monárquico que se formó en marzo de 1943 para promover la causa de don Juan de Borbón. Según Hartmut Heine, «el "manifiesto de Ginebra" fue como un llamamiento a los partidarios del pretendiente a que apoyasen su causa con mayor vigor que el que habían manifestado en el pasado, y algunos de ellos respondieron a esa señal». Así, el mismo día en que apareció el «manifiesto de Ginebra» el general Kindelán se entrevistaba con Franco en Madrid para pedirle en su nombre y en el del resto de generales monárquicos (Gómez Jordana, Dávila, Aranda, Orgaz, Vigón y Varela) que proclamase la monarquía y se declarase regente. «Franco apretó los dientes y respondió en un tono conciliador y taimado. Negó cualquier compromiso formal con el Eje, afirmó que no deseaba permanecer más de lo necesario en un cargo que cada día encontraba más desagradable y confesó que quería que don Juan fuera su sucesor». Dos meses después destituyó al general Kindelán de su puesto al frente de la Capitanía General de Cataluña, nombrándolo director de la Escuela Superior del Ejército, que no tenía mando directo sobre tropas. Fue sustituido por el falangista general Moscardó.